| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第10-30页 |
| 1 家禽就巢机制和产蛋性能研究进展 | 第10-13页 |
| 1.1 家禽就巢和产蛋内分泌机理 | 第10-11页 |
| 1.2 家禽就巢和产蛋的分子水平研究 | 第11-13页 |
| 2 转录组及测序技术进展 | 第13-28页 |
| 2.1 转录组和转录组学 | 第13页 |
| 2.2 基因测序技术 | 第13-21页 |
| 2.2.1 第一代测序技术 | 第14-16页 |
| 2.2.2 第二代测序技术 | 第16-18页 |
| 2.2.3 第三代测序技术 | 第18-21页 |
| 2.3 RNA-seq技术 | 第21-27页 |
| 2.3.1 RNA-seq技术的优势 | 第21-22页 |
| 2.3.2 RNA-seq技术的流程 | 第22-27页 |
| 2.4 高通量测序技术在畜禽领域的应用 | 第27-28页 |
| 3 本课题研究的目的及意义 | 第28-30页 |
| 第二章 就巢期与产蛋期番鸭组织RNA-seq | 第30-75页 |
| 1 引言 | 第30页 |
| 2 试验材料与方法 | 第30-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第30页 |
| 2.2 主要仪器 | 第30页 |
| 2.3 试验方法 | 第30-36页 |
| 2.3.1 样品RNA的提取 | 第30-31页 |
| 2.3.2 RNA样品的检测 | 第31页 |
| 2.3.3 cDNA文库的制备 | 第31页 |
| 2.3.4 Illumina HiSeq~(TM) 2500测序 | 第31页 |
| 2.3.5 原始数据的处理与初步分析 | 第31-32页 |
| 2.3.6 测序数据的深度分析 | 第32-36页 |
| 3. 结果与分析 | 第36-71页 |
| 3.1 RNA的质量检测 | 第36-37页 |
| 3.2 原始数据的处理与初步分析 | 第37-45页 |
| 3.2.1 测序质量值分布检查 | 第37-38页 |
| 3.2.2 碱基分布检查 | 第38页 |
| 3.2.3 测序产量统计与评估 | 第38-39页 |
| 3.2.4 测序数据与参考基因组的比对及随机性评估 | 第39-45页 |
| 3.3 基因表达分析 | 第45-46页 |
| 3.3.1 基因表达定量 | 第45页 |
| 3.3.2 不同样品表达量比对 | 第45-46页 |
| 3.4 差异表达分析 | 第46-51页 |
| 3.4.1 差异表达筛选 | 第46页 |
| 3.4.2 差异表达基因统计 | 第46-50页 |
| 3.4.3 差异表达基因聚类分析 | 第50-51页 |
| 3.5 基因功能注释 | 第51-59页 |
| 3.5.1 差异表达转录本注释 | 第51页 |
| 3.5.2 差异表达转录本的COG注释 | 第51-52页 |
| 3.5.3 差异表达转录本GO功能注释及分类统计 | 第52-53页 |
| 3.5.4 差异表达转录本GO富集层次分析 | 第53-56页 |
| 3.5.5 差异表达转录本的KEGG Pathway分析 | 第56-59页 |
| 3.6 可变剪接事件统计与分析 | 第59-67页 |
| 3.6.1 外显子跳跃 | 第60-61页 |
| 3.6.2 内含子保留 | 第61-62页 |
| 3.6.3 第一个外显子可变剪接 | 第62-63页 |
| 3.6.4 最后一个外显子可变剪接 | 第63-64页 |
| 3.6.5 5’端可变剪接 | 第64-65页 |
| 3.6.6 3’端可变剪接 | 第65-67页 |
| 3.7 基因结构的优化与新基因的统计和功能注释 | 第67-69页 |
| 3.7.1 基因结构优化的结果 | 第67页 |
| 3.7.2 新基因的统计 | 第67-68页 |
| 3.7.3 新基因的功能注释 | 第68-69页 |
| 3.8 SNP分析 | 第69-71页 |
| 4 讨论 | 第71-75页 |
| 总结与展望 | 第75-77页 |
| 1. 总结 | 第75页 |
| 2. 展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
