| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-34页 |
| 1.1 奶牛健康养殖 | 第15-16页 |
| 1.2 奶牛乳腺炎 | 第16-17页 |
| 1.2.1 奶牛乳腺炎的临床表现与鉴定 | 第16页 |
| 1.2.2 奶牛乳腺炎的危害 | 第16-17页 |
| 1.3 引起奶牛乳腺炎的主要病原菌 | 第17-19页 |
| 1.3.1 血浆凝固酶阳性的金黄色葡萄球菌 | 第18页 |
| 1.3.2 链球菌 | 第18页 |
| 1.3.3 血浆凝固酶阴性的葡萄球菌 | 第18-19页 |
| 1.3.4 大肠杆菌 | 第19页 |
| 1.4 甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌 | 第19-23页 |
| 1.4.1 青霉素抗性与甲氧西林的诞生 | 第19-20页 |
| 1.4.2 甲氧西林抗性的出现与传播 | 第20-22页 |
| 1.4.3 甲氧西林抗性的机制 | 第22-23页 |
| 1.5 葡萄球菌染色体盒SCCmec | 第23-26页 |
| 1.5.1 葡萄球菌染色体盒SCCmec的分型 | 第23-25页 |
| 1.5.2 葡萄球菌染色体盒SCCmec的分布 | 第25-26页 |
| 1.6 染色体盒重组酶Ccr | 第26-29页 |
| 1.6.1 染色体盒重组酶Ccr的分型 | 第26-27页 |
| 1.6.2 染色体盒重组酶Ccr的作用原理 | 第27-28页 |
| 1.6.3 染色体盒重组酶Ccr的结构与功能 | 第28-29页 |
| 1.6.4 染色体盒重组酶Ccr的表达调控 | 第29页 |
| 1.7 利用CRISPR-Cas系统消除抗性基因 | 第29-32页 |
| 1.7.1 CRISPR-Cas系统 | 第29-32页 |
| 1.7.2 CRISPR-Cas9系统在消除抗性基因上的应用 | 第32页 |
| 1.8 本研究的目的和意义及主要研究内容 | 第32-34页 |
| 1.8.1 研究目的和意义 | 第32-33页 |
| 1.8.2 主要研究内容 | 第33-34页 |
| 试验部分 | 第34-104页 |
| 第二章 奶牛乳腺炎来源金黄色葡萄球菌的筛选与鉴定 | 第34-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第34-35页 |
| 2.1.1 试剂 | 第34页 |
| 2.1.2 引物 | 第34页 |
| 2.1.3 主要仪器及设备 | 第34-35页 |
| 2.2 试验方法 | 第35-37页 |
| 2.2.1 奶牛及乳区的选择 | 第35页 |
| 2.2.2 奶样的采集与前处理 | 第35-36页 |
| 2.2.3 葡萄球菌的分离与鉴定 | 第36页 |
| 2.2.4 血浆凝固酶试验 | 第36页 |
| 2.2.5 16 srRNA测序鉴定 | 第36页 |
| 2.2.6 金黄色葡萄球菌标志基因与抗性基因的扩增鉴定 | 第36-37页 |
| 2.2.7 药敏试验 | 第37页 |
| 2.3 结果 | 第37-43页 |
| 2.3.1 奶牛乳腺炎来源葡萄球菌的分离鉴定结果 | 第37-42页 |
| 2.3.2 奶牛乳腺炎来源甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌 | 第42-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-44页 |
| 2.5 小结 | 第44-46页 |
| 第三章 MRSABA01611的全基因组测序及比较基因组学研究 | 第46-64页 |
| 3.1 试验材料 | 第46-48页 |
| 3.1.1 菌株 | 第46页 |
| 3.1.2 试剂 | 第46页 |
| 3.1.3 引物 | 第46页 |
| 3.1.4 主要仪器及设备 | 第46-48页 |
| 3.2 试验方法 | 第48-49页 |
| 3.2.1 BA01611全基因组测序 | 第48页 |
| 3.2.2 填补测序缺口 | 第48-49页 |
| 3.2.3 基因注释 | 第49页 |
| 3.2.4 比较基因组学分析 | 第49页 |
| 3.2.5 SCCmec元件分析 | 第49页 |
| 3.3 结果 | 第49-62页 |
| 3.3.1 全基因组测序概况 | 第49页 |
| 3.3.2 缺口填补概况与完整基因组的组装 | 第49-51页 |
| 3.3.3 BA01611基因组基本信息 | 第51-53页 |
| 3.3.4 BA01611与其他MRSA菌株的亲缘关系 | 第53-54页 |
| 3.3.5 BA01611基因组内的抗生素抗性、粘附、毒力与逆境耐受相关基因分析 | 第54-57页 |
| 3.3.6 新型TypeXIISCCmec与新型染色体盒重组酶CcrC2的发现 | 第57-62页 |
| 3.4 讨论 | 第62-63页 |
| 3.5 小结 | 第63-64页 |
| 第四章 重组酶CcrC2介导甲氧西林抗性基因水平转移的分子机制研究 | 第64-92页 |
| 4.1 试验材料 | 第64-70页 |
| 4.1.1 菌株 | 第64页 |
| 4.1.2 质粒 | 第64页 |
| 4.1.3 引物及序列信息 | 第64-69页 |
| 4.1.4 试剂 | 第69页 |
| 4.1.5 主要仪器及设备 | 第69-70页 |
| 4.2 试验方法 | 第70-78页 |
| 4.2.1 构建ccrC2基因敲除载体pKZ2-ΔccrC | 第70-71页 |
| 4.2.2 构建CcrC2过表达载体pSE1-ccrC | 第71-72页 |
| 4.2.3 构建环化中间体样载体pSCCcat | 第72页 |
| 4.2.4 金黄色葡萄球菌的电转化 | 第72-73页 |
| 4.2.5 构建CcrC2敲除菌株 | 第73-74页 |
| 4.2.6 检测SCCmec的剪切效率 | 第74页 |
| 4.2.7 筛选SCCmec丢失菌株 | 第74页 |
| 4.2.8 检测pSCCcat的整合效率 | 第74-75页 |
| 4.2.9 筛选SCCcat整合菌株 | 第75页 |
| 4.2.10 构建CcrC2的截短突变体和点突变体 | 第75页 |
| 4.2.11 表达纯化CcrC2蛋白 | 第75-76页 |
| 4.2.12 抗CcrC2多克隆抗体的制备 | 第76-77页 |
| 4.2.13 凝胶阻滞试验(EMSA) | 第77页 |
| 4.2.14 统计分析方法 | 第77-78页 |
| 4.3 结果 | 第78-89页 |
| 4.3.1 CcrC2介导SCCmec的切除 | 第78-81页 |
| 4.3.2 CcrC2介导SCCmec的整合 | 第81-83页 |
| 4.3.3 att序列特异性影响CcrC2重组效率 | 第83-87页 |
| 4.3.4 CcrC2的关键结构域与关键氨基酸残基 | 第87-89页 |
| 4.4 讨论 | 第89-90页 |
| 4.4.1 CcrC2介导SCCmec抗性元件的水平转移 | 第89页 |
| 4.4.2 切除与整合效率检测方法的优化 | 第89-90页 |
| 4.4.3 CcrC2的位点识别特异性 | 第90页 |
| 4.4.4 CcrC2的表达调控探讨 | 第90页 |
| 4.5 小结 | 第90-92页 |
| 第五章 SCCmeckiller系统消除甲氧西林抗性的应用研究 | 第92-101页 |
| 5.1 试验材料 | 第92-95页 |
| 5.1.1 菌株 | 第92页 |
| 5.1.2 质粒 | 第92页 |
| 5.1.3 引物及序列信息 | 第92-94页 |
| 5.1.4 试剂 | 第94页 |
| 5.1.5 主要仪器及设备 | 第94-95页 |
| 5.2 试验方法 | 第95-96页 |
| 5.2.1 构建SCCmeckiller载体系统 | 第95-96页 |
| 5.2.2 向MRSA菌株导入SCCmeckiller系统 | 第96页 |
| 5.2.3 SCCmec丢失现象的检测 | 第96页 |
| 5.3 结果 | 第96-99页 |
| 5.3.1 SCCmeckiller系统的建立 | 第96-98页 |
| 5.3.2 SCCmeckiller消除甲氧西林抗性试验 | 第98-99页 |
| 5.4 讨论 | 第99-100页 |
| 5.5 小结 | 第100-101页 |
| 第六章 论文总结 | 第101-104页 |
| 6.1 结论 | 第101-102页 |
| 6.2 创新点 | 第102页 |
| 6.3 进一步研究的课题 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-112页 |
| 附录 | 第112-116页 |
| 缩略词 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 作者简介 | 第118-119页 |
