| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 前言 | 第14-24页 |
| 1 研究问题的由来 | 第14页 |
| 2 文献综述 | 第14-23页 |
| 2.1 THR286磷酸化导致CaMKⅡ具有自主活性的原理 | 第14-17页 |
| 2.2 SMD方法的原理及其应用 | 第17-19页 |
| 2.3 自相关函数的原理及其应用 | 第19-21页 |
| 2.4 CaMKⅡ刺激编码模型 | 第21-23页 |
| 3 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 第一章 CaMKⅡ基因及其蛋白质序列分析 | 第24-36页 |
| 1 前言 | 第24-25页 |
| 2 方法 | 第25页 |
| 3 结果 | 第25-32页 |
| 3.1 CaMKⅡ基因及其蛋白质序列预测 | 第25页 |
| 3.2 CaMKⅡ基因进化分析 | 第25-27页 |
| 3.3 CaMKⅡ蛋白质功能域划分 | 第27-29页 |
| 3.4 CaMKⅡ蛋白质序列差异与酶学活性的关系 | 第29-32页 |
| 4 讨论 | 第32-35页 |
| 4.1 关于CaMKⅡ基因及其蛋白质序列预测 | 第32-33页 |
| 4.2 关于CaMKⅡ基因进化分析 | 第33页 |
| 4.3 关于CaMKⅡ蛋白质功能域划分 | 第33-34页 |
| 4.4 关于CaMKⅡ蛋白质序列差异与酶学活性的关系 | 第34-35页 |
| 5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第二章 CaMKⅡ蛋白激活模型 | 第36-58页 |
| 1 前言 | 第36-37页 |
| 2 方法 | 第37-38页 |
| 3 结果 | 第38-49页 |
| 3.1 抑制状态的CaMKⅡ三维结构 | 第38-39页 |
| 3.2 从抑制状态到钙调蛋白绑定状态的CaMKⅡ构象转换 | 第39-42页 |
| 3.3 THP286状态CaMKⅡ的构象转换 | 第42-45页 |
| 3.4 CaMKⅡ的THR286自磷酸化和自去磷酸化 | 第45-47页 |
| 3.5 CaMKⅡ全酶晶体结构 | 第47-49页 |
| 4 讨论 | 第49-57页 |
| 4.1 CaMKⅡ的抑制与激活机制 | 第49页 |
| 4.2 钙调蛋白引发CaMKⅡ构象转换的机制 | 第49-51页 |
| 4.3 钙调蛋白以及CaMKⅡ构象转换的理论解释 | 第51页 |
| 4.4 构象-能量-速率关系 | 第51-56页 |
| 4.5 CaMKⅡ全酶激活模型 | 第56-57页 |
| 5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第三章 CaMKⅡ蛋白质分子动力学模拟 | 第58-80页 |
| 1 CaMKⅡ的激酶功能域自发变构模拟 | 第58-67页 |
| 1.1 前言 | 第58-59页 |
| 1.2 方法 | 第59-60页 |
| 1.3 结果 | 第60-66页 |
| 1.4 讨论 | 第66-67页 |
| 2 CaMKⅡ的调节功能域变构模拟 | 第67-79页 |
| 2.1 前言 | 第67-68页 |
| 2.2 方法 | 第68-69页 |
| 2.3 结果 | 第69-77页 |
| 2.5 讨论 | 第77-79页 |
| 3 本章小结 | 第79-80页 |
| 第四章 CaMKⅡ蛋白调控网络建模 | 第80-100页 |
| 1 CaMKⅡ刺激编码模型 | 第80-89页 |
| 1.1 前言 | 第80-81页 |
| 1.2 模型与方法 | 第81-84页 |
| 1.3 结果 | 第84-88页 |
| 1.4 讨论 | 第88-89页 |
| 2 CaMKⅡ调控转录因子以及基因表达的模型 | 第89-99页 |
| 2.1 前言 | 第89页 |
| 2.2 模型与方法 | 第89-92页 |
| 2.3 结果 | 第92-97页 |
| 2.4 讨论 | 第97-99页 |
| 3 本章小结 | 第99-100页 |
| 全文总结 | 第100-102页 |
| 1 本研究的主要结果与结论 | 第100-101页 |
| 2 本研究的创新点与特色 | 第101页 |
| 3 本研究不足之处与进一步工作的建议 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-112页 |
| 附录 | 第112-128页 |
| 附录A CaMKⅡ蛋白质序列及其基因信息 | 第112-116页 |
| 附录B 线虫与人CaMKⅡ四种亚型的三维结构比较 | 第116-119页 |
| 附录C CaMKⅡ催化自磷酸化反应的量子化学描述 | 第119-122页 |
| 附录D 自相关系数符号划分构象空间的证明 | 第122-125页 |
| 附录E CaMKⅡ刺激编码模型的速率常数 | 第125-128页 |
| 攻读学位期间撰写论文题录 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
