短尾类系统发生和谱系年代研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 短尾类系统演化概况 | 第7-24页 |
| 引言 | 第7页 |
| 1 短尾类系统发生关系概况 | 第7-14页 |
| 1.1 短尾类在十足目中的分类地位 | 第7-11页 |
| 1.2 短尾类内部的系统发生关系 | 第11-14页 |
| 2 短尾类线粒体基因组研究进展 | 第14-18页 |
| 2.1 已测得线粒体全序列的短尾类物种 | 第14-15页 |
| 2.2 短尾类线粒体全基因组特点 | 第15-16页 |
| 2.3 线粒体基因组在系统发生中的应用 | 第16-18页 |
| 参考文献 | 第18-24页 |
| 第二章 谭氏泥蟹线粒体基因组测定 | 第24-34页 |
| 1 材料和方法 | 第24-25页 |
| 1.1 标本采集和基因组DNA提取 | 第24页 |
| 1.2 线粒体基因组扩增及测序 | 第24-25页 |
| 1.3 数据处理 | 第25页 |
| 2 结果与讨论 | 第25-32页 |
| 2.1 谭氏泥蟹线粒体基因组结构 | 第25-28页 |
| 2.2 蛋白编码基因 | 第28页 |
| 2.3 rRNA基因 | 第28-29页 |
| 2.4 基因重排 | 第29页 |
| 2.5 同义和非同义替代 | 第29-30页 |
| 2.6 tRNA基因 | 第30-32页 |
| 参考文献 | 第32-34页 |
| 第三章 基于线粒体全序列探讨短尾类的系统发生 | 第34-53页 |
| 引言 | 第34页 |
| 1 材料与方法 | 第34-37页 |
| 1.1 标本采集和基因组DNA提取 | 第34页 |
| 1.2 线粒体基因组扩增和测序 | 第34页 |
| 1.3 线粒体DNA序列数据 | 第34-35页 |
| 1.4 序列比对和区段选择 | 第35-36页 |
| 1.5 核苷酸替代速率检测 | 第36页 |
| 1.6 系统发生信号检测 | 第36页 |
| 1.7 碱基组成偏向性检测 | 第36-37页 |
| 1.8 数据集的选择 | 第37页 |
| 1.9 系统发生分析 | 第37页 |
| 2 结果 | 第37-41页 |
| 2.1 核苷酸替代速率 | 第37-39页 |
| 2.2 系统发生信号检测 | 第39-40页 |
| 2.3 碱基组成偏向性检测 | 第40-41页 |
| 2.4 数据集的选择 | 第41页 |
| 2.5 短尾类系统发生分析 | 第41页 |
| 3 讨论 | 第41-48页 |
| 3.1 密码子第三位在系统发生分析中的应用 | 第41-44页 |
| 3.2 基于线粒体基因组的短尾类系统发生重建 | 第44-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 第四章 短尾类的谱系年代研究 | 第53-62页 |
| 引言 | 第53页 |
| 1 化石校正点的选择 | 第53-55页 |
| 2 基于蛋白编码基因的年代估算 | 第55页 |
| 3 结果与讨论 | 第55-59页 |
| 参考文献 | 第59-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
