| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 研究概述 | 第11-27页 |
| 1.1 椴树属研究概况 | 第11-19页 |
| 1.1.1 椴树属介绍 | 第11-12页 |
| 1.1.2 椴树属的分类历史 | 第12-15页 |
| 1.1.3 椴树属的系统位置及属下系统关系 | 第15-19页 |
| 1.2 植物叶绿体基因组 | 第19-20页 |
| 1.3 基于叶绿体基因组的系统发育研究 | 第20-21页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第21-27页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第21-22页 |
| 1.4.2 研究意义 | 第22-27页 |
| 第二章 椴树属及其近缘类群的叶绿体比较基因组学 | 第27-51页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第27-32页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.2 叶绿体DNA的提取分离 | 第28页 |
| 2.1.3 PCR扩增、PCR产物纯化和测序 | 第28-29页 |
| 2.1.4 叶绿体基因组序列拼接 | 第29-31页 |
| 2.1.5 叶绿体基因组注释 | 第31页 |
| 2.1.6 序列比对分析 | 第31页 |
| 2.1.7 系统发育构建 | 第31-32页 |
| 2.2 实验结果 | 第32-47页 |
| 2.2.1 叶绿体基因组测序 | 第32-33页 |
| 2.2.2 椴树属叶绿体基因组的结构特征 | 第33-37页 |
| 2.2.3 锦葵科叶绿体基因组的比较 | 第37-40页 |
| 2.2.4 四种椴树叶绿体基因组的序列变异 | 第40-45页 |
| 2.2.5 基于叶绿体全基因组的四种椴树系统发育分析 | 第45-47页 |
| 2.3 讨论 | 第47-51页 |
| 2.3.1 锦葵科叶绿体基因组结构及变异 | 第47-48页 |
| 2.3.2 椴树属叶绿体基因组序列的分子进化 | 第48-49页 |
| 2.3.3 叶绿体系统发育基因组学对椴树属系统发育关系的重建 | 第49-51页 |
| 第三章 椴树属的叶绿体系统发育基因组学研究 | 第51-83页 |
| 3.1 实验材料和方法 | 第51-55页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第51-54页 |
| 3.1.2 DNA提取、基因组测序及拼接 | 第54页 |
| 3.1.3 序列对比分析 | 第54-55页 |
| 3.2 实验结果 | 第55-74页 |
| 3.2.1 数据特征 | 第55-56页 |
| 3.2.2 基于叶绿体全基因组序列的系统发育分析 | 第56-60页 |
| 3.2.3 基于大单拷贝区序列的系统发育分析 | 第60页 |
| 3.2.4 基于小单拷贝区序列的系统发育分析 | 第60-67页 |
| 3.2.5 基于反向重复区序列的系统发育分析 | 第67页 |
| 3.2.6 基于编码基因区序列的系统发育分析 | 第67页 |
| 3.2.7 基于非编码基因区序列的系统发育分析 | 第67-74页 |
| 3.3 讨论 | 第74-83页 |
| 3.3.1 基于叶绿体基因组不同数据矩阵的系统发育分析 | 第74-75页 |
| 3.3.2 椴树属的系统发育关系 | 第75-83页 |
| 第四章 结论与展望 | 第83-85页 |
| 4.1 结论 | 第83-84页 |
| 4.2 展望 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-95页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第95-96页 |
| 附录1 四种椴树属植物的叶绿体基因组非编码区变异信息 | 第96-99页 |
| 附录2 椴树属及外类群48个个体的叶绿体基因组信息 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101-103页 |
