| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-24页 |
| 1.1 雷帕霉素 | 第10-15页 |
| 1.1.1 雷帕霉素理化性质 | 第10页 |
| 1.1.2 雷帕霉素及其衍生物的开发现状及其应用 | 第10-11页 |
| 1.1.3 雷帕霉素的生物合成 | 第11-13页 |
| 1.1.4 发酵法生产雷帕霉素的研究现状及发展趋势 | 第13-15页 |
| 1.2 基因组尺度代谢网络模型 | 第15-20页 |
| 1.2.1 基因组尺度代谢网络模型的发展 | 第15-16页 |
| 1.2.2 基因组尺度代谢网络模型构建 | 第16-17页 |
| 1.2.3 基因组尺度代谢网络模型算法 | 第17-18页 |
| 1.2.4 基因组尺度代谢网络模型的应用 | 第18-20页 |
| 1.3 微生物代谢途径改造 | 第20-22页 |
| 1.3.1 代谢工程 | 第20-21页 |
| 1.3.2 链霉菌的代谢途径改造 | 第21-22页 |
| 1.4 本论文研究内容和意义 | 第22-24页 |
| 1.4.1 本论文研究内容 | 第22-23页 |
| 1.4.2 本论文研究意义 | 第23-24页 |
| 第2章 吸水链霉菌基因组尺度代谢网络模型构建及调试 | 第24-34页 |
| 2.1 吸水链霉菌原始菌基因组尺度代谢网络模型构建 | 第24-32页 |
| 2.1.1 提取原始数据获得初步GPR关系 | 第25-26页 |
| 2.1.2 分析优化代谢网络模型 | 第26-30页 |
| 2.1.3 代谢网络模型的转化 | 第30页 |
| 2.1.4 识别与填补模型的Gap | 第30-32页 |
| 2.2 胞外通量的测量和模型的模拟验证 | 第32-33页 |
| 2.2.1 吸水链霉菌胞外通量的测量 | 第32-33页 |
| 2.2.2 吸水链霉菌基因组尺度代谢网络模型的模拟验证 | 第33页 |
| 2.3 本章小结 | 第33-34页 |
| 第3章 代谢网络模型的模拟预测 | 第34-38页 |
| 3.1 吸水链霉菌靶基因预测过程 | 第34-35页 |
| 3.2 模拟预测结果分析 | 第35-37页 |
| 3.3 本章小结 | 第37-38页 |
| 第4章 基因组尺度代谢网络模型指导吸水链霉菌基因改造 | 第38-62页 |
| 4.1 实验材料 | 第38-43页 |
| 4.1.1 菌种、质粒和引物 | 第38-40页 |
| 4.1.2 培养基 | 第40页 |
| 4.1.3 主要溶液与试剂 | 第40-42页 |
| 4.1.4 主要设备仪器 | 第42-43页 |
| 4.2 实验方法 | 第43-53页 |
| 4.2.1 吸水链霉菌的培养 | 第43-44页 |
| 4.2.2 大肠杆菌的培养 | 第44页 |
| 4.2.3 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第44页 |
| 4.2.4 大肠杆菌感受态细胞转化 | 第44页 |
| 4.2.5 大肠杆菌质粒DNA的提取 | 第44-45页 |
| 4.2.6 吸水链霉菌基因组DNA的提取 | 第45页 |
| 4.2.7 分子生物学实验操作 | 第45-48页 |
| 4.2.8 吸水链霉菌过表达载体的构建 | 第48页 |
| 4.2.9 吸水链霉菌基因敲除载体的构建 | 第48-49页 |
| 4.2.10 吸水链霉菌的接合转移 | 第49-50页 |
| 4.2.11 确定发酵液残糖浓度 | 第50页 |
| 4.2.12 雷帕霉素检测方法 | 第50-51页 |
| 4.2.13 吸水链霉菌生物量的测定 | 第51页 |
| 4.2.14 酶活力测定 | 第51-53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-60页 |
| 4.3.1 单基因过表达改造及过表达菌株的实验分析 | 第53-54页 |
| 4.3.2 基因敲除改造及敲除菌株的代谢分析 | 第54-56页 |
| 4.3.3 综合基因扰动菌株的构建及代谢特征分析 | 第56-60页 |
| 4.4 本章小结 | 第60-62页 |
| 第5章 结论和展望 | 第62-64页 |
| 5.1 主要结论 | 第62页 |
| 5.2 创新点 | 第62页 |
| 5.3 展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
