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甘蓝型油菜硼高效QTL的图位克隆与响应硼胁迫的表达谱分析

摘要第9-11页
ABSTRACT第11-14页
缩略语表第15-16页
1 文献综述第16-40页
    1.1 硼的物理和化学性质第16页
    1.2 硼的天然来源第16页
    1.3 农田土壤中硼的有效性第16-17页
    1.4 植物中硼的缺乏和毒害第17页
    1.5 硼在植物体内的功能第17-18页
    1.6 硼在植物体内的吸收和转运第18-29页
        1.6.1 硼的跨膜运输第18-19页
        1.6.2 BORs家族基因与硼的吸收与转运第19-23页
        1.6.3 NIPs家族基因与硼的吸收与转运第23-28页
        1.6.4 PIPs家族基因与硼的吸收与转运第28页
        1.6.5 TIPs家族基因与硼的吸收与转运第28页
        1.6.6 XIPs家族基因与硼的吸收与转运第28-29页
        1.6.7 转录因子与硼的吸收转运第29页
    1.7 植物QTLs的定位与克隆策略第29-33页
    1.8 甘蓝型油菜QTLs的定位与克隆研究进展第33-35页
    1.9 高通量测序在甘蓝型油菜组学研究中的应用第35-37页
    1.10 甘蓝型油菜硼高效的生理和分子机制研究第37-38页
    1.11 甘蓝型油菜硼高效的遗传基础研究第38-40页
2 本研究的背景﹑内容和技术路线第40-42页
    2.1 研究背景第40页
    2.2 研究内容第40-41页
    2.3 技术路线第41-42页
3 不同硼效率品种响应低硼胁迫的形态﹑生理和转录组差异与遗传变异第42-72页
    3.1 前言第42页
    3.2 材料与方法第42-50页
        3.2.1 试验材料第42页
        3.2.2 营养液培养试验第42-43页
        3.2.3 盆栽试验第43页
        3.2.4 硼含量的测定第43-44页
        3.2.5 显微分析第44页
        3.2.6 高纯度基因组DNA的提取第44-45页
        3.2.7 总RNA的提取第45-46页
        3.2.8 RNA的逆转录与荧光定量PCR第46-48页
        3.2.9 全基因组重测序第48页
        3.2.10 数字基因表达谱测序第48-49页
        3.2.11 基因表达分析第49页
        3.2.12 统计分析第49-50页
    3.3 结果与分析第50-68页
        3.3.1 硼高效品种和硼低效品种苗期响应缺硼的形态和生理差异第50-54页
        3.3.2 硼高效品种与硼低效品种成熟期响应缺硼的形态和生理差异第54-57页
        3.3.3 硼高效品种与硼低效品种的基因组差异第57-61页
        3.3.4 硼高效品种与硼低效品种的差异表达基因第61-68页
    3.4 讨论第68-72页
        3.4.1 全基因组重测序解析不同硼效率品种间丰富的遗传变异第68-69页
        3.4.2 数字基因表达谱鉴定不同硼效率品种响应缺硼的差异表达基因第69-70页
        3.4.3 甘蓝型油菜不同硼效率品种对缺硼胁迫的差异响应模型第70-72页
4 甘蓝型油菜硼高效QTL qBEC-A3a的精细定位与克隆第72-123页
    4.1 前言第72-73页
    4.2 材料与方法第73-80页
        4.2.1 试验材料第73页
        4.2.2 营养液培养与盆栽试验第73页
        4.2.3 硼效率的鉴定第73页
        4.2.4 高通量测序第73-74页
        4.2.5 QTL-seq分析第74页
        4.2.6 核酸多态性位点的鉴定和InDel-based分子标记的开发第74-75页
        4.2.7 InDel-based分子标记的PCR扩增第75页
        4.2.8 聚丙烯酰氨凝胶电泳(PAGE)第75-76页
        4.2.9 遗传连锁图谱的构建第76页
        4.2.10 基因序列的克隆第76-79页
        4.2.11 生物信息学分析第79-80页
    4.3 结果与分析第80-118页
        4.3.1 硼高效主效QTL qBEC-A3a位点的遗传分析第80-82页
        4.3.2 硼高效主效QTL qBEC-A3a对硼效率的影响第82-88页
        4.3.3 QTL-seq验证硼高效主效QTL qBEC-A3a第88-89页
        4.3.4 硼高效主效QTL qBEC-A3a的精细定位第89-96页
        4.3.5 数字基因表达谱辅助的候选基因分析第96-99页
        4.3.6 硼高效候选基因BnaA3.NIP5;1 的分子特征第99-109页
        4.3.7 硼高效基因BnaA3.NIP5;1 的共表达分析第109-112页
        4.3.8 QTL-seq鉴定全基因组硼高效QTLs第112-118页
    4.4 讨论第118-123页
        4.4.1 QTL-seq鉴定甘蓝型油菜硼效率QTLs第118-120页
        4.4.2 硼高效主效QTL qBEC-A3a的精细定位第120页
        4.4.3 高通量测序在数量性状基因克隆上的应用第120-121页
        4.4.4 BnaA3.NIP5;1 蛋白作为NIP家族成员的调控解析第121-123页
5 甘蓝型油菜响应缺硼和过量硼胁迫的表达谱分析第123-147页
    5.1 前言第123页
    5.2 材料与方法第123-126页
        5.2.1 试验材料第123页
        5.2.2 营养液培养试验第123-124页
        5.2.3 硼﹑光合色素﹑SPAD和花青素的测定第124页
        5.2.4 叶片比重的计算和SPAD值的测定第124页
        5.2.5 花青素的测定第124-125页
        5.2.6 数字基因表达谱分析第125页
        5.2.7 统计分析第125-126页
    5.3 结果与分析第126-143页
        5.3.1 甘蓝型油菜响应不同硼胁迫的形态和生理差异第126-129页
        5.3.2 甘蓝型油菜全基因组数字基因表达谱第129-133页
        5.3.3 油菜BORs家族基因对缺硼和硼毒胁迫的表达反应第133-135页
        5.3.4 油菜MIPs家族基因对缺硼和硼毒处理的表达反应第135-138页
        5.3.5 油菜WRKYs家族基因对缺硼和硼毒胁迫的表达反应第138-139页
        5.3.6 油菜抗氧化酶家族基因对缺硼和硼毒处理的表达反应第139-141页
        5.3.7 数字基因表达谱的定量PCR验证第141-143页
    5.4 讨论第143-147页
        5.4.1 甘蓝型油菜对缺硼和硼毒胁迫的形态与生理响应第143-144页
        5.4.2 甘蓝型油菜对缺硼和硼毒胁迫的分子响应第144-147页
6 总结与展望第147-150页
    6.1 总结第147-148页
    6.2 本研究的创新点第148页
    6.3 本研究的不足与展望第148-150页
参考文献第150-170页
附录I 本研究中常用试剂的配制方法第170-173页
附录II 本研究所用引物序列第173-174页
附录III 本研究所克隆基因序列第174-177页
附录IV 本研究常用数据库/软件网址第177-178页
作者简介第178页
在读期间发表论文第178-179页
致谢第179-181页

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