| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一部分 综述 | 第7-13页 |
| 1.1 传统的微生物生态学研究方法 | 第7页 |
| 1.2 微生物分子生态学方法的建立 | 第7-8页 |
| 1.3 微生物分子生态学常用方法及存在的问题 | 第8页 |
| 1.4 元基因组学在微生物分子生态学的应用 | 第8-9页 |
| 1.5 元转录组学在微生物分子生态学的应用 | 第9页 |
| 1.6 高通量测序技术的发展 | 第9页 |
| 1.7 常用的元基因组和元转录组数据库 | 第9-10页 |
| 1.8 氨氧化细菌,氨氧化古生菌和甲烷氧化细菌 | 第10-11页 |
| 1.9 数据挖掘在微生物全球分布格局研究中的应用 | 第11-13页 |
| 第二部分 研究内容 | 第13-47页 |
| 2.1 研究背景 | 第13-15页 |
| 2.2 材料与方法 | 第15-21页 |
| 2.2.1 Reference amoA或pmoA基因序列收集和整理 | 第15页 |
| 2.2.2 amoA或pmoA基因代表序列的获取 | 第15-16页 |
| 2.2.3 基于代表序列在CAMERA数据库中搜索amoA或pmoA序列 | 第16页 |
| 2.2.4 氨/甲烷氧化微生物在海洋中的分布格局 | 第16-18页 |
| 2.2.5 环境因素对氨氧化古生菌分布的影响 | 第18页 |
| 2.2.6 元基因组与元转录组数据的比较分析 | 第18页 |
| 2.2.7 陆地温泉和海洋热泉喷口的比较分析 | 第18-19页 |
| 2.2.8 常用pmoA基因和amoA基因引物评价 | 第19-21页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第21-42页 |
| 2.3.1 元基因组样品在全球海洋中的分布描述 | 第21-23页 |
| 2.3.2 氨氧化微生物和甲烷氧化细菌在海洋中的分布 | 第23-30页 |
| 2.3.3 环境因素对氨氧化古生菌群落的分布及多样性影响 | 第30-34页 |
| 2.3.4 海洋中氨/甲烷氧化微生物的元基因组,元转录组数据分析 | 第34-35页 |
| 2.3.5 海洋热泉喷口样品和陆地温泉样品主要微生物类群比较分析 | 第35-36页 |
| 2.3.6 常用pmoA基因和amoA基因引物评价 | 第36-42页 |
| 2.4 结论 | 第42-45页 |
| 2.5 展望 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
