| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 一、多肽-蛋白质的系统性盲对接研究 | 第7-28页 |
| 1.1 研究背景 | 第7-9页 |
| 1.1.1 多肽-蛋白质相互作用的重要性 | 第7页 |
| 1.1.2 预测多肽-蛋白质作用位点的主要方法 | 第7-8页 |
| 1.1.3 现有多肽对接方法的不足 | 第8-9页 |
| 1.1.4 盲对接是预测多肽-蛋白质相互作用的解决途径 | 第9页 |
| 1.1.5 本部分研究的目的及意义 | 第9页 |
| 1.2 流程与方法 | 第9-14页 |
| 1.2.1 多肽-蛋白质pdb文件的准备 | 第9-11页 |
| 1.2.2 多肽片段盲对接球体模型的设计 | 第11-12页 |
| 1.2.3 多肽片段的全局对接 | 第12-13页 |
| 1.2.4 全局对接结果的筛选 | 第13页 |
| 1.2.5 ISR-Affinity分析 | 第13-14页 |
| 1.3 结果与分析 | 第14-22页 |
| 1.3.1 系统性盲对接结果的筛选 | 第14-18页 |
| 1.3.2 系统性盲对接方法能够准确预测多肽-蛋白质的相互作用位点 | 第18-22页 |
| 1.4 讨论 | 第22-27页 |
| 1.5 结论 | 第27-28页 |
| 二、HIV-1多肽抑制剂的设计 | 第28-38页 |
| 2.1 研究背景 | 第28-31页 |
| 2.1.1 HIV-1的Tat蛋白与人体P-TEFb蛋白以及AFF4蛋白复合物的形成机制 | 第28-29页 |
| 2.1.2 多肽抑制剂的优势以及可能的HIV抑制剂药物靶点 | 第29-30页 |
| 2.1.3 本部分的研究内容及意义 | 第30-31页 |
| 2.2 流程与方法 | 第31-32页 |
| 2.2.1 CyclinT1/AFF4的盲对接研究 | 第31页 |
| 2.2.2 多肽的全长建模 | 第31-32页 |
| 2.2.3 全长模型序列的重新设计 | 第32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-36页 |
| 2.3.1 CyclinT1/Tat以及CyclinT1/AFF4的盲对接结果 | 第32-33页 |
| 2.3.2 全长多肽抑制剂模型的构建 | 第33-34页 |
| 2.3.3 多肽-蛋白质的Interface Design | 第34-35页 |
| 2.3.4 经重新设计后的全长序列分析 | 第35-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-37页 |
| 2.4.1 新设计的多肽可能抑制HIV-1在体内的活性 | 第36-37页 |
| 2.4.2 该多肽抑制剂的设计方法可用来研发新的多肽类药物 | 第37页 |
| 2.5 结论 | 第37-38页 |
| 三、参考文献 | 第38-44页 |
| 四、附录 | 第44-48页 |
| 综述：多肽-蛋白质相互作用研究与进展 | 第48-58页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 硕士期间获得奖项 | 第58页 |
| 待发表论文 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
