| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 1 研究背景 | 第8-21页 |
| 1.1 PCR在生物学领域的广泛应用 | 第8-10页 |
| 1.2 DNA聚合酶与引物/模板的作用机制 | 第10-15页 |
| 1.3 引物的优劣对PCR效率的影响 | 第15-17页 |
| 1.4 蛋白质与DNA互作界面分析 | 第17-18页 |
| 1.5 自由能计算方法MMPBSA | 第18页 |
| 1.6 基于结构的分子动力学模拟SBM | 第18-20页 |
| 1.7 本部分的研究目的与意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-32页 |
| 2.1 DNA聚合酶与引物/模板相互作用的三维结构模型建立 | 第21-22页 |
| 2.2 引物/模板碱基序列的突变 | 第22-23页 |
| 2.3 自由能计算方法建立及参数设置 | 第23-24页 |
| 2.4 基于能量计算结果对HSA基因进行引物设计 | 第24-25页 |
| 2.5 PCR实验验证HSA基因引物的优劣 | 第25-28页 |
| 2.6 基于能量计算结果对PyrF基因进行引物设计 | 第28页 |
| 2.7 PCR实验验证PyrF基因引物的优劣 | 第28-31页 |
| 2.8 DNA聚合酶与引物/模板DNA复合物的始态与终态模型建立 | 第31页 |
| 2.9 SBM模拟方法建立及其动力学模拟参数设置 | 第31-32页 |
| 2.10 SBM模拟轨迹分析 | 第32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-45页 |
| 3.1 DNA聚合酶与引物/模板DNA相互作用的三维结构模型 | 第32-34页 |
| 3.2 HSA基因10对引物的基本信息 | 第34-38页 |
| 3.3 HSA基因PCR扩增结果 | 第38-40页 |
| 3.4 PyrF基因4对引物的基本信息 | 第40-42页 |
| 3.5 PyrF基因PCR扩增结果 | 第42-43页 |
| 3.6 DNA聚合酶与引物/模板DNA复合物的始态与终态模型 | 第43-44页 |
| 3.7 SBM模拟的动力学过程及模拟轨迹分析 | 第44-45页 |
| 4 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 硕士期间发表的论文与获得奖项 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
