| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩略词表 | 第9-14页 |
| 第一章 概述 | 第14-32页 |
| 1.1 维吉尼亚链霉菌IBL14概述 | 第14-17页 |
| 1.1.1 链霉菌简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 维吉尼亚链霉菌IBL14的特征 | 第15-17页 |
| 1.2 CYP家族基因和CYP105家族基因 | 第17-20页 |
| 1.2.1 CYP家族基因概述 | 第17-18页 |
| 1.2.2 链霉菌属重要的代谢相关基因:CYP105家族基因 | 第18页 |
| 1.2.3 链霉菌次级代谢和甾体化合物的生物转化 | 第18-20页 |
| 1.3 链霉菌全基因组测序技术与基因注释 | 第20-22页 |
| 1.3.1 微生物全基因组测序概述 | 第20页 |
| 1.3.2 微生物全基因组测序技术的发展 | 第20-22页 |
| 1.3.3 维吉尼亚链霉菌IBL14微生物全基因组测序 | 第22页 |
| 1.4 基因编辑的新工具:CRISPR-CAS系统 | 第22-25页 |
| 1.4.1 基因编辑技术简介 | 第22-23页 |
| 1.4.2 CRISPR-Cas系统 | 第23-24页 |
| 1.4.3 维吉尼亚链霉菌IBL14中的Ⅰ-B-svi型CRISPR-Cas系统 | 第24-25页 |
| 1.5 研究内容,研究意义和研究方案 | 第25-27页 |
| 参考文献 | 第27-32页 |
| 第二章 IBL14全基因组测序及CYP105基因家族的生物信息学分析 | 第32-66页 |
| 2.1 前言 | 第32-33页 |
| 2.2 材料和方法 | 第33-41页 |
| 2.2.1 菌株 | 第33页 |
| 2.2.2 主要试剂及配置 | 第33-34页 |
| 2.2.3 试剂盒 | 第34页 |
| 2.2.4 培养基 | 第34页 |
| 2.2.5 主要仪器 | 第34-36页 |
| 2.2.6 主要数据处理软件 | 第36页 |
| 2.2.7 方法 | 第36-41页 |
| 2.2.7.1 S.virginiae IBL14基因组的提取与鉴定 | 第36-37页 |
| 2.2.7.2 基因组提取效果检测 | 第37页 |
| 2.2.7.3 文库构建及测序 | 第37页 |
| 2.2.7.4 数据组分析 | 第37-38页 |
| 2.2.7.5 IBL-14GV基因组组分分析 | 第38-39页 |
| 2.2.7.6 IBL-14GV基因组的基因功能注释 | 第39-40页 |
| 2.2.7.7 IBL-14GV基因组CRISPR系统筛选 | 第40页 |
| 2.2.7.8 全基因组CYP105家族基因序列筛选、分析及进化关系研究 | 第40-41页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第41-62页 |
| 2.3.1 测序数据分析 | 第41-43页 |
| 2.3.2 基因组组分分析 | 第43-47页 |
| 2.3.2.2 串联重复序列分析 | 第45-46页 |
| 2.3.2.3 非编码RNA | 第46-47页 |
| 2.3.3 基因组功能分析 | 第47-51页 |
| 2.3.4 S.virginiae IBL14全基因组中CRISPR-Cas系统的注释和分析 | 第51-53页 |
| 2.3.5 CYP105家族基因筛选和分析 | 第53-60页 |
| 2.3.6 CYP105家族基因所在操纵子/基因簇分析 | 第60-62页 |
| 2.4 结论 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-66页 |
| 第三章 基于Ⅰ-B-svi型CRISPR-Cas系统的CYP105家族基因敲除研究 | 第66-110页 |
| 3.1 前言 | 第66-68页 |
| 3.2 材料与方法 | 第68-86页 |
| 3.2.1 菌株和质粒 | 第68-70页 |
| 3.2.2 主要试剂、试剂盒 | 第70-72页 |
| 3.2.3 培养基 | 第72-73页 |
| 3.2.4 主要仪器 | 第73-74页 |
| 3.2.5 实验方法 | 第74-86页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第86-106页 |
| 3.3.1 S.virginiae IBL14菌株基因组的提取 | 第86-87页 |
| 3.3.2 基因上下同源臂序列和sgDNA序列的制备 | 第87-91页 |
| 3.3.3 重组质粒的构建 | 第91-93页 |
| 3.3.4 敲除质粒的转化、重组子的筛选与验证 | 第93-94页 |
| 3.3.5 S.virginiae IBL14中IBL14菌株中CYP105家族基因的敲除及验证 | 第94-97页 |
| 3.3.6 CYP105家族基因敲除对S.virginiae IBL14在FM培养基中的生长曲线影响 | 第97-99页 |
| 3.3.7 CYP105家族基因敲除对S.virginiae IBL14对数期菌丝体形态影响 | 第99-102页 |
| 3.3.8 CYP105家族基因敲除对S.virginiae IBL14菌落形态的影响 | 第102-104页 |
| 3.3.9 CYP105家族基因敲除对S.virginiae IBL14抑菌性能的影响 | 第104-106页 |
| 3.4 结论 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-110页 |
| 第四章 S. virginiae IBL14中CYP105家族基因的可溶性表达与功能分析 | 第110-144页 |
| 4.1 前言 | 第110-111页 |
| 4.2 材料和方法 | 第111-124页 |
| 4.2.1 菌株与质粒 | 第111页 |
| 4.2.2 主要试剂,试剂盒和试剂配制 | 第111-116页 |
| 4.2.3 培养基 | 第116-117页 |
| 4.2.4 主要仪器 | 第117-118页 |
| 4.2.5 实验方法 | 第118-124页 |
| 4.2.5.1 菌株培养与保存 | 第118页 |
| 4.2.5.2 PCR扩增目的基因 | 第118-120页 |
| 4.2.5.3 双酶切 | 第120-121页 |
| 4.2.5.4 重组质粒的构建 | 第121-122页 |
| 4.2.5.5 重组质粒转化到大肠杆菌 | 第122页 |
| 4.2.5.6 重组子的鉴定 | 第122页 |
| 4.2.5.7 CYP105家族基因的外源性可溶表达及甾醇类/小分子底物转化功能筛选 | 第122-123页 |
| 4.2.5.8 CYP105家族基因的甾醇类/小分子生物转化功能鉴定 | 第123页 |
| 4.2.4.9 样品分析方法(hplc法) | 第123-124页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第124-140页 |
| 4.3.1 基因的克隆 | 第124-125页 |
| 4.3.2 重组质粒的构建 | 第125-126页 |
| 4.3.3 转化,重组子的筛选和鉴定 | 第126-127页 |
| 4.3.4 SDS-PAGE检测蛋白表达以及底物的投料 | 第127-130页 |
| 4.3.5 CYP蛋白质的功能进行鉴定 | 第130-140页 |
| 4.4 结论 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-144页 |
| 结论与展望 | 第144-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 读博期间发表的论文和专利 | 第147-148页 |
| 附录 | 第148-156页 |
