| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 缩写符号 Abbreviations | 第15-16页 |
| 第一章 研究背景 | 第16-39页 |
| 1.1 水稻光温敏不育系研究进展 | 第16-24页 |
| 1.1.1 光温敏雄性不育系水稻 | 第16-18页 |
| 1.1.2 水稻光温敏不育系基因定位 | 第18-21页 |
| 1.1.3 光温敏不育系水稻的细胞学研究 | 第21-22页 |
| 1.1.4 水稻光温敏不育系基因的分子调控机理研究 | 第22-24页 |
| 1.2 植物基因组甲基化研究进展 | 第24-28页 |
| 1.2.1 植物基因组DNA甲基化模式的建立及其机制 | 第24-26页 |
| 1.2.2 DNA甲基化的检测方法 | 第26-28页 |
| 1.3 植物小RNA研究进展 | 第28-32页 |
| 1.3.1 植物小RNA的分类 | 第28-29页 |
| 1.3.2 植物miRNA的合成以及功能 | 第29-32页 |
| 1.4 植物长链非编码RNA研究进展 | 第32-37页 |
| 1.4.1 植物lncRNA的来源和分类 | 第33页 |
| 1.4.2 植物lncRNA发挥功能的分子机制 | 第33-37页 |
| 1.4.3 lncRNA的研究方法 | 第37页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第37-39页 |
| 第二章 武香S基因组甲基化和转录本变化分析 | 第39-64页 |
| 引言 | 第39页 |
| 2.1 实验材料 | 第39-40页 |
| 2.1.1 武香S不育系材料 | 第39-40页 |
| 2.1.2 细胞学观察 | 第40页 |
| 2.1.3 武香S基因等位性分析 | 第40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-51页 |
| 2.2.1 武香S幼穗和叶片DNA的提取 | 第40-41页 |
| 2.2.2 MSAP分析 | 第41-44页 |
| 2.2.3 RNA提取与双链cDNA合成 | 第44-45页 |
| 2.2.4 cDNA-AFLP分析 | 第45-47页 |
| 2.2.5 差异带型分析和克隆测序 | 第47-48页 |
| 2.2.6 重亚硫酸盐测序分析 | 第48-49页 |
| 2.2.7 qRT-PCR定量分析 | 第49-51页 |
| 2.3 实验结果 | 第51-61页 |
| 2.3.1 武香S不育系的细胞学观察 | 第51-53页 |
| 2.3.2 武香S不育基因等位性检测 | 第53-55页 |
| 2.3.3 武香甲基化分析结果 | 第55-57页 |
| 2.3.4 武香S cDNA-AFLP分析结果 | 第57-58页 |
| 2.3.5 差异片段测序和基因注释 | 第58-59页 |
| 2.3.6 定量PCR和WRKY72位点重亚硫酸盐测序结果 | 第59-61页 |
| 2.4 讨论 | 第61-64页 |
| 第三章 武香S幼穗时期miRNA表达研究 | 第64-82页 |
| 引言 | 第64页 |
| 3.1 实验材料 | 第64页 |
| 3.2 实验引物设计 | 第64-65页 |
| 3.3 实验方法 | 第65-68页 |
| 3.3.1 小RNA文库构建和测序 | 第65页 |
| 3.3.2 小RNA信息分析 | 第65-67页 |
| 3.3.3 新miRNA茎环RT-PCR检测 | 第67-68页 |
| 3.3.4 miRNA编辑现象检测 | 第68页 |
| 3.4 实验结果 | 第68-79页 |
| 3.4.1 miRNA测序数据统计分析 | 第68-71页 |
| 3.4.2 新miRNA的预测 | 第71-72页 |
| 3.4.3 育性转换期的miRNA的表达分析 | 第72-76页 |
| 3.4.4 已知miRNA靶标预测、功能分析以及靶标定量表达分析 | 第76-78页 |
| 3.4.5 miRNA编辑现象分析 | 第78-79页 |
| 3.5 讨论 | 第79-82页 |
| 第四章 武香S LncRNA转录组初步分析 | 第82-100页 |
| 引言 | 第82页 |
| 4.1 实验材料 | 第82页 |
| 4.2 实验方法 | 第82-86页 |
| 4.2.1 RNA提取与链特异性文库构建 | 第82-84页 |
| 4.2.2 lncRNA candidate生物信息学筛选 | 第84-85页 |
| 4.2.3 lncRNA靶基因的预测与共表达分析 | 第85页 |
| 4.2.4 miRNA前体的lncRNAs预测 | 第85页 |
| 4.2.5 miRNA内源伪靶标lncRNAs的预测 | 第85-86页 |
| 4.3 实验结果 | 第86-97页 |
| 4.3.1 lncRNA鉴定、分类与表达量水平分析 | 第86-90页 |
| 4.3.2 lncRNA表达差异分析 | 第90-92页 |
| 4.3.3 lncRNA作为miRNA的伪靶标预测 | 第92-93页 |
| 4.3.4 lncRNA作为miRNA的合成前体的预测 | 第93-94页 |
| 4.3.5 lncRNA靶标mRNA的预测以及花药发育相关的lncRNA筛选 | 第94-97页 |
| 4.4 讨论 | 第97-100页 |
| 第五章 一种基于高通量测序的甲基化敏感多态性检测方法的开发 | 第100-116页 |
| 引言 | 第100页 |
| 5.1 MSAP-seq的技术原理和引物设计 | 第100-102页 |
| 5.1.1 MSAP-seq的技术原理 | 第100-101页 |
| 5.1.2 接头和引物设计 | 第101-102页 |
| 5.2 实验材料 | 第102页 |
| 5.3 实验方法 | 第102-105页 |
| 5.3.1 实验材料提取与文库构建 | 第102-103页 |
| 5.3.2 文库质检和测序 | 第103-104页 |
| 5.3.3 原始数据评估 | 第104页 |
| 5.3.4 参考基因组比对和覆盖度分析 | 第104页 |
| 5.3.5 甲基化水平统计 | 第104-105页 |
| 5.4 实验结果 | 第105-114页 |
| 5.4.1 文库质检结果 | 第105页 |
| 5.4.2 测序数据质量评估 | 第105-106页 |
| 5.4.3 参考基因组比对 | 第106-107页 |
| 5.4.4 C位点覆盖度统计 | 第107-109页 |
| 5.4.5 C位点甲基化水平统计 | 第109-112页 |
| 5.4.6 幼穗发育相关的差异甲基化模式分析 | 第112-114页 |
| 5.5 讨论 | 第114-116页 |
| 研究工作总结和展望 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-127页 |
| 附录1 MSAP和cDNA-AFLP分析所用引物、带型图和比对序列 | 第127-132页 |
| 附录2 miRNA所用引物序列信息 | 第132-134页 |
| 附录3 作为miRNA伪靶标和合成前体的lncRNAs以及花药发育相关的IncRNAs | 第134-138页 |
| 附录4 MSAP-seq barcode信息、文库构建和数据分析图表 | 第138-142页 |
| 在读期间发表和待发表的论文及专利 | 第142-143页 |
| 致谢 | 第143页 |
