| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 高频词对照表 | 第7-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-22页 |
| 1.1 山羊的地位及分布 | 第10-11页 |
| 1.1.1 山羊的地位 | 第10页 |
| 1.1.2 山羊的起源和分布 | 第10-11页 |
| 1.2 动物高海拔适应的研究进展 | 第11-17页 |
| 1.2.1 高海拔适应性 | 第11-15页 |
| 1.2.1.1 人类高海拔适应性的研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2.1.2 动物高海拔适应性的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.1.3 羊属动物高海拔适应性的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 高海拔适应性的调控机制 | 第15-17页 |
| 1.3 转录组测序(RNA-seq)的研究进展 | 第17-22页 |
| 1.3.1 转录组测序(RNA-seq)的概念 | 第17-18页 |
| 1.3.2 转录组测序(RNA-seq)的基本原理及平台 | 第18-20页 |
| 1.3.3 转录组测序(RNA-seq)的应用 | 第20-22页 |
| 2 研究内容与目的及意义 | 第22页 |
| 3 材料与方法 | 第22-27页 |
| 3.1 试验动物 | 第22页 |
| 3.2 样品采集 | 第22-23页 |
| 3.3 主要仪器设备与试剂 | 第23-24页 |
| 3.3.1 主要仪器设备 | 第23-24页 |
| 3.3.2 主要试剂及配制 | 第24页 |
| 3.3.2.1 常用试剂 | 第24页 |
| 3.3.2.2 常用试剂的配制 | 第24页 |
| 3.4 试验方法 | 第24-26页 |
| 3.4.1 总RNA抽提 | 第24-25页 |
| 3.4.2 总RNA的质检 | 第25-26页 |
| 3.4.2.1 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳 | 第25-26页 |
| 3.4.2.2 核酸蛋白仪检测浓度 | 第26页 |
| 3.5 荧光定量PCR(Q-PCR) | 第26页 |
| 3.6 数据处理方法 | 第26-27页 |
| 3.6.1 序列比对分析方法 | 第26-27页 |
| 3.6.2 差异表达基因的筛选方法 | 第27页 |
| 3.6.3 差异基因功能性富集分析方法 | 第27页 |
| 3.6.4 SNV calling和选择分析 | 第27页 |
| 4 结果与分析 | 第27-48页 |
| 4.1 RNA检测结果 | 第27-29页 |
| 4.2 不同样本RNA-seq文库构建质量 | 第29页 |
| 4.3 RNA-seq原始数据过滤 | 第29-30页 |
| 4.4 RNA-seq数据质量评估 | 第30-34页 |
| 4.4.1 RNA-seq错误率分布检查结果 | 第30页 |
| 4.4.2 转录组序列的碱基分布检测结果 | 第30-32页 |
| 4.4.3 转录本回贴(map)到对照基因组的比例 | 第32-34页 |
| 4.5 全基因组表达图谱分析 | 第34-37页 |
| 4.6 高海拔适应性差异基因分析 | 第37-44页 |
| 4.6.1 种群间差异表达的基因 | 第37-38页 |
| 4.6.2 种群间差异基因的功能富集分析 | 第38-41页 |
| 4.6.3 低氧应激显著相关的差异基因鉴定 | 第41-43页 |
| 4.6.4 差异表达基因的荧光定量(Q-PCR)检验 | 第43-44页 |
| 4.7 高海拔和低海拔地区种群之间的SNV鉴定 | 第44-48页 |
| 5 讨论 | 第48-51页 |
| 5.1 全基因组表达谱模式的差异 | 第48页 |
| 5.2 高海拔适应性相关基因的差异 | 第48-49页 |
| 5.3 高海拔适应性差异基因的功能富集特征 | 第49-51页 |
| 5.4 高海拔和低海拔地区种群之间SNV鉴定及受选择分析 | 第51页 |
| 6 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
