| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-20页 |
| ·本实验所涉及牛品种的简介 | 第13-15页 |
| ·草原红牛(图1-1) | 第13页 |
| ·鲁西牛(图1-2) | 第13页 |
| ·南阳牛(图1-3) | 第13-14页 |
| ·秦川牛(图1-4) | 第14页 |
| ·郏县红牛(图1-5) | 第14-15页 |
| ·中国荷斯坦奶牛(图1-6) | 第15页 |
| ·改良牛品种的生物技术的概述 | 第15-16页 |
| ·分子育种的简介 | 第15页 |
| ·SNP遗传标记的介绍 | 第15-16页 |
| ·本实验候选基因的研究进展 | 第16-19页 |
| ·CCK基因的研究概况 | 第16-18页 |
| ·PP(pancreatic polypeptide)基因研究进展 | 第18-19页 |
| ·本实验的研究目的和意义 | 第19-20页 |
| ·国内肉牛两种育种以及对牛肉的需求 | 第19页 |
| ·为肉牛分子育种和选育提供理论上的依据 | 第19-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-26页 |
| ·实验材料 | 第20页 |
| ·实验动物DNA样品的来源 | 第20页 |
| ·实验数据的整理与收集 | 第20页 |
| ·实验所涉及到的主要试剂(见附录3) | 第20页 |
| ·所涉及到的溶液及缓冲液的配制(见附录4) | 第20页 |
| ·本实验所用仪器设备及出处(见附表1) | 第20页 |
| ·试验方法 | 第20-24页 |
| ·牛血样基因组DNA的提取方法 | 第20-21页 |
| ·候选基因SNPs的筛选 | 第21-24页 |
| ·资料的统计与分析 | 第24-26页 |
| ·不同基因座等位基因频率、基因型频率、不同基因型之间x~2独立性检验、群体遗传参数(Ho、He、Ne、PIC)、HWE平衡的检测及与遗传标记与性状的关联分析统计模型(见附录8) | 第24页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第24-25页 |
| ·遗传标记和性状的关联分析统计模型 | 第25-26页 |
| 第三章 候选基因遗传变异的检测 | 第26-37页 |
| ·黄牛六个品种基因组DNA样品的检测 | 第26页 |
| ·实验所用黄牛样品CCK基因的SNPs检测 | 第26-35页 |
| ·DNA池筛选以及琼脂糖凝胶电泳检测 | 第26-28页 |
| ·混合DNA池测序法筛选SNPs | 第28页 |
| ·CCK基因突变的PCR-RFLP检测 | 第28-30页 |
| ·PCR-RFLP后的各种带型测序图 | 第30-32页 |
| ·CCK基因突变位点的Forced PCR-RFLP检测 | 第32-35页 |
| ·实验所用黄牛样品PP基因的SNPs检测 | 第35-37页 |
| ·PCR扩增产物后琼脂糖凝胶检测 | 第35页 |
| ·DNA池测序法筛选SNPs | 第35-37页 |
| 第四章 CCK基因多态性的群体遗传学分析 | 第37-48页 |
| ·CCK基因群体遗传的结构分析 | 第37-42页 |
| ·CCK基因第一外显子的错义突变 | 第37-38页 |
| ·CCK基因第一外显子的同义突变 | 第38页 |
| ·CCK基因5’端突变 | 第38-40页 |
| ·CCK基因内含子区的突变 | 第40-41页 |
| ·CCK基因3’端突变 | 第41-42页 |
| ·CCK基因多态位点的连锁不平衡分析 | 第42-48页 |
| 第五章 候选基因的多态性与南阳牛(NY)、秦川牛(QC)以及郏县红牛(JX)生产性状的相关分析 | 第48-58页 |
| ·南阳牛(NY)群体中CCK基因多态位点与生产性状的相关分析 | 第48-52页 |
| ·CCK基因E1位点的二连锁突变在NY群体中与生产性状的关联分析 | 第48-49页 |
| ·CCK基因P5’位点在南阳牛群体中与生产性状的关联分析 | 第49-50页 |
| ·CCK基因内含子突变在南阳牛群体中与生产性状的关联分析 | 第50-51页 |
| ·CCK基因3’端突变在南阳牛群体中与生产性状的关联分析 | 第51-52页 |
| ·郏县红牛(JX)群体CCK基因的SNP与生产性状的关联性分析 | 第52-55页 |
| ·外显子1上两个连锁突变在郏县红牛群体中的关联分析 | 第52-53页 |
| ·5’端突变在郏县红牛群体中的关联分析 | 第53-54页 |
| ·内含子突变与郏县红牛群体的关联分析 | 第54-55页 |
| ·3’端突变与郏县红牛群体的关联分析 | 第55页 |
| ·秦川牛(QC)群体中CCK基因的多态性与生产性状的关联性分析 | 第55-58页 |
| ·外显子1上两个连锁突变在秦川牛群体中的关联分析 | 第55-56页 |
| ·5’端突变在秦川牛(QC)群体中的关联分析 | 第56页 |
| ·内含子突变在秦川牛群体中的关联分析 | 第56-57页 |
| ·3’端突变在秦川牛群体中的关联分析 | 第57-58页 |
| 第六章 讨论与结论 | 第58-61页 |
| ·讨论 | 第58-59页 |
| ·CCK基因的多态性及其与生产性状的相关分析 | 第58-59页 |
| ·结论 | 第59-60页 |
| ·创新点 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-66页 |
| 附表 | 第66-69页 |
| 附录 | 第69-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 作者简介 | 第77-78页 |
| 导师评阅表 | 第78页 |
