| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-26页 |
| ·赤霉菌 | 第12-14页 |
| ·赤霉菌分类 | 第12页 |
| ·赤霉菌寄主 | 第12页 |
| ·赤霉菌生物学特征 | 第12页 |
| ·赤霉菌危害 | 第12页 |
| ·赤霉菌病害循环 | 第12-13页 |
| ·赤霉菌组学研究进展 | 第13-14页 |
| ·稻瘟菌 | 第14-17页 |
| ·稻瘟菌分类学 | 第14-15页 |
| ·稻瘟菌寄主 | 第15页 |
| ·稻瘟菌生物学特征 | 第15页 |
| ·稻瘟菌危害 | 第15页 |
| ·稻瘟菌病害循环 | 第15-16页 |
| ·稻瘟菌组学研究进展 | 第16-17页 |
| ·二穗短柄草 | 第17-18页 |
| ·二穗短柄草分类 | 第17页 |
| ·二穗短柄草生物学特征 | 第17页 |
| ·二穗短柄草与病原真菌互作研究 | 第17-18页 |
| ·几丁质 | 第18-25页 |
| ·几丁质的结构及合成过程 | 第18-19页 |
| ·几丁质的结构 | 第18页 |
| ·几丁质的合成过程 | 第18-19页 |
| ·几丁质在生物体内的作用 | 第19-20页 |
| ·几丁质在动物中的作用 | 第19-20页 |
| ·几丁质在真菌中的作用 | 第20页 |
| ·几丁质合成酶（CHS） | 第20-21页 |
| ·CHS基因的序列特征 | 第20页 |
| ·CHS基因的分类 | 第20页 |
| ·CHS基因所含结构域 | 第20-21页 |
| ·CHS基因家族的进化 | 第21页 |
| ·真菌几丁质合成酶的作用 | 第21-25页 |
| ·芽殖酵母中几丁质合成酶的作用 | 第21-22页 |
| ·白色念珠菌中几丁质合成酶的作用 | 第22-23页 |
| ·稻瘟病菌中几丁质合成酶的作用 | 第23-24页 |
| ·玉蜀黍黑粉菌中几丁质合成酶的作用 | 第24-25页 |
| ·研究意义 | 第25-26页 |
| 第二章 短柄草与赤霉菌和稻瘟菌互作的比较转录组学研究 | 第26-50页 |
| ·材料与方法 | 第26-29页 |
| ·实验材料准备与测序样品采集 | 第26页 |
| ·赤霉菌孢子悬浮液制备及短柄草穗部接种 | 第26页 |
| ·稻瘟菌孢子悬浮液制备及短柄草叶部接种 | 第26页 |
| ·转录组测序 | 第26-27页 |
| ·Illumina文库构建及文库质量检测 | 第26-27页 |
| ·测序数据处理 | 第27页 |
| ·Reads与参考基因组比对 | 第27页 |
| ·转录本注释 | 第27-28页 |
| ·短柄草转录本注释 | 第27-28页 |
| ·真菌转录本注释 | 第28页 |
| ·鉴定差异表达基因 | 第28页 |
| ·功能富集分析 | 第28-29页 |
| ·短柄草代谢通路分析 | 第29页 |
| ·蛋白互作网络分析 | 第29页 |
| ·层次聚类分析 | 第29页 |
| ·真菌分泌蛋白基因预测 | 第29页 |
| ·结果与讨论 | 第29-49页 |
| ·测序数据质量评估及测序数据过滤 | 第29页 |
| ·Reads与基因组比对结果 | 第29-31页 |
| ·短柄草基因差异表达分析 | 第31-33页 |
| ·短柄草差异表达基因功能富集分析 | 第33-36页 |
| ·短柄草差异表达基因代谢通路分析 | 第36-41页 |
| ·真菌转录组分析 | 第41-42页 |
| ·真菌细胞壁降解酶基因表达模式分析 | 第42-44页 |
| ·真菌膜转运蛋白基因表达模式分析 | 第44-47页 |
| ·真菌分泌蛋白表达模式分析 | 第47-49页 |
| ·小结 | 第49-50页 |
| 第三章 真菌几丁质合成酶基因家族的进化基因组学分析 | 第50-65页 |
| ·材料与方法 | 第50-52页 |
| ·109种代表性真菌基因组及蛋白质组序列下载 | 第50页 |
| ·基于HMM的CHS基因鉴定 | 第50-51页 |
| ·T-COFFEE多序列比对 | 第51页 |
| ·ProtTest评估最优模型 | 第51页 |
| ·PhyML构建系统发育树 | 第51-52页 |
| ·赤霉菌不同生理时期CHS基因表达谱分析 | 第52页 |
| ·CHS基因功能分化分析 | 第52页 |
| ·CHS蛋白网络分析 | 第52页 |
| ·功能富集分析 | 第52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-64页 |
| ·CHS基因的鉴定 | 第52-53页 |
| ·CHS基因多序列比对 | 第53页 |
| ·构建CHS基因家族系统发育树 | 第53页 |
| ·真菌CHS基因家族的系统发育分析 | 第53页 |
| ·真菌中CHS基因分布 | 第53-58页 |
| ·赤霉菌CHS基因不同生理时期表达动态分析 | 第58-59页 |
| ·真菌CHS基因功能分化分析 | 第59-60页 |
| ·致病菌中CHS功能相关蛋白网络分析 | 第60-64页 |
| ·小结 | 第64-65页 |
| 第四章 全文总结 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-76页 |
| 附录 | 第76-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 作者简介 | 第90页 |