| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-17页 |
| 第1章 绪论 | 第17-35页 |
| ·黑曲霉工业应用概述 | 第17页 |
| ·黑曲霉产糖化酶研究进展 | 第17-18页 |
| ·黑曲霉组学研究进展 | 第18-20页 |
| ·黑曲霉基因组学研究 | 第18页 |
| ·黑曲霉转录组学研究 | 第18-20页 |
| ·黑曲霉蛋白质组学研究 | 第20页 |
| ·~(13)C代谢流研究进展 | 第20-24页 |
| ·~(13)C代谢流研究简介 | 第20-21页 |
| ·~(13)C代谢流实验流程 | 第21-23页 |
| ·~(13)C代谢流应用 | 第23-24页 |
| ·代谢物组技术研究进展 | 第24-26页 |
| ·代谢物组学研究简介 | 第24-25页 |
| ·代谢物组学应用 | 第25-26页 |
| ·基因组规模代谢网络研究进展 | 第26-30页 |
| ·黑曲霉基因组规模代谢网络模型现状 | 第27页 |
| ·高质量基因组规模代谢网络模型构建流程 | 第27-28页 |
| ·基因组规模代谢网络模型应用 | 第28-30页 |
| ·工业生物过程工程研究的多组学研究进展 | 第30-32页 |
| ·多组学研究简介 | 第30-31页 |
| ·多组学研究应用 | 第31-32页 |
| ·本课题的研究内容与意义 | 第32-35页 |
| 第2章 黑曲霉产糖化酶的基本生理代谢特性研究 | 第35-46页 |
| ·前言 | 第35页 |
| ·材料与方法 | 第35-38页 |
| ·菌株和培养基 | 第35-36页 |
| ·补料分批实验设计 | 第36页 |
| ·15 L罐和5L罐联动实验设计 | 第36页 |
| ·碳限制恒化实验设计 | 第36-37页 |
| ·菌量和酶活的定量 | 第37页 |
| ·葡萄糖和胞外有机酸测定 | 第37页 |
| ·糖化酶蛋白电泳实验 | 第37页 |
| ·发酵过程菌形观测 | 第37-38页 |
| ·发酵过程尾气监测 | 第38页 |
| ·结果与讨论 | 第38-45页 |
| ·不同剪切条件下黑曲霉补料分批发酵过程 | 第38-41页 |
| ·不同供氧水平对黑曲霉产酶的影响 | 第41-43页 |
| ·比生长速率与比产酶形成速率的定量关系研究 | 第43-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第3章 基于质谱的黑曲霉代谢物组学前处理方法优化及验证 | 第46-57页 |
| ·前言 | 第46页 |
| ·材料和方法 | 第46-48页 |
| ·试剂 | 第46页 |
| ·菌株和培养基 | 第46-47页 |
| ·恒化实验 | 第47页 |
| ·取样和GC-MS测定 | 第47-48页 |
| ·~(13)C内标制备过程 | 第48页 |
| ·标准曲线制备 | 第48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-56页 |
| ·不同溶剂的影响 | 第48-49页 |
| ·不同衍生剂的影响 | 第49-50页 |
| ·不同淬灭方法的影响 | 第50-51页 |
| ·不同提取方法的影响 | 第51页 |
| ·冷甲醇淬灭对代谢物渗漏的影响 | 第51-53页 |
| ·同位素稀释法和一般外标法的比较 | 第53-55页 |
| ·代谢物组学分析方法验证 | 第55-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第4章 基于定量代谢物组学和~(13)C代谢流关联分析的黑曲霉高效产酶特性研究 | 第57-78页 |
| ·前言 | 第57页 |
| ·材料和方法 | 第57-62页 |
| ·菌株和培养条件 | 第57页 |
| ·~(13)C标记实验 | 第57-58页 |
| ·菌量和酶活的定量 | 第58页 |
| ·胞外糖和有机酸的分析 | 第58页 |
| ·取样和GC-MS测定 | 第58页 |
| ·胞内核苷酸定量 | 第58-60页 |
| ·胞内辅因子定量 | 第60页 |
| ·基于GC-MS的氨基酸丰度分析 | 第60-62页 |
| ·黑曲霉核心碳代谢模型构建 | 第62页 |
| ·基于~(13)C标记信息的代谢流计算 | 第62页 |
| ·结果 | 第62-73页 |
| ·250 mL微型反应器桨叶设计 | 第62-63页 |
| ·250 mL微型反应器和5 L反应器一致性培养实验 | 第63-64页 |
| ·A.niger DS 03043和CBS 513.88的生理特征比较 | 第64-66页 |
| ·胞内代谢流和代谢物浓度池的确定 | 第66-69页 |
| ·中心碳代谢 | 第69-70页 |
| ·氨基酸代谢 | 第70-71页 |
| ·能量和还原力代谢 | 第71-73页 |
| ·讨论 | 第73-77页 |
| ·氨基酸代谢 | 第73-74页 |
| ·PP途径的调控机制 | 第74-76页 |
| ·TCA途径和能量代谢 | 第76页 |
| ·代谢物池怎么调控代谢流 | 第76-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第5章 黑曲霉基因组规模代谢网络模型的系统升级、评估和预测研究 | 第78-96页 |
| ·引言 | 第78-79页 |
| ·材料和方法 | 第79-82页 |
| ·模型重构过程 | 第79-80页 |
| ·基于约束的模拟流程 | 第80-81页 |
| ·敏感性分析 | 第81页 |
| ·菌体可利用碳、氮源的预测 | 第81页 |
| ·必需基因预测 | 第81-82页 |
| ·A.niger转录组样品制备和测序质量控制 | 第82页 |
| ·基于基因组模型的报告代谢物预测 | 第82页 |
| ·A.niger DS 03043恒化实验过程 | 第82页 |
| ·实验结果和讨论 | 第82-95页 |
| ·基因组网络模型的升级 | 第82-85页 |
| ·可利用碳、氮源分析 | 第85-86页 |
| ·利用恒化实验数据验证模型 | 第86-88页 |
| ·利用转录组数据验证模型 | 第88页 |
| ·模型参数的敏感性分析 | 第88-90页 |
| ·副产物分泌预测 | 第90页 |
| ·通量预测 | 第90-91页 |
| ·必需基因预测 | 第91-92页 |
| ·不同NADPH来源对产酶的影响预测 | 第92-93页 |
| ·基于iHL1210的报告代谢物预测 | 第93-95页 |
| ·本章小结 | 第95-96页 |
| 第6章 基于多组学整合分析的黑曲霉产糖化酶氧限制发酵过程代谢调控机理研究 | 第96-120页 |
| ·前言 | 第96-97页 |
| ·材料与方法 | 第97-99页 |
| ·菌株和培养条件 | 第97页 |
| ·菌量和酶活的定量 | 第97页 |
| ·胞外糖和有机酸的分析 | 第97页 |
| ·胞外氨基酸和多元醇分析 | 第97页 |
| ·取样和GC-MS测定 | 第97页 |
| ·胞内核苷酸定量 | 第97页 |
| ·胞内代谢物组学数据的多元统计学分析方法 | 第97页 |
| ·转录组样品制备和测序质量控制 | 第97-98页 |
| ·转录组数据分析流程 | 第98页 |
| ·基于约束的胞内代谢通量模拟 | 第98-99页 |
| ·外源氨基酸添加验证实验 | 第99页 |
| ·实验结果 | 第99-116页 |
| ·高产糖化酶黑曲霉菌株氧限制过程生理表型数据 | 第99-101页 |
| ·发酵不同阶段基因表达模式聚类分析 | 第101-105页 |
| ·发酵不同阶段差异基因的基因集分析 | 第105-106页 |
| ·黑曲霉常见转录因子的表达量变化情况 | 第106页 |
| ·基于多元统计学的发酵不同阶段胞内代谢物组学分析 | 第106-110页 |
| ·EMP途径多组学关联分析 | 第110页 |
| ·PP途径多组学关联分析 | 第110页 |
| ·TCA循环、GABA和乙醛酸循环途径的多组学关联分析 | 第110-112页 |
| ·胞内外氨基酸合成的多组学关联分析 | 第112-115页 |
| ·其他关键代谢途径的转录响应 | 第115-116页 |
| ·讨论 | 第116-119页 |
| ·核心碳代谢途径通量在氧限制条件下的变化规律 | 第116页 |
| ·胞内氨基酸代谢物池变化规律 | 第116-117页 |
| ·糖化酶合成增加机制 | 第117-118页 |
| ·黑曲霉在氧限制环境下的代谢适应机制 | 第118-119页 |
| ·本章小结 | 第119-120页 |
| 第7章 结论与展望 | 第120-123页 |
| ·结论 | 第120-121页 |
| ·创新点 | 第121页 |
| ·展望 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第134-135页 |
| 附录1 | 第135-139页 |
| 附录2 | 第139-145页 |
