| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-11页 |
| 图目录 | 第11-13页 |
| 表目录 | 第13-14页 |
| 第1章 引言 | 第14-32页 |
| ·背景简介 | 第14-15页 |
| ·第二代DNA测序技术介绍 | 第15-24页 |
| ·Roche/454测序技术简介 | 第16-19页 |
| ·Illumina/Solexa测序技术简介 | 第19-21页 |
| ·Life Technologies/SOLiD测序技术简介 | 第21-22页 |
| ·第二代测序技术的应用 | 第22-23页 |
| ·与新老测序技术的对比 | 第23-24页 |
| ·外显子组测序技术与致病基因查找 | 第24-29页 |
| ·基于外显子捕获技术的测序 | 第24-25页 |
| ·外显子组测序在疾病研究中的优势 | 第25-26页 |
| ·基于WES的罕见疾病致病基因筛选方案 | 第26-29页 |
| ·家族性高胆固醇血症研究现状 | 第29-30页 |
| ·研究内容 | 第30-32页 |
| 第2章 外显子捕获测序查找家族高胆固醇血症候选致病基因 | 第32-56页 |
| ·疾病研究背景 | 第32-35页 |
| ·家系情况介绍 | 第33-34页 |
| ·已有研究 | 第34-35页 |
| ·研究方案 | 第35-37页 |
| ·考察项 | 第35-36页 |
| ·本研究的流程主要包括 | 第36页 |
| ·技术平台选择 | 第36-37页 |
| ·方法 | 第37-38页 |
| ·实验材料和方法 | 第37-38页 |
| ·结果 | 第38-56页 |
| ·数据评估 | 第38-41页 |
| ·测序数据分析 | 第41-44页 |
| ·分析结果 | 第44-48页 |
| ·验证 | 第48页 |
| ·讨论 | 第48-56页 |
| 第3章 第二代高通量测序查找未知突变方法研究 | 第56-84页 |
| ·第二代测序数据分析软件 | 第56-59页 |
| · | 第56-57页 |
| ·有参照的定位(reference alignment) | 第57-58页 |
| ·突变查找(SNP/Indel查找) | 第58-59页 |
| ·图形界面及工具 | 第59页 |
| ·突变查找方法及问题 | 第59-64页 |
| ·假阴性(FN)问题 | 第60页 |
| ·假阳性(FP)问题 | 第60-64页 |
| ·FP在未知突变候选位点中富集 | 第64-73页 |
| ·问题描述 | 第64-66页 |
| ·解释 | 第66-67页 |
| ·高FPR问题对未知致病突变基因筛选的影响 | 第67-70页 |
| ·现有方法 | 第70-73页 |
| ·基于已知突变位点指导的自适应SNP过滤算法 | 第73-83页 |
| ·可行性 | 第73-78页 |
| ·算法框架 | 第78-79页 |
| ·参数选择及假阳性筛选 | 第79-83页 |
| ·其他 | 第83-84页 |
| ·本地突变注释程序 | 第83页 |
| ·自动化致病基因突变分析流水线(pipeline) | 第83-84页 |
| 第4章 结论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-94页 |
| 附录 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
