| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 资源家系测定性状的英文缩写 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-25页 |
| 1 前言 | 第15页 |
| 2 猪骨骼肌生长发育的规律 | 第15-18页 |
| ·肌纤维数目和大小与肉质的关系 | 第16-17页 |
| ·肌纤维类型组成与肉质 | 第17-18页 |
| ·猪的肌纤维类型组成 | 第17-18页 |
| ·肌纤维类型组成与肉质的关系 | 第18页 |
| 3 研究中外猪种肌肉基因差异表达的意义 | 第18-19页 |
| 4 基因芯片技术简介 | 第19-22页 |
| ·基因芯片的概念、基本原理 | 第20页 |
| ·基因芯片的分类 | 第20-21页 |
| ·基因芯片技术在猪中的应用 | 第21-22页 |
| 5 内参基因的选择 | 第22-23页 |
| 6 拟研究的差异表达基因 | 第23-25页 |
| ·Rho相关激酶简介 | 第23页 |
| ·Rho相关激酶的功能研究 | 第23-25页 |
| 第二章 研究的目的和意义 | 第25-27页 |
| 第三章 材料与方法 | 第27-58页 |
| 1 材料 | 第27-30页 |
| ·试验样品 | 第27页 |
| ·DNA样品 | 第27页 |
| ·用于RNA提取的组织样品 | 第27页 |
| ·主要仪器与设备 | 第27-28页 |
| ·主要试剂及试剂盒 | 第28页 |
| ·常用化学试剂及其配制 | 第28-29页 |
| ·培养基的配制 | 第28-29页 |
| ·其他主要化学试剂的配制 | 第29页 |
| ·载体、菌株及细胞系 | 第29页 |
| ·主要分子生物学软件及数据库 | 第29-30页 |
| 2 试验方法 | 第30-58页 |
| ·背最长肌组织的总RNA提取 | 第30-32页 |
| ·芯片杂交实验 | 第32页 |
| ·内参基因表达稳定性的分析 | 第32-38页 |
| ·引物设计 | 第32-35页 |
| ·cDNA的制备与检测 | 第35-36页 |
| ·内参基因的扩增 | 第36页 |
| ·目的片段的回收纯化和连接 | 第36页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第36-37页 |
| ·转化 | 第37页 |
| ·阳性克隆子的鉴定 | 第37页 |
| ·定量PCR实验 | 第37-38页 |
| ·PCR扩增效率的计算 | 第38页 |
| ·内参基因表达稳定性分析 | 第38页 |
| ·基因芯片结果分析 | 第38-40页 |
| ·验证基因的选择 | 第38-40页 |
| ·定量PCR实验 | 第40页 |
| ·基因芯片结果与定量PCR结果的吻合度分析 | 第40页 |
| ·差异表达基因的筛选及基因表达模式分析 | 第40页 |
| ·筛选出来的差异表达基因的分子功能注释 | 第40页 |
| ·梅山猪转录水平与蛋白水平差异表达基因的比较分析 | 第40页 |
| ·候选基因的序列扩增 | 第40-43页 |
| ·引物设计 | 第40-43页 |
| ·目的片段的获得 | 第43页 |
| ·SMART RACE cDNA的制备 | 第43-45页 |
| ·组织总RNA的提取 | 第43页 |
| ·反转录 | 第43-45页 |
| ·RACE PCR阳性对照实验 | 第45页 |
| ·cDNA末端的扩增 | 第45-47页 |
| ·特异引物的设计 | 第45页 |
| ·cDNA5’侧翼序列的扩增 | 第45-47页 |
| ·组织表达谱分析 | 第47-49页 |
| ·组织总RNA的提取 | 第47-48页 |
| ·cDNA的制备和检测 | 第48页 |
| ·PCR扩增 | 第48-49页 |
| ·相对表达量计算 | 第49页 |
| ·候选基因在肌肉发育过程中的表达分析 | 第49-50页 |
| ·引物设计 | 第49页 |
| ·目的片段的扩增 | 第49-50页 |
| ·相对表达量的分析 | 第50页 |
| ·ROCK1基因启动子功能分析 | 第50-55页 |
| ·5’侧翼序列扩增 | 第50-51页 |
| ·启动子5’端不同缺失片段载体的构建 | 第51-53页 |
| ·细胞培养和转染 | 第53-54页 |
| ·启动子活性检测 | 第54-55页 |
| ·猪ROCK2基因编码区SNP的遗传分析 | 第55-58页 |
| ·引物设计 | 第55页 |
| ·SNP的筛查 | 第55页 |
| ·目的片段的扩增 | 第55-56页 |
| ·焦磷酸测序及基因型判定 | 第56-57页 |
| ·统计分析 | 第57-58页 |
| 第四章 结果与分析 | 第58-103页 |
| 1 内参基因表达稳定性分析 | 第58-62页 |
| ·10个候选内参基因的扩增结果 | 第58页 |
| ·PCR扩增效率的计算 | 第58-59页 |
| ·geNorm分析内参基因表达稳定性的结果 | 第59-61页 |
| ·NormFinder分析内参基因表达稳定性的结果 | 第61页 |
| ·合适的内参基因 | 第61-62页 |
| 2 基因芯片实验结果分析 | 第62-75页 |
| ·基因芯片结果的定量验证 | 第62-63页 |
| ·不同猪种不同发育时期背最长肌肌纤维类型的组成 | 第63-65页 |
| ·基因差异表达的规律 | 第65页 |
| ·差异表达基因的功能分析 | 第65-74页 |
| ·肌肉生长发育过程中在两个猪种中存在差异的通路 | 第65-68页 |
| ·与ROCK1和ROCK2表达模式相同的基因 | 第68-74页 |
| ·梅山猪转录水平与蛋白水平差异表达基因的比较分析 | 第74-75页 |
| 3 候选基因的分离、序列鉴定、表达、转录调控以及SNP分析 | 第75-103页 |
| ·猪ROCK1基因cDNA序列的分离、鉴定及序列分析(包含5’RACE) | 第75-82页 |
| ·猪ROCK2基因cDNA序列的分离、鉴定及序列分析(包含5’RACE) | 第82-83页 |
| ·猪ROCK1、ROCK2基因的时空表达谱分析 | 第83-86页 |
| ·组织表达谱分析 | 第83-84页 |
| ·不同猪种骨骼肌不同发育时期的表达谱分析 | 第84-86页 |
| ·猪ROCK1基因启动子转录调控的初步分析 | 第86-92页 |
| ·猪ROCK1基因5’侧翼序列的获得 | 第86页 |
| ·生物信息学预测ROCK1基因核心启动子区域及转录因子结合位点 | 第86-89页 |
| ·5’侧翼序列真核表达载体的构建 | 第89-90页 |
| ·ROCK1基因5’侧翼序列5’端缺失重组载体的活性测定与分析 | 第90-92页 |
| ·猪ROCK2基因多态性检测及其与生产性状的关联分析 | 第92-103页 |
| ·猪ROCK2基因A27G、C42T和T61C三个多态位点的基因频率和基因型频率 | 第92-93页 |
| ·猪ROCK2基因A27G、C42T和T61C三个多态位点组成的单倍型分析 | 第93页 |
| ·猪ROCK2基因A27G、C42T和T61C三个多态位点与胴体、肉质性状的关联分析 | 第93-103页 |
| 第五章 讨论 | 第103-109页 |
| 1 PCR扩增效率的计算 | 第103页 |
| 2 GENORM和NORMFINDER两种方法的比较 | 第103-104页 |
| 3 内参基因稳定性分析的结果 | 第104页 |
| 4 四种肌纤维类型在大白猪和梅山猪不同发育时期背最长肌中的组成 | 第104-105页 |
| 5 关于基因芯片实验结果 | 第105页 |
| 6 梅山猪转录水平与蛋白水平差异表达基因的比较分析 | 第105-106页 |
| 7 基因相对表达量不同算法的比较 | 第106页 |
| 8 猪ROCK1、ROCK2基因的时空表达谱分析 | 第106-107页 |
| 9 ROCK1和ROCK2基因的选择性剪接 | 第107页 |
| 10 ROCK1基因核心启动子区域的确定 | 第107-108页 |
| 11 ROCK2基因外显子中3处SNP位点的遗传效应分析 | 第108-109页 |
| 第六章 结论 | 第109-111页 |
| 1 主要研究结果 | 第109-110页 |
| 2 主要创新点 | 第110页 |
| 3 本研究的不足之处 | 第110页 |
| 4 值得进一步研究的问题 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 在读期间发表的文章 | 第122页 |
