| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一部分 文献综述 | 第10-24页 |
| 第一章 水稻黄单胞菌致病机理研究进展 | 第10-18页 |
| 1 水稻黄单胞菌概述 | 第10-11页 |
| 2 植物病原细菌致病相关基因 | 第11-12页 |
| 3 水稻黄单胞菌的主要致病因子 | 第12-14页 |
| ·胞外酶 | 第12页 |
| ·多糖 | 第12-13页 |
| ·生长激素 | 第13页 |
| ·毒素 | 第13页 |
| ·分泌蛋白 | 第13-14页 |
| 4 水稻黄单胞菌的基因组结构 | 第14页 |
| 5 基因的水平转移与病原细菌的进化 | 第14-15页 |
| 6 病原菌致病生化因子的调控 | 第15-18页 |
| 第二章 水稻黄单胞菌比较基因组学研究进展 | 第18-24页 |
| 1 水稻黄单胞菌比较基因组学研究目的和意义 | 第18页 |
| 2 水稻黄单胞菌基因组研究概况 | 第18-19页 |
| 3 模式生物基因组研究概况 | 第19-20页 |
| ·模式生物基因组特征 | 第20页 |
| ·模式生物基因组概况 | 第20页 |
| 4 比较基因组学研究方法 | 第20-23页 |
| ·比较基因组学 | 第20-21页 |
| ·比较基因组学研究方法概况 | 第21页 |
| ·现有的比较基因组学软件 | 第21-22页 |
| ·生物信息学编程语言简述 | 第22-23页 |
| 5 细菌比较基因组学研究进展 | 第23-24页 |
| ·细菌进化生物学 | 第23页 |
| ·细菌基因组与其他生物基因组的比较 | 第23-24页 |
| 第二部分 研究内容 | 第24-54页 |
| 第一章 水稻黄单胞菌比较基因组学研究 | 第24-32页 |
| 摘要 | 第24页 |
| Abstract | 第24-25页 |
| 1 材料 | 第25页 |
| ·软件系统 | 第25页 |
| ·菌株 | 第25页 |
| 2 方法 | 第25-27页 |
| ·系统发育树的构建 | 第26页 |
| ·全基因组比较 | 第26页 |
| ·致病后续基因的筛选 | 第26-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-29页 |
| ·系统发育树的构建 | 第27页 |
| ·全基因组比较 | 第27-28页 |
| ·致病基因的筛选 | 第28-29页 |
| 4 总结 | 第29-32页 |
| 第二章 水稻白叶枯病菌pai2基因的克隆与功能研究 | 第32-54页 |
| 摘要 | 第32页 |
| Abstract | 第32-33页 |
| 1 材料与方法 | 第33-47页 |
| ·试验所使用的菌株、质粒和引物 | 第33-34页 |
| ·培养基与抗生素 | 第34-35页 |
| ·培养基 | 第34页 |
| ·菌株的培养与保存条件 | 第34-35页 |
| ·常用抗生素及浓度 | 第35页 |
| ·细菌基因组DNA的提取 | 第35-37页 |
| ·细菌基因组DNA的小量快速提取 | 第35-36页 |
| ·细菌基因组DNA的大量提取 | 第36-37页 |
| ·大肠杆菌中质粒DNA的提取 | 第37-38页 |
| ·DNA凝胶电泳 | 第38页 |
| ·DNA酶切、连接和PCR扩增产物回收 | 第38-40页 |
| ·质粒的转化 | 第40-42页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第40页 |
| ·化学转化 | 第40-41页 |
| ·电转化感受态细胞的制备 | 第41页 |
| ·电脉冲转化 | 第41-42页 |
| ·Southern杂交 | 第42-45页 |
| ·试剂 | 第42-43页 |
| ·地高辛标记探针 | 第43页 |
| ·Southern杂交尼龙膜的制备 | 第43-44页 |
| ·预杂交与杂交 | 第44页 |
| ·洗膜及显色 | 第44-45页 |
| ·PCR反应 | 第45页 |
| ·整合突变体的构建 | 第45-47页 |
| ·重组载体的构建 | 第45-46页 |
| ·突变体的构建 | 第46-47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-51页 |
| ·pai2基因的分析 | 第47-48页 |
| ·pai2突变株的构建 | 第48-51页 |
| ·pai2突变株的Southern杂交验证 | 第51页 |
| 3 pai2基因的突变影响PX099致病性 | 第51-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 附录一 白叶枯病菌相对于细菌性条斑病菌的特异基因 | 第56-73页 |
| 附录二 发表或待发表的论文 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 致谢 | 第78页 |