| 中文摘要 | 第1-15页 |
| Abstract | 第15-18页 |
| 1 引言 | 第18-45页 |
| ·对暗色丝孢真菌开展研究的经济重要性 | 第18-20页 |
| ·该类真菌的分类研究简史 | 第20-26页 |
| ·细基格孢属的分类研究简史 | 第20-21页 |
| ·匍柄霉属的分类研究简史 | 第21-22页 |
| ·链格孢属的分类研究简史 | 第22-23页 |
| ·埃里砖格孢属的分类研究简史 | 第23-24页 |
| ·假格孢属的分类研究简史 | 第24-25页 |
| ·五个属及其近似属的分类检索表 | 第25-26页 |
| ·属间分类研究存在的问题以及属内种间分类研究存在的问题 | 第26-30页 |
| ·暗色丝孢菌分类研究简史 | 第26-27页 |
| ·半知菌分系统 | 第27-28页 |
| ·典型疑难属细基格孢属以及匍柄霉属存在的问题 | 第28-29页 |
| ·属间研究存在的问题 | 第29-30页 |
| ·分子系统学研究意义 | 第30-43页 |
| ·什么是分子系统学 | 第31-32页 |
| ·分子系统学常用的软件 | 第32-35页 |
| ·PAUP | 第32-33页 |
| ·MrBayes | 第33-34页 |
| ·ModelTest | 第34页 |
| ·jModelTest | 第34-35页 |
| ·PAUP 常用的分析方法 | 第35-37页 |
| ·最大简约法(Maximum parsimony) | 第35-36页 |
| ·距离法(Distance) | 第36页 |
| ·最大似然法(Maximum Likelihood) | 第36-37页 |
| ·树系可信度的检验 | 第37页 |
| ·分子系统学研究常用的基因 | 第37-43页 |
| ·ITS 序列 | 第37-39页 |
| ·G pd 基因 | 第39-40页 |
| ·A lt a 1（链格孢过敏元基因） | 第40页 |
| ·β-tubulin(β－微管蛋白) | 第40-41页 |
| ·EF1-α（延伸因子） | 第41-42页 |
| ·RP82（RNA 聚合酶II） | 第42-43页 |
| ·为什么要选用多基因序列分析 | 第43页 |
| ·小结与探讨 | 第43-45页 |
| 2 研究内容 | 第45-136页 |
| ·材料与方法 | 第45-61页 |
| ·实验材料与仪器 | 第45-48页 |
| ·菌种及标本来源 | 第45-46页 |
| ·培养基 | 第46页 |
| ·分离及鉴定培养基 | 第46页 |
| ·液体发酵培养基 | 第46页 |
| ·仪器与试剂 | 第46-48页 |
| ·主要仪器 | 第46页 |
| ·主要试剂及配制方法 | 第46-48页 |
| ·形态分类学研究实验方法 | 第48-49页 |
| ·标本处理 | 第48页 |
| ·新鲜标本处理 | 第48页 |
| ·种子处理 | 第48页 |
| ·纯培养的获得 | 第48-49页 |
| ·描述鉴定 | 第49页 |
| ·分子系统学研究方法 | 第49-61页 |
| ·供试菌株 | 第49-52页 |
| ·细基格孢属分子系统学研究受试菌株编号（表1） | 第49-51页 |
| ·匍柄霉属分子系统学研究受试菌株（表2） | 第51-52页 |
| ·汉孢属分子系统学研究受试菌株（表3） | 第52页 |
| ·菌体培养 | 第52-53页 |
| ·DNA 的提取 | 第53页 |
| ·PCR 引物设计、反应体系及步骤 | 第53-56页 |
| ·转化和连接试剂的配制 | 第55-56页 |
| ·不同基因片段PCR 扩增产物测序 | 第56-58页 |
| ·扩增产物的回收 | 第56页 |
| ·感受态细胞的制备步骤 | 第56页 |
| ·扩增片段与载体连接 | 第56页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的转化 | 第56-57页 |
| ·质粒的酶切鉴定 | 第57页 |
| ·连接载体 | 第57-58页 |
| ·基因 DNA 序列的测定 | 第58页 |
| ·数据处理方法 | 第58-61页 |
| ·序列的比对排定（Alignment） | 第58-59页 |
| ·分子系统树的构建 | 第59-60页 |
| ·树的显示和保存 | 第60页 |
| ·贝叶斯数据处理方法 | 第60-61页 |
| ·Nexus 数据文件的准备 | 第60-61页 |
| ·MrBayes 3. 1 程序的应用 | 第61页 |
| ·MODELTEST 程序的应用 | 第61页 |
| ·结果与分析 | 第61-136页 |
| ·重建的细基格孢属现有26 个种的分类检索表 | 第62-63页 |
| ·细基格孢属种的描述 | 第63-99页 |
| ·大蒜细基格孢 | 第63-65页 |
| ·树状细基格孢 | 第65-66页 |
| ·黑细基格孢 | 第66-67页 |
| ·葡串细基格孢 | 第67-69页 |
| ·白菜细基格孢 | 第69-70页 |
| ·香瓜细基格孢 | 第70-72页 |
| ·栗细基格孢 | 第72-73页 |
| ·辣椒细基格孢 | 第73-74页 |
| ·纸细基格孢 | 第74-75页 |
| ·群生细基格孢 | 第75-77页 |
| ·瓜类细基格孢 | 第77-78页 |
| ·胡萝卜细基格孢 | 第78-80页 |
| ·番茄细基格孢 | 第80-81页 |
| ·大葱细基格孢 | 第81-83页 |
| ·小孢子细基格孢 | 第83-84页 |
| ·多变细基格孢 | 第84-85页 |
| ·长椭圆细基格孢 | 第85-87页 |
| ·倒卵形细基格孢 | 第87-88页 |
| ·奥德曼细基格孢 | 第88-89页 |
| ·类黑细基格孢 | 第89-91页 |
| ·具格细基格孢 | 第91-92页 |
| ·茄科细基格孢 | 第92-94页 |
| ·高粱细基格孢 | 第94-95页 |
| ·小叶藜细基格孢 | 第95-96页 |
| ·密瘤突细基格孢 | 第96-97页 |
| ·马蹄莲细基格孢 | 第97-99页 |
| ·匍柄霉新种的描述 | 第99-104页 |
| ·苹果匍柄霉 | 第99-100页 |
| ·梨匍柄霉 | 第100-101页 |
| ·菜豆匍柄霉 | 第101-103页 |
| ·多变匍柄霉 | 第103-104页 |
| ·汉孢属 | 第104-110页 |
| ·纺锤形汉孢 | 第105-106页 |
| ·倒卵形汉孢 | 第106-108页 |
| ·多变汉孢 | 第108-110页 |
| ·新种及新属的分子系统学分析 | 第110-122页 |
| ·新种的系统学分析 | 第110-118页 |
| ·茄科细基格孢的系统学分析 | 第110-112页 |
| ·香瓜细基格孢的系统学分析 | 第112-115页 |
| ·菜豆匍柄霉和多变匍柄霉的系统学分析 | 第115-118页 |
| ·汉孢属的分子系统学分析 | 第118-122页 |
| ·多基因系统学分析 | 第122-136页 |
| ·细基格孢属的多基因分子系统学分析 | 第122-133页 |
| ·细基格孢属及其近似属的多基因分子系统学分析 | 第133-136页 |
| 3. 结论与讨论 | 第136-143页 |
| ·形态分类条件的优化 | 第136-137页 |
| ·分生孢子多型现象 | 第137页 |
| ·分类学讨论 | 第137-141页 |
| ·分子系统学与形态学的关系 | 第137-138页 |
| ·新属的讨论 | 第138-139页 |
| ·细基格孢属（Ulocladium）的讨论 | 第139-140页 |
| ·细基格孢属及其近似属的多基因分子系统学研究的讨论 | 第140-141页 |
| ·半知菌的分类研究探讨 | 第141-143页 |
| 参考文献 | 第143-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |
| 攻读博士学位期间发表文章 | 第161-162页 |
