ABEEMσπ模型生物大分子电荷分布并行处理的研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 1 引言 | 第9-12页 |
| ·分子动力学模拟 | 第9-10页 |
| ·并行处理 | 第10-11页 |
| ·本文内容 | 第11-12页 |
| 2 电荷分布模型与并行处理 | 第12-20页 |
| ·电荷分布模型 | 第12-14页 |
| ·理论模型 | 第12-13页 |
| ·常用软件包 | 第13-14页 |
| ·并行处理技术 | 第14-20页 |
| ·并行体系结构 | 第14-16页 |
| ·并行软件环境 | 第16-17页 |
| ·并行算法 | 第17-20页 |
| 3 ABEEMσπ 模型电荷分布计算并行处理 | 第20-27页 |
| ·ABEEMσπ 模型理论 | 第20-21页 |
| ·串行处理 | 第21-23页 |
| ·处理流程 | 第21-22页 |
| ·问题与改造 | 第22-23页 |
| ·并行处理 | 第23-27页 |
| 4 并行任务划分策略 | 第27-35页 |
| ·任务划分对并行性能的影响 | 第27页 |
| ·划分策略 | 第27-29页 |
| ·并行方案1 及其实现 | 第27-28页 |
| ·并行方案2 及其实现 | 第28-29页 |
| ·方案对比 | 第29-35页 |
| ·通信开销分析 | 第29-30页 |
| ·并行性能测试 | 第30-35页 |
| 5 通信性能分析及优化 | 第35-44页 |
| ·通信对并行性能的影响 | 第35-39页 |
| ·通信开销对并行性能的影响 | 第35页 |
| ·影响通信性能的因素分析 | 第35-39页 |
| ·通信优化 | 第39-44页 |
| ·矩阵A 分解并行算法通信优化 | 第39-42页 |
| ·回代求解x 并行算法通信优化 | 第42-44页 |
| 7 模型计算与应用 | 第44-47页 |
| ·应用情况 | 第44页 |
| ·实际模型计算 | 第44-47页 |
| ·模型说明 | 第44-45页 |
| ·计算结果 | 第45-47页 |
| 7 总结 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文和参与的科研项目 | 第54页 |
