| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一部分 背景 | 第11-28页 |
| 1 microRNA概述 | 第11-16页 |
| 1.1 miRNA的概念 | 第11页 |
| 1.2 miRNA的生物合成过程 | 第11-12页 |
| 1.3 miRNA的作用和功能 | 第12-16页 |
| 1.3.1 miRNA与细胞的发育和分化 | 第12-13页 |
| 1.3.2 miRNA与信号传递 | 第13页 |
| 1.3.3 miRNA与血管生成 | 第13-14页 |
| 1.3.4 miRNA与免疫 | 第14页 |
| 1.3.5 miRNA与病毒性感染 | 第14-15页 |
| 1.3.6 miRNA与肿瘤 | 第15页 |
| 1.3.7 miRNA与疾病 | 第15-16页 |
| 2 牛组织中已报道的miRNA组学研究 | 第16-18页 |
| 3 脑组织特异性表达的miRNA研究 | 第18-19页 |
| 4 miRNA与脑组织相关的神经退行性疾病 | 第19-24页 |
| 4.1 miRNA与阿尔茨海默病(AD) | 第19-20页 |
| 4.2 miRNA与帕金森病(PD) | 第20-21页 |
| 4.3 miRNA与亨廷顿舞蹈病(HD) | 第21-22页 |
| 4.4 miRNA与传染性海绵状脑病(TSE) | 第22-24页 |
| 5 miRNA表达量的研究方法 | 第24-25页 |
| 6 本课题组关于疯牛病的研究进展 | 第25-27页 |
| 7 本研究的目的 | 第27-28页 |
| 第二部分 实验材料和方法 | 第28-42页 |
| 1 实验材料 | 第28-30页 |
| 1.1 实验样品 | 第28页 |
| 1.2 细胞系 | 第28页 |
| 1.3 主要试剂 | 第28-29页 |
| 1.4 主要仪器 | 第29-30页 |
| 2 实验方法 | 第30-42页 |
| 2.1 用于HiSeq测序的大脑组织RNA样品的提取 | 第30页 |
| 2.2 小RNA文库构建和HiSeq高通量测序 | 第30页 |
| 2.3 测序数据分析 | 第30-32页 |
| 2.3.1 测序序列分析 | 第30-31页 |
| 2.3.2 miRNA预测 | 第31页 |
| 2.3.3 miRNA差异性表达分析 | 第31页 |
| 2.3.4 miRNA碱基偏向性分析和基因组分布分析 | 第31页 |
| 2.3.5 miRNA的靶基因预测及功能分析 | 第31-32页 |
| 2.3.6 GO富含和KEGG通路分析 | 第32页 |
| 2.4 茎环RT-qPCR验证差异表达的mi RNA | 第32-37页 |
| 2.4.1 茎环RT-qPCR引物设计 | 第32-36页 |
| 2.4.2 黄牛水牛大脑组织RNA的提取 | 第36页 |
| 2.4.3 RNA逆转录 | 第36-37页 |
| 2.4.4 RT-qPCR | 第37页 |
| 2.5 miRNA作用的靶基因的靶标关系验证 | 第37-42页 |
| 2.5.1 细胞培养 | 第37页 |
| 2.5.2 mimics及Negative control的合成 | 第37-38页 |
| 2.5.3 合成含有miRNA作用靶位点的UTR片段 | 第38页 |
| 2.5.4 构建载体 | 第38-41页 |
| 2.5.5 提取去内毒素质粒 | 第41页 |
| 2.5.6 细胞转染及荧光双报告检测 | 第41-42页 |
| 第三部分 实验结果 | 第42-67页 |
| 1 黄牛水牛大脑组织RNA样品的质量和完整度 | 第42-43页 |
| 2 HiSeq深度测序数据 | 第43-45页 |
| 3 已知miRNA (known miRNA)的鉴定和分析 | 第45-48页 |
| 4 新miRNA (novel miRNA)的预测 | 第48-52页 |
| 5 known miRNA及novel miRNA的靶基因预测 | 第52-53页 |
| 6 known miRNA及novel miRNA靶基因GO功能注释及富集分析 | 第53-55页 |
| 7 known miRNA及novel miRNA的KEGG通路分析 | 第55-59页 |
| 8 RT-qPCR验证miRNA的表达 | 第59-61页 |
| 9 miRNA与其作用的靶基因的靶标关系验证结果 | 第61-67页 |
| 第四部分 讨论及总结 | 第67-71页 |
| 1 黄牛水牛大脑组织中的miRNA组学研究 | 第67-69页 |
| 2 黄牛水牛差异表达的miRNA与神经退行性疾病的关联 | 第69-71页 |
| 附录 | 第71-89页 |
| 参考文献 | 第89-101页 |
| 在学期间发表论文和获奖情况 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
