| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-16页 |
| 1.1 家牛简介 | 第7-8页 |
| 1.2 DNA甲基化 | 第8-9页 |
| 1.3 DNA甲基化与家畜育种 | 第9-10页 |
| 1.4 DNA甲基化与疾病 | 第10-11页 |
| 1.5 DNA甲基化测序技术 | 第11-15页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第15-16页 |
| 第二章 材料与方法 | 第16-21页 |
| 2.1 实验材料 | 第16页 |
| 2.2 DNA样品准备、建库及WGBS测序 | 第16-17页 |
| 2.3 数据过滤及序列比对 | 第17-19页 |
| 2.4 差异甲基化区域(DMR)识别及相关基因识别 | 第19页 |
| 2.5 差异甲基化基因GO、KEGG及富集分析 | 第19-21页 |
| 第三章 结果与分析 | 第21-37页 |
| 3.1 WGBS测序数据质量控制和序列比对 | 第21-22页 |
| 3.2 数据统计和覆盖度分析 | 第22-23页 |
| 3.3 甲基化C分布趋势分析 | 第23-28页 |
| 3.3.1 基因组甲基化C分布 | 第24-25页 |
| 3.3.2 不同功能元件甲基化C分布 | 第25-27页 |
| 3.3.3 碱基偏好性 | 第27-28页 |
| 3.4 甲基化图谱 | 第28-30页 |
| 3.4.1 全基因组甲基化分布 | 第28-29页 |
| 3.4.2 染色体甲基化分布 | 第29-30页 |
| 3.5 差异甲基化分析 | 第30-32页 |
| 3.5.1 DMR分析 | 第30-32页 |
| 3.5.2 DMR聚类分析 | 第32页 |
| 3.6 GO功能分析 | 第32-35页 |
| 3.7 KEGG通路分析 | 第35-37页 |
| 第四章 讨论与小结 | 第37-42页 |
| 4.1 实验设计 | 第37页 |
| 4.2 DNA甲基化测序技术 | 第37-38页 |
| 4.3 瘤牛与普通牛全基因组DNA甲基化差异 | 第38-41页 |
| 4.3.1 甲基化模式 | 第38-39页 |
| 4.3.2 瘤牛和普通牛差异甲基化基因与功能 | 第39-41页 |
| 4.4 小结 | 第41-42页 |
| 第五章 展望 | 第42-43页 |
| 附录 | 第43-59页 |
| 参考文献 | 第59-67页 |
| 攻读硕士学位期间完成的科研成果 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 综述 | 第69-73页 |