| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 课题研究的目的和意义 | 第9-12页 |
| 1.2 序列比对技术的国内外研究现状 | 第12-15页 |
| 1.3 本文研究的主要内容及章节安排 | 第15-17页 |
| 第2章 基于Hadoop的基因大数据序列比对算法总体设计及集群搭建 | 第17-32页 |
| 2.1 基于Hadoop的基因大数据序列比对算法总体设计 | 第17-19页 |
| 2.2 参考基因组预处理 | 第19-26页 |
| 2.3 测序数据预处理 | 第26-28页 |
| 2.3.1 测序数据格式 | 第26-27页 |
| 2.3.2 FASTQ测序数据文件预处理 | 第27-28页 |
| 2.4 Hadoop集群环境搭建 | 第28-30页 |
| 2.5 分布式缓存设计和单节点多线程 | 第30-31页 |
| 2.6 本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 基于BWT索引的序列比对算法实现及分析 | 第32-40页 |
| 3.1 BWT转换原理 | 第32-34页 |
| 3.1.1 BWT编码过程 | 第32-33页 |
| 3.1.2 BWT解码过程 | 第33-34页 |
| 3.2 基于BWT索引的Bowtie算法实现 | 第34-37页 |
| 3.3 基于BWT索引的BWA算法实现 | 第37-38页 |
| 3.4 基于BWT索引的序列比对算法性能分析 | 第38-39页 |
| 3.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 基于种子投票策略的Subread算法及改进实现 | 第40-59页 |
| 4.1 基于种子投票策略的Subread算法原理及实现 | 第40-50页 |
| 4.1.1 种子投票及精确比对模块 | 第42-47页 |
| 4.1.2 模糊比对模块 | 第47-49页 |
| 4.1.3 Subread算法性能测试及结果分析 | 第49-50页 |
| 4.2 基于种子投票策略的改进型Subread算法 | 第50-54页 |
| 4.2.1 基于种子投票策略的Subread算法改进实现 | 第50-53页 |
| 4.2.2 改进型Subread算法性能测试及实验结果分析 | 第53-54页 |
| 4.3 改进型Subread算法的并行化实现 | 第54-58页 |
| 4.3.1 并行化主要问题及解决方案 | 第54-55页 |
| 4.3.2 改进型Subread算法并行化具体实现 | 第55-57页 |
| 4.3.3 并行化改进型Subread性能测试及实验结果分析 | 第57-58页 |
| 4.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 第5章 总结与展望 | 第59-61页 |
| 5.1 论文工作总结 | 第59-60页 |
| 5.2 未来工作展望 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-65页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目 | 第65页 |
