基于信息论的基因调控网络构建算法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3 论文主要工作 | 第15-16页 |
| 1.4 论文的章节安排 | 第16-18页 |
| 第2章 基因调控网络基础 | 第18-29页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 生物网络建模 | 第18-21页 |
| 2.2.1 基因表达调控 | 第18-19页 |
| 2.2.2 基因调控网络 | 第19-21页 |
| 2.3 生物数据来源 | 第21-22页 |
| 2.4 基因调控网络的数学模型 | 第22-28页 |
| 2.4.1 布尔网络模型 | 第22-23页 |
| 2.4.2 微分方程模型 | 第23-25页 |
| 2.4.3 概率图表模型 | 第25-26页 |
| 2.4.4 状态空间模型 | 第26-28页 |
| 2.5 小结 | 第28-29页 |
| 第3章 基于时延信息熵的协同基因调控网络构建算法 | 第29-40页 |
| 3.1 引言 | 第29页 |
| 3.2 相关知识 | 第29-32页 |
| 3.2.1 信息论基础知识 | 第29-30页 |
| 3.2.2 MDL准则 | 第30-31页 |
| 3.2.3 基因间的协同性表达 | 第31-32页 |
| 3.3 基于信息论准则的协同调控动态性的研究 | 第32-35页 |
| 3.3.1 检测基因间的调控时延 | 第33页 |
| 3.3.2 初始调控模型 | 第33-34页 |
| 3.3.3 优化基因调控模型 | 第34-35页 |
| 3.4 实验结果与性能分析 | 第35-39页 |
| 3.4.1 合成IRMA网络 | 第36-37页 |
| 3.4.2 真实酵母(Yeast)细胞网络 | 第37-39页 |
| 3.5 小结 | 第39-40页 |
| 第4章 基于微分方程和信息熵的通路一致算法 | 第40-49页 |
| 4.1 引言 | 第40页 |
| 4.2 相关理论技术 | 第40-42页 |
| 4.2.1 PCA-CMI算法 | 第40-42页 |
| 4.2.2 微分方程模型 | 第42页 |
| 4.3 算法的实现与原理 | 第42-45页 |
| 4.3.1 因果模型 | 第43-44页 |
| 4.3.2 优化过程 | 第44-45页 |
| 4.4 实验结果与性能分析 | 第45-48页 |
| 4.4.1 实验数据来源 | 第46页 |
| 4.4.2 实验结果与分析 | 第46-48页 |
| 4.5 小结 | 第48-49页 |
| 结论 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录 | 第57-58页 |
| 附录B 攻读学位期间参与的项目 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
