| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词一览表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-33页 |
| 1.1 中国中药材黄芪的种植概况 | 第15-16页 |
| 1.2 固氮作用 | 第16-17页 |
| 1.2.1 工业固氮 | 第16页 |
| 1.2.2 大气固氮 | 第16页 |
| 1.2.3 生物固氮 | 第16-17页 |
| 1.3 根瘤菌与豆科植物 | 第17-26页 |
| 1.3.1 根瘤菌的分类 | 第17-18页 |
| 1.3.2 根瘤菌与豆科植物的识别 | 第18-20页 |
| 1.3.3 根瘤的形态 | 第20-22页 |
| 1.3.4 膨胀型类菌体和非膨胀型类菌体 | 第22-23页 |
| 1.3.5 结瘤相关的化学信号分子 | 第23-25页 |
| 1.3.6 固氮有效性 | 第25-26页 |
| 1.4 黄芪的根瘤菌多样性 | 第26-27页 |
| 1.4.1 RFLP限制性酶切片段多样性分析 | 第27页 |
| 1.4.2 Biolog唯一碳源利用 | 第27页 |
| 1.5 基因组学 | 第27-28页 |
| 1.5.1 测序技术的发展 | 第27-28页 |
| 1.5.2 结构基因组学 | 第28页 |
| 1.5.3 功能基因组学 | 第28页 |
| 1.5.4 基因组学技术在根瘤菌中的应用 | 第28页 |
| 1.6 转录组学 | 第28-29页 |
| 1.7 根瘤菌剂的国内外应用现状 | 第29-30页 |
| 1.7.1 根瘤菌剂的生产 | 第29-30页 |
| 1.7.2 根瘤菌剂的应用 | 第30页 |
| 1.8 本论文研究目的 | 第30页 |
| 1.9 本研究的研究内容和意义 | 第30-31页 |
| 1.10 技术路线 | 第31-33页 |
| 第二章 地理环境对黄芪根瘤菌的物种分布的影响 | 第33-59页 |
| 2.1 引言 | 第33页 |
| 2.2 实验材料 | 第33-35页 |
| 2.2.1 根瘤的采集 | 第33-34页 |
| 2.2.2 培养基配方及化学试剂 | 第34-35页 |
| 2.3 实验方法 | 第35-41页 |
| 2.3.1 根瘤菌的分离纯化和保藏 | 第35页 |
| 2.3.2 DNA提取 | 第35-36页 |
| 2.3.3 16S rDNA基因扩增及限制性片段长度多态性分析 | 第36-37页 |
| 2.3.4 IGS基因扩增及限制性片段长度多态性分析 | 第37页 |
| 2.3.5 回接实验 | 第37-38页 |
| 2.3.6 代表菌株16S rDNA,持家基因的扩增及系统发育分析 | 第38-39页 |
| 2.3.7 结瘤基因nodC和固氮基因nifH的扩增及系统发育分析 | 第39-40页 |
| 2.3.8 采样点土壤因子分析 | 第40页 |
| 2.3.9 根瘤菌物种分布于土壤因子相关性分析 | 第40页 |
| 2.3.10 GenGIS生物地理分布作图 | 第40-41页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第41-59页 |
| 2.4.1 中国主要黄芪种植生态区的根瘤菌样品菌株分布图 | 第41页 |
| 2.4.2 16S rDNA限制性内切酶RFLP指纹图谱分析 | 第41-43页 |
| 2.4.3 16S rDNA与IGS限制性内切酶RFLP指纹图谱合并分析 | 第43-45页 |
| 2.4.4 16S rDNA序列系统发育分析 | 第45-47页 |
| 2.4.5 持家基因序列合并系统发育分析 | 第47-50页 |
| 2.4.6 结瘤基因nodC与固氮基因nifH系统发育分析 | 第50-53页 |
| 2.4.7 回接实验结果分析 | 第53页 |
| 2.4.8 土壤理化性质物种多样性及相关性分析 | 第53-56页 |
| 2.4.9 中国主要黄芪种地地区根瘤菌多样性及其与宿主的关系 | 第56-59页 |
| 第三章 黄芪根瘤内生细菌新种的鉴定 | 第59-77页 |
| 3.1 引言 | 第59页 |
| 3.2 实验材料 | 第59-60页 |
| 3.2.1 菌株信息 | 第59-60页 |
| 3.2.2 培养基配方 | 第60页 |
| 3.2.3 化学试剂 | 第60页 |
| 3.2.4 参比菌株信息 | 第60页 |
| 3.3 实验方法 | 第60-66页 |
| 3.3.1 DNA提取 | 第60-61页 |
| 3.3.2 16S基因的扩增及分析 | 第61页 |
| 3.3.3 持家基因序列扩增及合并序列的分析 | 第61页 |
| 3.3.4 结瘤基因nodC及固氮基因nifH的测序及序列分析 | 第61页 |
| 3.3.5 全基因组测序、组装 | 第61-62页 |
| 3.3.6 基因预测及注释 | 第62页 |
| 3.3.7 全基因组ANI值计算及(G+C)含量分析 | 第62-63页 |
| 3.3.8 脂肪酸成分分析 | 第63页 |
| 3.3.9 唯一C源利用及表型性状测定 | 第63-65页 |
| 3.3.10 BOX指纹图谱分析 | 第65页 |
| 3.3.11 回接及交叉结瘤实验 | 第65-66页 |
| 3.3.12 代时测定 | 第66页 |
| 3.3.13 扫描电镜观察 | 第66页 |
| 3.4 结果与分析 | 第66-77页 |
| 3.4.1 16S rDNA基因系统发育分析 | 第66-67页 |
| 3.4.2 持家基因系统发育分析 | 第67-68页 |
| 3.4.3 结瘤基因nodC和固氮基因nifH的系统发育分析 | 第68-69页 |
| 3.4.4 全基因组ANI值计算 | 第69-71页 |
| 3.4.5 脂肪酸主成分分析 | 第71-72页 |
| 3.4.6 唯一碳源利用及其它表型测定 | 第72-75页 |
| 3.4.7 BOX指纹图谱分析 | 第75页 |
| 3.4.8 回接实验及交叉结瘤结果 | 第75-76页 |
| 3.4.9 代时测定 | 第76页 |
| 3.4.10 扫描电镜结果 | 第76页 |
| 3.4.11 结论 | 第76-77页 |
| 第四章 与黄芪特异性共生的根瘤菌全基因组分析 | 第77-101页 |
| 4.1 引言 | 第77-78页 |
| 4.2 实验材料 | 第78-79页 |
| 4.3 实验方法 | 第79-85页 |
| 4.3.1 全基因组DNA的提取 | 第79页 |
| 4.3.2 全基因组测序和组装 | 第79页 |
| 4.3.3 基因预测和注释 | 第79页 |
| 4.3.4 16S rDNA系统发育分析 | 第79页 |
| 4.3.5 核心基因组、附属基因组及泛基因组分析 | 第79-80页 |
| 4.3.6 与宿主选择性相关的共生岛基因排列 | 第80页 |
| 4.3.7 与黄芪共生的菌株特有基因分析 | 第80页 |
| 4.3.8 山羊豆族共生菌株特有基因数据库注释(COG、KEGG、nr) | 第80-81页 |
| 4.3.9 山羊豆族共生菌株特有基因蛋白结构预测 | 第81页 |
| 4.3.10 黄芪共生根瘤菌nodO基因的普适扩增 | 第81页 |
| 4.3.11 nodO基因进化分析 | 第81-82页 |
| 4.3.12 R.yanglingense CCBAU 01603的nodO敲除 | 第82-84页 |
| 4.3.13 nodO删除突变体的共生表型验证 | 第84-85页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第85-101页 |
| 4.4.1 DNA样品检测 | 第85页 |
| 4.4.2 全基因组序列组装及预测结果 | 第85-86页 |
| 4.4.3 16S系统发育分析 | 第86-88页 |
| 4.4.4 核心基因家族、泛基因家族分析 | 第88-90页 |
| 4.4.5 共生基因结构 | 第90-91页 |
| 4.4.6 与山羊豆族宿主特异性共生的根瘤菌特有基因分布 | 第91-93页 |
| 4.4.7 nodO通用引物的扩增 | 第93-94页 |
| 4.4.8 nodO基因的系统发育分析 | 第94-96页 |
| 4.4.9 nodO删除突变株共生表型 | 第96-101页 |
| 第五章 黄芪与不同根瘤菌的共生匹配性分析 | 第101-113页 |
| 5.1 引言 | 第101页 |
| 5.2 实验材料和方法 | 第101-104页 |
| 5.2.1 固氮酶活性测定 | 第101-102页 |
| 5.2.2 差异基因分析 | 第102-104页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第104-113页 |
| 5.3.1 两株根瘤菌与黄芪的共生表型比较 | 第104-106页 |
| 5.3.2 固氮酶活测定 | 第106-107页 |
| 5.3.3 根瘤电镜切片 | 第107-109页 |
| 5.3.4 CCBAU 01550和CCBAU 45272比较基因组学分析 | 第109-110页 |
| 5.3.5 转录组数据拼接及差异表达基因分析 | 第110-113页 |
| 第六章 高效根瘤菌对黄芪的促生效果研究 | 第113-116页 |
| 6.1 绪论 | 第113页 |
| 6.2 实验材料和方法 | 第113页 |
| 6.2.1 蛭石条件下与黄芪的共生研究 | 第113页 |
| 6.2.2 野外土壤环境条件下与黄芪的共生研究 | 第113页 |
| 6.2.3 恒山山脉的种植试验 | 第113页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第113-116页 |
| 6.3.1 蛭石及土壤条件下的接种试验 | 第113-115页 |
| 6.3.2 大田应用中的蘸根移栽接种试验 | 第115-116页 |
| 结论和展望 | 第116-118页 |
| 附录 | 第118-125页 |
| 参考文献 | 第125-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 个人简介 | 第137-138页 |
