| 符号说明 | 第6-12页 |
| 中文摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14-16页 |
| 1 前言 | 第17-31页 |
| 1.1 小麦族概况 | 第17-23页 |
| 1.1.1 小麦族系统分类 | 第17-18页 |
| 1.1.2 小麦族起源与进化 | 第18-19页 |
| 1.1.2.1 小麦族二倍体物种的进化 | 第18页 |
| 1.1.2.2 小麦族多倍体物种的进化 | 第18-19页 |
| 1.1.2.3 小麦属的驯化 | 第19页 |
| 1.1.3 小麦族系统分类及进化研究方法 | 第19-22页 |
| 1.1.3.1 形态特征 | 第19-20页 |
| 1.1.3.2 细胞遗传学 | 第20页 |
| 1.1.3.3 分子标记 | 第20-21页 |
| 1.1.3.4 单拷贝核基因 | 第21页 |
| 1.1.3.5 叶绿体基因组 | 第21页 |
| 1.1.3.6 核基因组 | 第21-22页 |
| 1.1.4 小麦族系统发生研究面临的问题 | 第22-23页 |
| 1.2 高通量转录组测序技术和小麦族全基因组测序 | 第23-28页 |
| 1.2.1 高通量转录组测序技术 | 第23-24页 |
| 1.2.1.1 二代转录组测序技术及优缺点 | 第23-24页 |
| 1.2.1.2 全长转录组测序技术 | 第24页 |
| 1.2.2 小麦族全基因组测序 | 第24-28页 |
| 1.2.2.1 普通小麦全基因组测序 | 第26页 |
| 1.2.2.2 普通小麦亚基因组供体物种测序 | 第26-27页 |
| 1.2.2.3 野生二粒小麦的全基因组测序 | 第27页 |
| 1.2.2.4 大麦及其变种全基因组测序 | 第27-28页 |
| 1.2.2.5 黑麦全基因组测序 | 第28页 |
| 1.2.2.6 小麦族全基因组测序展望 | 第28页 |
| 1.3 基于全基因组和转录组的系统发生研究 | 第28-30页 |
| 1.3.1 挖掘转录组中的单拷贝核基因 | 第28-29页 |
| 1.3.2 鉴定由多倍体化事件造成的物种形成过程 | 第29页 |
| 1.3.3 直系同源序列确定 | 第29-30页 |
| 1.3.4 局限和展望 | 第30页 |
| 1.4 本研究目的意义 | 第30-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-44页 |
| 2.1 供试物种 | 第31-33页 |
| 2.1.1 全基因组测序物种及数据下载 | 第31页 |
| 2.1.2 本研究转录组测序物种和取样方法 | 第31-33页 |
| 2.1.2.1 本研究转录组测序物种 | 第31-33页 |
| 2.1.2.2 种植条件及取样时间 | 第33页 |
| 2.2 方法步骤 | 第33-44页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第33页 |
| 2.2.2 二代转录组建库及测序 | 第33-34页 |
| 2.2.3 二代转录组质控及组装 | 第34-38页 |
| 2.2.3.1 数据质控 | 第34页 |
| 2.2.3.2 二代转录组无参组装 | 第34-35页 |
| 2.2.3.3 二代转录组有参组装 | 第35-36页 |
| 2.2.3.4 二代转录组有参指导下的无参组装 | 第36-37页 |
| 2.2.3.5 二代转录组组装结果去冗余 | 第37-38页 |
| 2.2.4 全长转录组建库及测序 | 第38页 |
| 2.2.5 全长转录组数据质控及矫正 | 第38-39页 |
| 2.2.6 转录组完整度评估 | 第39-40页 |
| 2.2.7 预测转录本编码区 | 第40页 |
| 2.2.8 全基因组和转录组直系同源序列查找及物种树构建 | 第40-42页 |
| 2.2.8.1 全数据集Blastn查找 | 第40-41页 |
| 2.2.8.2 CDS序列聚类 | 第41页 |
| 2.2.8.3 构建同源序列进化树 | 第41页 |
| 2.2.8.4 确定直系同源序列 | 第41-42页 |
| 2.2.8.5 统计物种在直系同源序列中的分布情况 | 第42页 |
| 2.2.8.6 构建物种树 | 第42页 |
| 2.2.8.7 将ABD亚基因组当作不同物种构建物种树 | 第42页 |
| 2.2.9 赤霉素受体蛋白GID1生物信息分析 | 第42-43页 |
| 2.2.9.1 在小麦族物种转录本中查找GID1同源序列 | 第42-43页 |
| 2.2.9.2 赤霉素受体蛋白GID1直系同源序列系统发生分析 | 第43页 |
| 2.2.9.3 GID1直系同源序列蛋白质三维建模 | 第43页 |
| 2.2.10 普通小麦亚基因组之间选择压力计算及比较 | 第43-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-71页 |
| 3.1 转录组结果 | 第44-52页 |
| 3.1.1 二代转录组组装 | 第44-48页 |
| 3.1.1.1 二代转录组组装结果 | 第44-45页 |
| 3.1.1.2 二代转录组长度分布 | 第45-48页 |
| 3.1.2 全长转录组质控及矫正 | 第48-50页 |
| 3.1.2.1 全长转录组质控及矫正结果 | 第48页 |
| 3.1.2.2 全长转录组长度分布 | 第48-50页 |
| 3.1.3 转录组结果完整度评估 | 第50-52页 |
| 3.1.3.1 二代转录组组装完整度评估 | 第50-51页 |
| 3.1.3.2 全长转录组完整度评估 | 第51-52页 |
| 3.1.4 转录组不同处理方法比较 | 第52页 |
| 3.2 小麦族系统发生分析 | 第52-58页 |
| 3.2.1 全基因组或转录组直系同源群 | 第52-54页 |
| 3.2.2 全基因组和转录组系统发生分析 | 第54-58页 |
| 3.3 小麦族赤霉素受体GID1生物信息分析 | 第58-67页 |
| 3.3.1 赤霉素受体GID1直系同源序列鉴定 | 第58-61页 |
| 3.3.2 赤霉素受体蛋白三维结构模拟 | 第61-64页 |
| 3.3.3 赤霉素受体GID1直系同源序列CDS系统发生分析 | 第64-67页 |
| 3.4 普通小麦亚基因组进化压力比较 | 第67-71页 |
| 4 讨论 | 第71-73页 |
| 4.1 小麦族物种转录组组装策略 | 第71页 |
| 4.2 小麦族物种系统发生分析研究 | 第71-73页 |
| 5 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-84页 |
| 附录 | 第84-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第105页 |
