| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-21页 |
| 1.1 甘蔗作物的经济意义 | 第13页 |
| 1.2 甘蔗遗传背景复杂 | 第13页 |
| 1.3 甘蔗分子标记辅助育种的发展 | 第13-14页 |
| 1.4 QTL定位 | 第14-15页 |
| 1.5 关联分析 | 第15-18页 |
| 1.5.1 LD产生的原因及影响LD的因素 | 第15-17页 |
| 1.5.2 关联分析的基本方法 | 第17-18页 |
| 1.5.3 关联分析在甘蔗上的研究进展 | 第18页 |
| 1.6 常用分子标记 | 第18-19页 |
| 1.6.1 随机增多态性(RAPD) | 第18页 |
| 1.6.2 扩增片段长度多态性(AFLP) | 第18-19页 |
| 1.6.3 简单重复序列(SSR) | 第19页 |
| 1.6.4 单核苷酸多态性SNP分子标记 | 第19页 |
| 1.7 研究目的与意义 | 第19-21页 |
| 第二章 甘蔗基因组SSR分子标记 | 第21-31页 |
| 2.1 前言 | 第21页 |
| 2.2 材料与方法 | 第21-22页 |
| 2.3 实验方法 | 第22-26页 |
| 2.3.1 基因组序列的来源 | 第22页 |
| 2.3.2 SSR位点分析与查找工具 | 第22页 |
| 2.3.3 SSR位点查找 | 第22-23页 |
| 2.3.4 DNA的提取 | 第23页 |
| 2.3.5 PCR体系配置与扩增程序 | 第23-24页 |
| 2.3.6 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与染色 | 第24-26页 |
| 2.4 结果与分析 | 第26-29页 |
| 2.4.1 甘蔗基因组序列中SSR位点的生物信息学分析 | 第26页 |
| 2.4.2 基因组SSR基序类型和比例 | 第26-28页 |
| 2.4.3 引物效果与筛选 | 第28-29页 |
| 2.5 讨论 | 第29-31页 |
| 2.5.1 甘蔗SSR标记开发 | 第29页 |
| 2.5.2 基因组SSR位点分布特点 | 第29-30页 |
| 2.5.3 SSR标记在甘蔗分子遗传学上的应用 | 第30-31页 |
| 第三章 甘蔗基因型性状与表型性状及其关联分析 | 第31-56页 |
| 3.1 材料与方法 | 第31-39页 |
| 3.1.1 群体构建 | 第31-32页 |
| 3.1.2 性状调查 | 第32页 |
| 3.1.3 甘蔗基因组DNA的提取及检测 | 第32-33页 |
| 3.1.4 使用标记 | 第33页 |
| 3.1.5 SSR引物检测 | 第33-34页 |
| 3.1.6 AFLP引物检测 | 第34-39页 |
| 3.2 数据的统计分析 | 第39-40页 |
| 3.2.1 表型数据 | 第39页 |
| 3.2.2 带型统计 | 第39页 |
| 3.2.3 聚类分析 | 第39页 |
| 3.2.4 群体结构分析 | 第39-40页 |
| 3.2.5 表型性状与标记多态性的关联分析 | 第40页 |
| 3.3 结果与分析 | 第40-52页 |
| 3.3.1 表型数据分析 | 第40-43页 |
| 3.3.2 标记分析 | 第43-45页 |
| 3.3.3 群体结构与聚类分析 | 第45-48页 |
| 3.3.4 基因型性状与表型性状的关联分析 | 第48-52页 |
| 3.4 讨论 | 第52-56页 |
| 3.4.1 试验材料的群体结构 | 第52-53页 |
| 3.4.2 关联分析与分子标记 | 第53-54页 |
| 3.4.3 分子标记种类的选择与引物的选择 | 第54页 |
| 3.4.4 荧光标记毛细管电泳和变性聚丙烯酰胺电泳的比较 | 第54页 |
| 3.4.5 复杂性状的研究方法 | 第54-56页 |
| 第四章 结论 | 第56-59页 |
| 4.1 分子标记开发与引物筛选 | 第56页 |
| 4.2 表型性状与分子标记分析 | 第56-59页 |
| 4.2.1 表型性状分析结果 | 第56-57页 |
| 4.2.2 分子标记分析结果 | 第57页 |
| 4.2.3 表型性状与分子性状的关联分析 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 附录 | 第64-93页 |
| 致谢 | 第93页 |