| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 课题背景 | 第8-11页 |
| 1.2 研究目的和意义 | 第11-12页 |
| 1.3 本文研究内容及组织结构 | 第12-14页 |
| 第2章 新一代测序技术及基因拼接技术 | 第14-21页 |
| 2.1 新一代测序数据拼接组装技术背景简介 | 第14-16页 |
| 2.1.1 新一代测序技术特点 | 第14-15页 |
| 2.1.2 新一代测序技术所面临的挑战 | 第15-16页 |
| 2.2 3种相关拼接算法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 贪婪拼接算法 | 第16-17页 |
| 2.2.2 OLC算法 | 第17页 |
| 2.2.3 de bruijn的图算法 | 第17-19页 |
| 2.2.4 3种拼接算法比较 | 第19页 |
| 2.3 本文的基本思想 | 第19-20页 |
| 2.4 本章小结 | 第20-21页 |
| 第3章 基因组序列de novo拼接算法研究 | 第21-34页 |
| 3.1 马尔可夫模型的构建 | 第21-26页 |
| 3.1.1 马尔可夫模型及其特点 | 第21-22页 |
| 3.1.2 马尔可夫模型的构建 | 第22-26页 |
| 3.2 基因组序列de novo拼接 | 第26-33页 |
| 3.2.1 基因拼接的总体思想 | 第26-27页 |
| 3.2.2 初始状态的选择方法 | 第27-28页 |
| 3.2.3 双向拼接的实现过程 | 第28-29页 |
| 3.2.4 最佳状态的选择策略 | 第29-32页 |
| 3.2.5 Contig拼接检测 | 第32-33页 |
| 3.3 基因组序列de novo拼接测试与结果分析 | 第33页 |
| 3.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 基因组序列de novo拼接关键技术优化 | 第34-47页 |
| 4.1 无后缀异常原因及处理过程 | 第34-37页 |
| 4.1.1 无后缀异常产生原因分析 | 第34-35页 |
| 4.1.2 无后缀异常处理过程 | 第35-37页 |
| 4.2 重复片段异常原因及处理过程 | 第37-43页 |
| 4.2.1 重复片段的产生原因分析 | 第37页 |
| 4.2.2 真假重复片段的判断 | 第37-38页 |
| 4.2.3 短重复片段的处理 | 第38-41页 |
| 4.2.4 长重复片段的处理 | 第41-43页 |
| 4.3 错误高发区异常处理 | 第43-44页 |
| 4.4 多线程拼接的实现 | 第44-45页 |
| 4.5 基因组序列de novo拼接关键技术优化测试与结果分析 | 第45-46页 |
| 4.5.1 基于启发式原则的模块优化处理结果 | 第45-46页 |
| 4.5.2 系统并行拼接结果 | 第46页 |
| 4.6 本章小结 | 第46-47页 |
| 第5章 基因组序列de novo拼接系统的设计与实现 | 第47-57页 |
| 5.1 系统基本架构 | 第47-48页 |
| 5.2 信息预处理模块 | 第48-49页 |
| 5.3 马尔可夫模型构建模块 | 第49-50页 |
| 5.4 基因拼接模块 | 第50页 |
| 5.5 格式化输出模块 | 第50-51页 |
| 5.6 系统评测与结果分析 | 第51-56页 |
| 5.6.1 实验环境 | 第51-52页 |
| 5.6.2 评测标准及评测软件 | 第52-53页 |
| 5.6.3 与其他软件的比较结果 | 第53-56页 |
| 5.7 本章小结 | 第56-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
