| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-33页 |
| 1.1 数量性状遗传作图的基本思路与方法 | 第11-18页 |
| 1.1.1 基于连锁分析的QTL作图技术 | 第11-13页 |
| 1.1.1.1 QTL作图原理 | 第12页 |
| 1.1.1.2 QTL定位的应用 | 第12-13页 |
| 1.1.1.3 QTL定位的局限 | 第13页 |
| 1.1.2 基于连锁不平衡的关联分析作图 | 第13-18页 |
| 1.1.2.1 连锁不平衡 | 第13-16页 |
| 1.1.2.1.1 连锁不平衡的度量 | 第14页 |
| 1.1.2.1.2 影响连锁不平衡的因素 | 第14-16页 |
| 1.1.2.2 关联分析 | 第16-18页 |
| 1.1.2.2.1 关联分析的策略 | 第16-17页 |
| 1.1.2.2.2 关联分析在作物中的应用 | 第17-18页 |
| 1.2 新基因发掘研究 | 第18-21页 |
| 1.2.1 基于连锁分析的基因发掘研究 | 第18-20页 |
| 1.2.1.1 突变体库发掘新基因方法研究 | 第18页 |
| 1.2.1.2 比较基因组学克隆新基因的方法 | 第18-19页 |
| 1.2.1.3 图位克隆发掘新基因 | 第19-20页 |
| 1.2.2 基于连锁不平衡的新基因发掘研究 | 第20-21页 |
| 1.3 作物产量和产量相关基因 | 第21-30页 |
| 1.3.1 作物产量构成要素和研究意义 | 第21页 |
| 1.3.2 作物产量要素的分子基础 | 第21-30页 |
| 1.3.2.1 水稻分蘖数和MOC1基因 | 第21-23页 |
| 1.3.2.2 水稻穗粒数和主效QTL/基因Gnla | 第23-24页 |
| 1.3.2.3 水稻粒宽和粒宽基因GW2 | 第24-25页 |
| 1.3.2.4 玉米控制粒型和穗粒数的基因Gln1-3和Gln1-4 | 第25页 |
| 1.3.2.5 西红柿果实大小基因fw2.2 | 第25-26页 |
| 1.3.2.6 小麦春化和春化基因vrn1 | 第26-28页 |
| 1.3.2.7 穗型和穗型基因Q/q | 第28-30页 |
| 1.4 展望 | 第30页 |
| 1.5 本研究的目的、意义及其技术路线 | 第30-33页 |
| 第二章 用关联分析精细定位小麦粒重主效QTL | 第33-47页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-39页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第34-39页 |
| 2.1.2.1 基因组DNA提取 | 第34-35页 |
| 2.1.2.2 SSR标记检测 | 第35页 |
| 2.1.2.3 银染技术 | 第35-37页 |
| 2.1.2.4 荧光标记技术 | 第37-39页 |
| 2.1.2.5 统计分析 | 第39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-44页 |
| 2.2.1 亲本等位变异类型检测 | 第39页 |
| 2.2.2 多态位点等位变异千粒重分析 | 第39-40页 |
| 2.2.3 加密位点等位变异检测及千粒重分析 | 第40-42页 |
| 2.2.4 cfd67、cfd78和cfd40位点等位变异粒重方差分析 | 第42-43页 |
| 2.2.5 粒重性状与标记关联分析 | 第43-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-47页 |
| 2.3.1 QTL位点精细定位方法的比较 | 第44-45页 |
| 2.3.2 小麦千粒重性状QTL位点的连锁和一因多效分析 | 第45-46页 |
| 2.3.3 基于关联分析进行基因克隆的思考 | 第46-47页 |
| 第三章 粗山羊草BAC C20和H8亚克隆文库构建及其序列分析 | 第47-65页 |
| 3.1 材料和方法 | 第47-57页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第47页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第47-49页 |
| 3.1.2.1 BAC克隆质粒的提取(碱裂解法) | 第47-48页 |
| 3.1.2.2 BAC克隆质粒的NotⅠ酶切 | 第48页 |
| 3.1.2.3 脉冲电泳(Pulsed Field Gel Electtophresis,PFGE) | 第48-49页 |
| 3.1.3 BAC文库的构建 | 第49-53页 |
| 3.1.3.1 BAC DNA的大量提取 | 第49-50页 |
| 3.1.3.2 小片段DNA的获得 | 第50页 |
| 3.1.3.3 Mung Bean(绿豆)核酸外切酶处理 | 第50页 |
| 3.1.3.4 外切酶产物的纯化 | 第50-51页 |
| 3.1.3.5 虾碱性磷酸酶(Shrimp Alkaline Phosphatase,SAP)脱磷处理 | 第51页 |
| 3.1.3.6 PCR方法加尾 | 第51页 |
| 3.1.3.7 片段大小的选择 | 第51页 |
| 3.1.3.8 DNA的纯化 | 第51-52页 |
| 3.1.3.9 连接反应 | 第52页 |
| 3.1.3.10 连接产物的转化 | 第52-53页 |
| 3.1.3.11 文库插入片段的检测 | 第53页 |
| 3.1.3.12 文库的保存 | 第53页 |
| 3.1.4 亚克隆测序 | 第53-55页 |
| 3.1.4.1 菌的培养 | 第53页 |
| 3.1.4.2 菌的保存 | 第53-54页 |
| 3.1.4.3 质粒提取 | 第54页 |
| 3.1.4.4 测序PCR反应 | 第54-55页 |
| 3.1.4.4.1 反应体系 | 第54-55页 |
| 3.1.4.4.2 PCR产物纯化 | 第55页 |
| 3.1.5 BAC全序列拼接 | 第55-56页 |
| 3.1.6 全序列分析 | 第56-57页 |
| 3.3 结果分析 | 第57-60页 |
| 3.3.1 粗山羊草BAC文库混合池及阳性单克隆筛选 | 第57-58页 |
| 3.3.2 亚克隆文库的构建及质量评价 | 第58-59页 |
| 3.3.3 亚克隆质粒末端测序 | 第59-60页 |
| 3.3.4 序列组装与验证 | 第60页 |
| 3.4 BAC插入片段分析 | 第60-62页 |
| 3.4.1 RepeatMasker软件分析 | 第60页 |
| 3.4.2 BAC H8和C20序列基因预测 | 第60-61页 |
| 3.4.3 BAC H8和C20与水稻、短柄草同源性进化分析 | 第61-62页 |
| 3.5 讨论 | 第62-65页 |
| 3.5.1 BAC Shotgun文库构建、测序、序列拼接应注意的问题 | 第62-63页 |
| 3.5.2 利用小麦亚基因组克隆小麦基因 | 第63页 |
| 3.5.3 基因在基因组中的分布 | 第63-64页 |
| 3.5.4 小麦与水稻、短柄草染色体共线性关系 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-75页 |
| 全文总结 | 第75-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
