| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-31页 |
| 1 鸡重要经济性状的研究进展 | 第13-16页 |
| 1.1 鸡生长和屠宰性状研究进展 | 第13-15页 |
| 1.2 鸡繁殖性状的研究进展 | 第15-16页 |
| 2 GWAS | 第16-30页 |
| 2.1 遗传标记的选择 | 第16-20页 |
| 2.1.1 鸡遗传图谱的构建 | 第17-18页 |
| 2.1.2 鸡物理图谱和遗传图谱的整合 | 第18页 |
| 2.1.3 SNP芯片 | 第18-20页 |
| 2.2 试验设计 | 第20-22页 |
| 2.2.1 根据试验阶段的试验设计 | 第20-21页 |
| 2.2.2 根据样本关系的试验设计 | 第21-22页 |
| 2.3 分型数据的质量控制 | 第22页 |
| 2.4 数据分析 | 第22-26页 |
| 2.4.1 群体分层 | 第22-24页 |
| 2.4.2 多重比较校正 | 第24-25页 |
| 2.4.3 分析模型 | 第25-26页 |
| 2.4.4 单倍型分析和基因拷贝数变异分析 | 第26页 |
| 2.5 GWAS研究现状 | 第26-29页 |
| 2.5.1 人GWAS的研究进展 | 第27页 |
| 2.5.2 猪GWAS的研究进展 | 第27-28页 |
| 2.5.3 鸡GWAS的研究进展 | 第28页 |
| 2.5.4 牛GWAS的研究进展 | 第28-29页 |
| 2.5.5 羊GWAS的研究进展 | 第29页 |
| 2.6 GWAS的优缺点 | 第29-30页 |
| 2.6.1 GWAS的优点 | 第29页 |
| 2.6.2 GWAS的缺点 | 第29-30页 |
| 3 研究目的和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 京海黄鸡繁殖性状的全基因组关联分析 | 第31-67页 |
| 第一节 数据控制和分析模型的选择 | 第31-46页 |
| 1. 材料方法 | 第32-35页 |
| 1.1 试验材料 | 第32-33页 |
| 1.1.1 试验动物 | 第32页 |
| 1.1.2 主要仪器 | 第32页 |
| 1.1.3 主要试剂与溶液配置 | 第32-33页 |
| 1.2 试验方法 | 第33页 |
| 1.2.1 表型数据获取 | 第33页 |
| 1.2.2 样本采集 | 第33页 |
| 1.3 鸡基因组DNA的提取和检测 | 第33-34页 |
| 1.3.1 鸡基因组DNA的提取 | 第33-34页 |
| 1.3.2 DNA的浓度和纯度检测 | 第34页 |
| 1.4 DNA的分型 | 第34-35页 |
| 2 数据统计 | 第35-41页 |
| 2.1 统计软件 | 第35-36页 |
| 2.2 表型数据处理 | 第36-37页 |
| 2.3 基因型数据处理 | 第37-40页 |
| 2.3.1 基因型数据的质量控制 | 第37页 |
| 2.3.2 群体结构 | 第37-40页 |
| 2.4 多重比较校正 | 第40页 |
| 2.5 统计分析线性模型 | 第40-41页 |
| 3 结果与讨论 | 第41-46页 |
| 3.1 四种模型的比较 | 第41-43页 |
| 3.2 群体分层 | 第43-46页 |
| 3.2.1 群体结构的分层现象 | 第43-44页 |
| 3.2.2 群体分层校正 | 第44-46页 |
| 第二节 京海黄鸡繁殖性状的全基因组关联分析研究 | 第46-60页 |
| 1 材料方法 | 第46-48页 |
| 1.1 试验材料 | 第46页 |
| 1.2 仪器设备 | 第46页 |
| 1.3 主要试剂及配制 | 第46页 |
| 1.4 表型数据获取及处理 | 第46-47页 |
| 1.5 鸡基因组DNA的提取、检测和分型 | 第47页 |
| 1.6 统计分析 | 第47页 |
| 1.7 单倍型分析 | 第47-48页 |
| 2 结果 | 第48-56页 |
| 2.1 与开产体重关联显著的SNPs | 第48-51页 |
| 2.2 与蛋重关联显著的SNPs | 第51页 |
| 2.3 与蛋数关联显著的SNPs | 第51-53页 |
| 2.4 与孵化率关联显著的SNPs | 第53-54页 |
| 2.5 与开产日龄和综合选择指数关联显著的SNPs | 第54页 |
| 2.6 单倍型分析 | 第54-56页 |
| 3 讨论 | 第56-58页 |
| 3.1 开产体重的GWAS结果 | 第56-57页 |
| 3.2 蛋重的GWAS结果 | 第57页 |
| 3.3 产蛋数的GWAS结果 | 第57页 |
| 3.4 孵化率的GWAS结果 | 第57-58页 |
| 3.5 开产日龄和综合选择指数的GWAS结果 | 第58页 |
| 3.6 单倍型分析结果 | 第58页 |
| 4 结论 | 第58-60页 |
| 附图 | 第60-67页 |
| 第三章 京海黄鸡生长性状的全基因组关联分析 | 第67-91页 |
| 1 材料方法 | 第67-68页 |
| 1.1 试验材料 | 第67页 |
| 1.2 仪器设备 | 第67页 |
| 1.3 主要试剂及配制 | 第67页 |
| 1.4 表型数据获取及处理 | 第67页 |
| 1.5 鸡基因组DNA的提取、检测和分型 | 第67页 |
| 1.6 统计分析 | 第67-68页 |
| 2 结果 | 第68-76页 |
| 2.1 显著SNPs分布 | 第68-73页 |
| 2.2 与多个性状关联的SNPs | 第73页 |
| 2.3 单倍型分析 | 第73-76页 |
| 3 讨论 | 第76-78页 |
| 3.1 显著SNPs分布 | 第76页 |
| 3.2 重要的候选基因 | 第76-77页 |
| 3.3 基因通路分析 | 第77-78页 |
| 3.4 单倍型分析 | 第78页 |
| 4 结论 | 第78-80页 |
| 附图 | 第80-91页 |
| 第四章 京海黄鸡屠宰和肉品质性状的全基因组关联分析 | 第91-112页 |
| 1 材料方法 | 第91-92页 |
| 1.1 试验材料 | 第91页 |
| 1.2 仪器设备 | 第91页 |
| 1.3 主要试剂及配制 | 第91页 |
| 1.4 表型数据获取及处理 | 第91页 |
| 1.5 鸡基因组DNA的提取、检测和分型 | 第91页 |
| 1.6 统计分析 | 第91-92页 |
| 2 结果 | 第92-100页 |
| 2.1 显著SNPs分布 | 第92-100页 |
| 2.2 与多个性状关联的SNPs | 第100页 |
| 2.3 单倍型分析 | 第100页 |
| 3 讨论 | 第100-102页 |
| 3.1 显性SNPs的分布 | 第100页 |
| 3.2 重要候选基因 | 第100-101页 |
| 3.3 单倍型分析 | 第101-102页 |
| 4 结论 | 第102-103页 |
| 附图 | 第103-112页 |
| 全文结论 | 第112-114页 |
| 创新点 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 攻读学位期间发表的文章 | 第129-130页 |