基于概率模型检测的基因调控网络优化控制问题研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 课题的研究背景和意义 | 第12-15页 |
| 1.1.1 基因调控网络 | 第12-14页 |
| 1.1.2 模型检测 | 第14-15页 |
| 1.2 课题的研究现状 | 第15-17页 |
| 1.2.1 基因调控网络控制的研究 | 第15-16页 |
| 1.2.2 形式化方法在生物网络中的应用 | 第16-17页 |
| 1.3 论文的研究内容 | 第17-20页 |
| 第二章 背景知识 | 第20-31页 |
| 2.1 基因调控网络模型 | 第20-26页 |
| 2.1.1 布尔网络 | 第20-22页 |
| 2.1.2 布尔控制网络 | 第22-24页 |
| 2.1.3 瞬时随机的概率布尔网络 | 第24-25页 |
| 2.1.4 上下文相关的概率布尔网络 | 第25-26页 |
| 2.2 概率模型检测 | 第26-27页 |
| 2.3 概率模型检测器PRISM | 第27-29页 |
| 2.4 本章小结 | 第29-31页 |
| 第三章 概率布尔网络动态行为的分析和控制 | 第31-39页 |
| 3.1 预备知识 | 第31-32页 |
| 3.2 DTMC理论分析概率布尔网络 | 第32-34页 |
| 3.2.1 理论研究 | 第32-33页 |
| 3.2.2 案例展示 | 第33-34页 |
| 3.3 MDP理论分析概率布尔网络的控制 | 第34-37页 |
| 3.4 本章小结 | 第37-39页 |
| 第四章 有限范围优化控制问题 | 第39-59页 |
| 4.1 预备知识 | 第39-42页 |
| 4.1.1 有限范围优化控制问题 | 第39-40页 |
| 4.1.2 概率计算树逻辑 | 第40-41页 |
| 4.1.3 使用reward扩展MDP和PCTL | 第41-42页 |
| 4.2 有限范围优化控制的分析和建模 | 第42-48页 |
| 4.2.1 在PRISM中构建CS-PBNp模型 | 第43-46页 |
| 4.2.2 优化控制到最小可达性回报的归约 | 第46-47页 |
| 4.2.3 使用PRISM求解优化控制 | 第47-48页 |
| 4.3 硬性约束问题的求解 | 第48-49页 |
| 4.4 案例研究 | 第49-58页 |
| 4.4.1 细胞凋亡网络 | 第49-50页 |
| 4.4.2 实验结果与分析 | 第50-54页 |
| 4.4.3 WNT5A网络 | 第54-55页 |
| 4.4.4 实验结果 | 第55-58页 |
| 4.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 第五章 无限范围优化控制问题 | 第59-73页 |
| 5.1 预备知识 | 第59-61页 |
| 5.1.1 无限范围优化控制问题 | 第59-60页 |
| 5.1.2 遗传算法 | 第60-61页 |
| 5.2 无限范围优化控制的分析和求解 | 第61-69页 |
| 5.2.1 无限范围控制到平稳状态回报的归约 | 第61-63页 |
| 5.2.2 建模固定控制策略 | 第63-65页 |
| 5.2.3 遗传算法优化固定控制策略 | 第65-69页 |
| 5.3 案例研究 | 第69-72页 |
| 5.3.1 WNT5A网络 | 第69页 |
| 5.3.2 实验结果与分析 | 第69-72页 |
| 5.4 本章小结 | 第72-73页 |
| 第六章 总结与展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第81页 |
