含假结的RNA二级结构预测算法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第13-29页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-14页 |
| 1.2 研究现状 | 第14-27页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第27页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第27-29页 |
| 第二章 并行计算与生物学基础 | 第29-50页 |
| 2.1 并行计算 | 第29-30页 |
| 2.2 异构计算 | 第30-39页 |
| 2.2.1 OpenCL支持的不同架构 | 第31-33页 |
| 2.2.2 OpenCL平台模型 | 第33-34页 |
| 2.2.3 OpenCL执行模型 | 第34-35页 |
| 2.2.4 OpenCL内存模型 | 第35-36页 |
| 2.2.5 OpenCL编程模型 | 第36-38页 |
| 2.2.6 OpenCL 2.0 与HSA架构 | 第38-39页 |
| 2.3 RNA生物学背景 | 第39-43页 |
| 2.3.1 RNA分子结构 | 第39-40页 |
| 2.3.2 RNA的分类与功能 | 第40-43页 |
| 2.4 RNA序列结构 | 第43-49页 |
| 2.4.1 序列结构分级 | 第43-45页 |
| 2.4.2 RNA二级结构 | 第45-47页 |
| 2.4.3 假结结构 | 第47-49页 |
| 2.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 基于遗传算法的带假结RNA二级结构预测 | 第50-73页 |
| 3.1 遗传算法介绍 | 第50-54页 |
| 3.1.1 改进的遗传操作 | 第50-51页 |
| 3.1.2 遗传算法相关定义 | 第51-54页 |
| 3.2 初始化处理 | 第54-56页 |
| 3.2.1 构建茎区池 | 第54-55页 |
| 3.2.2 初始化种群 | 第55-56页 |
| 3.3 适应度函数设计 | 第56-60页 |
| 3.4 包含假结的结构树构建算法 | 第60-63页 |
| 3.5 算法总流程 | 第63-65页 |
| 3.6 测试结果与分析 | 第65-71页 |
| 3.6.1 测试环境与测试数据 | 第65-67页 |
| 3.6.2 结果对比与分析 | 第67-71页 |
| 3.7 本章小结 | 第71-73页 |
| 第四章 基于OpenCL的并行预测算法 | 第73-82页 |
| 4.1 预测算法并行性分析 | 第73页 |
| 4.2 并行填充螺旋区点阵 | 第73-75页 |
| 4.3 种群并行迭代进化 | 第75-78页 |
| 4.4 并行预测算法总流程 | 第78-79页 |
| 4.5 测试结果与实验分析 | 第79-81页 |
| 4.6 本章小结 | 第81-82页 |
| 第五章 总结与展望 | 第82-84页 |
| 5.1 总结 | 第82页 |
| 5.2 展望 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第89页 |
