| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 文献综述 | 第17-37页 |
| 前言 | 第17-19页 |
| 第一章 基因组变异研究进展 | 第19-32页 |
| 1.1 基因组变异的定义及类型 | 第19-20页 |
| 1.2 全基因组测序 | 第20-25页 |
| 1.2.1 高通量测序技术种类及特点 | 第20-23页 |
| 1.2.2 全基因组测序在人上的研究 | 第23-24页 |
| 1.2.3 全基因组测序在家畜上的研究 | 第24-25页 |
| 1.3 全基因组单核苷酸多态性(SNP)研究概况 | 第25-26页 |
| 1.3.1 SNP 与遗传多样性 | 第25-26页 |
| 1.3.2 SNP 与家畜育种 | 第26页 |
| 1.4 拷贝数变异（CNV）研究概况 | 第26-30页 |
| 1.4.1 CNV 的发现 | 第27页 |
| 1.4.2 CNV 的形成及作用机制 | 第27-29页 |
| 1.4.3 CNV 与 SNP 的比较研究 | 第29页 |
| 1.4.4 CNV 在家畜上的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.5 基因剂量效应 | 第30-31页 |
| 1.5.1 基因剂量效应定义 | 第31页 |
| 1.5.2 基因剂量改变与表型形成的关系 | 第31页 |
| 1.6 展望 | 第31-32页 |
| 第二章 肌肉发育相关候选基因研究进展 | 第32-37页 |
| 2.1 FHL1 基因研究进展 | 第32-33页 |
| 2.2 MICAL-L2 基因研究进展 | 第33-34页 |
| 2.3 MYH3 基因研究进展 | 第34-35页 |
| 2.4 Pax7 基因研究进展 | 第35-37页 |
| 实验研究 | 第37-113页 |
| 第三章 黄牛全基因组变异检测及分析 | 第37-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-42页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第37-38页 |
| 3.1.2 测序样品的准备 | 第38页 |
| 3.1.3 基因组 DNA 文库构建 | 第38-41页 |
| 3.1.4 单分子 DNA 簇富集和高通量测序 | 第41页 |
| 3.1.5 序列组装及比对 | 第41页 |
| 3.1.6 SNP 检测 | 第41-42页 |
| 3.1.7 Indels 和 CNV 检测 | 第42页 |
| 3.1.8 DNA 水平的差异基因功能注释 | 第42页 |
| 3.2 结果与分析 | 第42-56页 |
| 3.2.1 基因组 DNA 提取和检测结果 | 第42-43页 |
| 3.2.2 DNA 文库的 Solexa 测序 | 第43页 |
| 3.2.3 与参考基因组比对信息统计 | 第43-44页 |
| 3.2.4 SNP 和 Indels 的检测及分析结果 | 第44-53页 |
| 3.2.5 CNV 检测结果 | 第53-55页 |
| 3.2.6 CNV 中包含的功能基因分析 | 第55-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-58页 |
| 3.3.1 关于检测基因组变异的方法 | 第56-57页 |
| 3.3.2 我国黄牛基因组变异的特点及其与其他品种的比较 | 第57-58页 |
| 3.4 小结 | 第58-59页 |
| 第四章 拷贝数变异验证及候选基因筛选 | 第59-75页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-62页 |
| 4.1.1 样品采集 | 第59页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第59页 |
| 4.1.3 DNA 和 RNA 提取 | 第59页 |
| 4.1.4 引物设计 | 第59-62页 |
| 4.1.5 引物扩增效率检测 | 第62页 |
| 4.1.6 实时定量 PCR 检测 | 第62页 |
| 4.1.7 数据统计与分析 | 第62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-72页 |
| 4.2.1 RNA 提取和质量检测 | 第62-63页 |
| 4.2.2 CNV 区域的选择 | 第63-64页 |
| 4.2.3 定量引物扩增效率检测 | 第64页 |
| 4.2.4 CNV 区域的验证结果分析 | 第64-68页 |
| 4.2.5 肌肉发育相关 CNV 基因筛选 | 第68页 |
| 4.2.6 候选基因的组织表达谱分析 | 第68-72页 |
| 4.2.7 候选基因的 CNV 验证 | 第72页 |
| 4.3 讨论 | 第72-74页 |
| 4.3.1 关于高通量测序结果的准确性 | 第72-73页 |
| 4.3.2 CNV 区域内的功能基因分析 | 第73-74页 |
| 4.4 小结 | 第74-75页 |
| 第五章 肌肉发育相关拷贝数变异基因剂量效应研究 | 第75-88页 |
| 5.1 材料与方法 | 第75-76页 |
| 5.1.1 实验样品及生产数据采集 | 第75页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第75-76页 |
| 5.1.3 基因组 DNA 和总 RNA 提取 | 第76页 |
| 5.1.4 引物设计 | 第76页 |
| 5.1.5 候选基因 QTL 位点分析 | 第76页 |
| 5.1.6 实时定量 PCR 检测 | 第76页 |
| 5.1.7 实验数据分析 | 第76页 |
| 5.2 结果与分析 | 第76-85页 |
| 5.2.1 DNA 和 RNA 提取检测结果 | 第76-77页 |
| 5.2.2 候选基因与 QTL 性状的相关性分析结果 | 第77页 |
| 5.2.3 FHL1 基因拷贝数变异对基因表达的影响 | 第77-78页 |
| 5.2.4 FHL1 基因 CNV 在不同牛品种中的分布差异 | 第78-79页 |
| 5.2.5 FHL1 基因 CNV 对南阳牛生长性状的影响 | 第79-80页 |
| 5.2.6 MICAL-L2 基因拷贝数变异与基因表达的相关性分析结果 | 第80-81页 |
| 5.2.7 MICAL-L2 基因 CNV 在不同牛品种中的分布 | 第81-82页 |
| 5.2.8 MICAL-L2 基因 CNV 对南阳牛和秦川牛生长性状的影响 | 第82-83页 |
| 5.2.9 MYH3 基因拷贝数变异对基因表达的剂量效应分析 | 第83-84页 |
| 5.2.10 MYH3 基因 CNV 在不同牛品种中的分布差异 | 第84页 |
| 5.2.11 MYH3 基因 CNV 对南阳牛生长性状的影响 | 第84-85页 |
| 5.3 讨论 | 第85-86页 |
| 5.4 小结 | 第86-88页 |
| 第六章 配对盒基因 Pax7 启动子区变异位点的剂量效应研究 | 第88-113页 |
| 6.1 材料与方法 | 第88-95页 |
| 6.1.1 实验动物及样品采集 | 第88页 |
| 6.1.2 实验材料及主要试剂 | 第88-89页 |
| 6.1.3 DNA、RNA 提取和 cDNA 合成 | 第89页 |
| 6.1.4 引物设计 | 第89-91页 |
| 6.1.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测变异位点 | 第91页 |
| 6.1.6 Pax7 基因启动子区活性位点分析 | 第91页 |
| 6.1.7 Pax7 基因启动子不同截短体荧光报告载体的构建 | 第91-92页 |
| 6.1.8 含有不同拷贝序列的荧光报告载体构建 | 第92页 |
| 6.1.9 pRL-TK 和 pGL3-Control 载体的获得 | 第92-93页 |
| 6.1.10 ZNF219 基因表达载体构建 | 第93页 |
| 6.1.11 C2C12 和 293T 细胞培养 | 第93-94页 |
| 6.1.12 脂质体转染 | 第94页 |
| 6.1.13 荧光素酶活性检测 | 第94页 |
| 6.1.14 细胞定位 | 第94页 |
| 6.1.15 荧光定量 PCR 检测 | 第94页 |
| 6.1.16 实验数据整理和分析 | 第94-95页 |
| 6.2 结果与分析 | 第95-110页 |
| 6.2.1 基因组 DNA 和总 RNA 提取质量检测 | 第95页 |
| 6.2.2 牛 Pax7 基因启动子区变异位点的检测与分型 | 第95-96页 |
| 6.2.3 Pax7 基因 10-bp 变异位点的群体遗传学分析 | 第96-97页 |
| 6.2.4 启动子区 10-bp 变异位点与南阳牛生长性状关联分析 | 第97-98页 |
| 6.2.5 Pax7 基因启动子区转录因子结合位点分析 | 第98页 |
| 6.2.6 Pax7 基因启动子区不同截短体的克隆及荧光报告载体构建 | 第98-100页 |
| 6.2.7 启动子区不同截短体的活性检测 | 第100页 |
| 6.2.8 不同拷贝数目的荧光报告载体构建 | 第100-103页 |
| 6.2.9 10-bp 变异位点的不同拷贝数对启动子活性的影响 | 第103-104页 |
| 6.2.10 牛 ZNF219 基因的克隆 | 第104页 |
| 6.2.11 牛 ZNF219 基因表达载体的构建 | 第104-105页 |
| 6.2.12 ZNF219 基因在细胞中的定位 | 第105-106页 |
| 6.2.13 ZNF219 基因过表达对 Pax7 基因启动子活性的影响 | 第106-108页 |
| 6.2.14 Pax7 基因组织表达谱分析 | 第108页 |
| 6.2.15 Pax7 基因启动子区不同基因型对基因表达的影响 | 第108-109页 |
| 6.2.16 Pax7 基因启动子区不同基因型对下游基因的影响 | 第109-110页 |
| 6.3 讨论 | 第110-111页 |
| 6.4 小结 | 第111-113页 |
| 结论与创新点 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-126页 |
| 附录 | 第126-145页 |
| 致谢 | 第145-146页 |
| 作者简介 | 第146页 |
