| 缩略词 | 第3-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第10-54页 |
| 1.1 表观遗传学概述 | 第10-12页 |
| 1.2 哺乳动物DNA的甲基化 | 第12-15页 |
| 1.2.1 甲基化模式可继承的假说和证据 | 第12-13页 |
| 1.2.2 哺乳动物的DNA维持甲基转移酶 | 第13-14页 |
| 1.2.3 DNA甲基化模式的起源和从头甲基转移酶 | 第14-15页 |
| 1.2.4 DNA甲基化模式和CpG岛 | 第15页 |
| 1.3 哺乳动物DNA的去甲基化证据与可能机制 | 第15-20页 |
| 1.3.1 发育过程中DNA甲基化模式的动态变化 | 第15-16页 |
| 1.3.2 受精卵中父本基因组的主动去甲基化 | 第16页 |
| 1.3.3 DNA去甲基化的可能机制 | 第16-20页 |
| 1.4 TET蛋白介导的5甲基胞嘧啶(5mC)的氧化 | 第20-30页 |
| 1.4.1 TET家族蛋白简介 | 第20-22页 |
| 1.4.2 TET介导的5mC氧化和DNA去甲基化 | 第22-25页 |
| 1.4.3 5mC氧化衍生物的定量和基因组绘图手段 | 第25-28页 |
| 1.4.4 5mC氧化衍生物在基因组中的分布及对转录调控的作用 | 第28-30页 |
| 1.5 TET蛋白在发育和疾病发生过程中的生物学功能 | 第30-39页 |
| 1.5.1 TET蛋白和胚胎植入前的受精卵发育 | 第30-33页 |
| 1.5.2 TET蛋白和胚胎干细胞多能性、定向分化及体细胞重编程 | 第33-34页 |
| 1.5.3 TET蛋白和原代生殖细胞(PGC)发育 | 第34-36页 |
| 1.5.4 TET蛋白和神经系统发育 | 第36-38页 |
| 1.5.5 TET蛋白和癌症发生 | 第38-39页 |
| 1.6 本文主要研究内容、目的、意义及创新点 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-54页 |
| 第二章 TET2蛋白的表达与纯化 | 第54-69页 |
| 2.1 材料与方法 | 第54-60页 |
| 2.1.1 材料、试剂与仪器 | 第54-58页 |
| 2.1.2 细胞的培养、转染 | 第58-59页 |
| 2.1.3 基因组抽提与点杂交实验 | 第59-60页 |
| 2.1.4 免疫印记(Western Blot) | 第60页 |
| 2.2 TET2蛋白的表达与纯化 | 第60-64页 |
| 2.2.1 TET2真核重组质粒的构建 | 第60-62页 |
| 2.2.2 基于哺乳动物酶活检测系统筛选适合体外表达的TET2亚克隆 | 第62-63页 |
| 2.2.3 TET2原核表达重组质粒的构建 | 第63页 |
| 2.2.4 TET2的表达 | 第63页 |
| 2.2.5 TET2的纯化 | 第63-64页 |
| 2.3 TET2表达纯化结果与讨论 | 第64-69页 |
| 2.3.1 适合体外表达的TET2亚克隆筛选结果 | 第64-65页 |
| 2.3.2 TET2蛋白的表达结果 | 第65页 |
| 2.3.3 TET2蛋白的Ni~(2+)金属离子亲和层析结果 | 第65-66页 |
| 2.3.4 TET蛋白的阴离子交换层析结果 | 第66-67页 |
| 2.3.5 TET2蛋白的凝胶过滤层析结果 | 第67-69页 |
| 第三章 TET2-DNA复合物晶体生长、数据收集和结构解析 | 第69-77页 |
| 3.1 材料与方法 | 第69-70页 |
| 3.1.1 试剂、工具及仪器 | 第69页 |
| 3.1.2 晶体生长、数据收集及结构解析方法 | 第69-70页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第70-77页 |
| 3.2.1 TET2-DNA复合物晶体的生长与优化 | 第70-72页 |
| 3.2.2 晶体衍射数据的收集和处理 | 第72-75页 |
| 3.2.3 TET2-DNA复合物的解析 | 第75-77页 |
| 第四章 TET2-DNA复合物结构分析和基于结构的功能研究 | 第77-100页 |
| 4.1 材料与方法 | 第77-80页 |
| 4.1.1 材料、试剂与仪器 | 第77页 |
| 4.1.2 定点突变 | 第77-78页 |
| 4.1.3 DNA样品的准备 | 第78页 |
| 4.1.4 荧光偏振(FP) | 第78-79页 |
| 4.1.5 凝胶迁移(EMSA) | 第79-80页 |
| 4.1.6 TET2体外酶活反应与LC-MS/MS检测 | 第80页 |
| 4.2 TET2-DNA复合物的结构分析 | 第80-100页 |
| 4.2.1 TET2-DNA复合物的总体结构 | 第80-81页 |
| 4.2.2 插入TET2催化结构域的长的不保守区域 | 第81-82页 |
| 4.2.3 TET2的DSBH催化心 | 第82-83页 |
| 4.2.4 TET2 Cys-Rich结构域和锌指结构 | 第83-85页 |
| 4.2.5 TET2和DNA的相互作用 | 第85-89页 |
| 4.2.6 TET2特异性识别5mCpG位点 | 第89-95页 |
| 4.2.7 TET2-DNA复合物和AlkB家族蛋白-DNA复合物的结构比对 | 第95-97页 |
| 4.2.8 血液肿瘤患者中TET2基因突变大大降低了TET2的酶活性进而致病 | 第97-100页 |
| 第五章 总结与展望 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-103页 |
| 博士期间发表论文 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104-106页 |
