| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 研究背景 | 第10-25页 |
| 1.1 驯化 | 第10-17页 |
| 1.1.1 驯化的定义 | 第10页 |
| 1.1.2 动物的驯化过程及其研究价值 | 第10-13页 |
| 1.1.3 动物驯化的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.2 牦牛 | 第17-23页 |
| 1.2.1 牦牛的分类、分布和驯化起源 | 第17-21页 |
| 1.2.2 牦牛的杂交和育种 | 第21页 |
| 1.2.3 牦牛与高海拔地区人类的关系 | 第21-23页 |
| 1.3 研究意义与科学问题 | 第23-25页 |
| 1.3.1 牦牛遗传变异图谱与驯化过程中遗传改变 | 第23页 |
| 1.3.2 牦牛驯化历史的解析 | 第23-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-37页 |
| 2.1 样品采集，DNA提取与全基因组重测序 | 第25-26页 |
| 2.2 全基因组遗传变异分析 | 第26-28页 |
| 2.2.1 测序质量评估与检测 | 第26页 |
| 2.2.2 全基因组序列比对 | 第26-27页 |
| 2.2.3 遗传变异的鉴定 | 第27-28页 |
| 2.3 群体基因组学分析 | 第28-31页 |
| 2.3.1 系统发育分析 | 第28-29页 |
| 2.3.2 主成分分析 | 第29页 |
| 2.3.3 群体结构分析 | 第29-30页 |
| 2.3.4 地理距离计算 | 第30页 |
| 2.3.5 基因流分析 | 第30-31页 |
| 2.3.6 连锁不平衡和近交分析 | 第31页 |
| 2.4 驯化过程中的人工选择作用分析 | 第31-34页 |
| 2.4.1 野生与家养牦牛的遗传多态性指数与中性检验 | 第31-33页 |
| 2.4.2 野生与家养牦牛的群体分化指数 | 第33页 |
| 2.4.3 驯化过程中的人工选择区域鉴定 | 第33页 |
| 2.4.4 天祝白牦牛与其他牦牛的差异分析 | 第33-34页 |
| 2.5 群体历史模拟分析 | 第34-37页 |
| 2.5.1 基于单个二倍体基因组的群体历史模拟 | 第34-35页 |
| 2.5.2 基于位点频谱的群体历史模拟 | 第35-37页 |
| 第三章 研究结果 | 第37-88页 |
| 3.1 牦牛全基因组遗传变异图谱与群体基因组学分析 | 第37-53页 |
| 3.1.1 样品采集与测序结果 | 第37-41页 |
| 3.1.2 全基因组遗传变异 | 第41页 |
| 3.1.3 系统发育分析 | 第41-45页 |
| 3.1.4 主成分分析 | 第45-46页 |
| 3.1.5 群体结构分析 | 第46-47页 |
| 3.1.6 遗传距离与地理距离分析 | 第47-48页 |
| 3.1.7 基因流分析 | 第48-50页 |
| 3.1.8 野生与家养牦牛遗传多态性差异与群体分化程度 | 第50-52页 |
| 3.1.9 连锁不平衡与近交分析 | 第52-53页 |
| 3.2 牦牛驯化过程中的人工选择作用 | 第53-79页 |
| 3.2.1 驯化过程中的人工选择区域鉴定 | 第53-56页 |
| 3.2.2 功能注释与分析 | 第56-79页 |
| 3.3 天祝白牦牛驯化后人工育种的遗传机制 | 第79-84页 |
| 3.3.1 天祝白牦牛与其他家养牦牛的差异分析 | 第79-80页 |
| 3.3.2 天祝白牦牛驯化后经历的育种选择分析 | 第80-84页 |
| 3.4 牦牛的群体历史 | 第84-88页 |
| 3.4.1 基于单个二倍体基因组的群体历史模拟分析 | 第84-85页 |
| 3.4.2 基于位点频谱的群体历史模拟分析 | 第85-88页 |
| 第四章 讨论 | 第88-94页 |
| 4.1 牦牛全基因组遗传变异图谱 | 第88-89页 |
| 4.2 群体基因组学分析 | 第89-90页 |
| 4.3 驯化过程中的人工选择作用 | 第90-92页 |
| 4.4 牦牛驯化的群体历史 | 第92-93页 |
| 4.5 展望 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-110页 |
| 在学期间的研究成果 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111页 |
