| 论文创新点 | 第6-11页 |
| 摘要 | 第11-14页 |
| ABSTRACT | 第14-16页 |
| 第一章 概述 | 第17-40页 |
| 1.1 水生蔬菜概述 | 第17-22页 |
| 1.1.1 本研究涉及的四种水生蔬菜 | 第17-21页 |
| 1.1.2 水生蔬菜的应用价值及面临的问题 | 第21-22页 |
| 1.2 新一代测序技术及其应用 | 第22-28页 |
| 1.2.1 新一代测序技术在作物遗传和育种上的应用 | 第23-27页 |
| 1.2.2 作物改良的前景 | 第27-28页 |
| 1.3 遗传标记 | 第28-37页 |
| 1.3.1 形态学标记 | 第28-29页 |
| 1.3.2 细胞学标记 | 第29-30页 |
| 1.3.3 生物化学标记 | 第30页 |
| 1.3.4 免疫学标记 | 第30-31页 |
| 1.3.5 分子标记 | 第31-37页 |
| 1.4 分子标记的应用 | 第37-38页 |
| 1.4.1 遗传图谱的构建 | 第37页 |
| 1.4.2 品种指纹图谱的构建 | 第37-38页 |
| 1.4.3 分子标记辅助选择育种 | 第38页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第38-40页 |
| 第二章 莲的转录组学研究和EST-SSR的开发 | 第40-59页 |
| 2.1 前言 | 第40-41页 |
| 2.2 材料和方法 | 第41-49页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第41-43页 |
| 2.2.2 试剂及仪器 | 第43-44页 |
| 2.2.3 莲cDNA文库的构建及测序 | 第44-45页 |
| 2.2.4 EST-SSR标记开发 | 第45页 |
| 2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第45-47页 |
| 2.2.6 花莲和藕莲EST-SSR位点多态性的预测分析 | 第47-49页 |
| 2.2.7 数据分析 | 第49页 |
| 2.3 结果与分析 | 第49-56页 |
| 2.3.1 莲转录组通过Illumina测序的原始数据的组装 | 第49-50页 |
| 2.3.2 不同类型的EST-SSR位点的识别、频率和分布 | 第50-52页 |
| 2.3.3 EST-SSR标记的开发和验证 | 第52-53页 |
| 2.3.4 花莲和藕莲EST-SSR位点多态性的预测分析 | 第53-56页 |
| 2.3.5 莲的栽培品种和野生型的遗传多样性分析 | 第56页 |
| 2.4 讨论 | 第56-59页 |
| 第三章 芋的转录组学研究和EST-SSR的开发 | 第59-81页 |
| 3.1 前言 | 第59-60页 |
| 3.2 材料与方法 | 第60-64页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第60-62页 |
| 3.2.2 试剂及仪器 | 第62页 |
| 3.2.3 芋cDNA文库的构建和测序 | 第62-63页 |
| 3.2.4 基因预测及注释、功能基因分类和代谢途径的构建 | 第63页 |
| 3.2.5 EST-SSR标记开发 | 第63页 |
| 3.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第63页 |
| 3.2.7 数据分析 | 第63-64页 |
| 3.3 结果与分析 | 第64-76页 |
| 3.3.1 芋转录组通过Illumina测序的原始数据的组装 | 第64-65页 |
| 3.3.2 基因预测及注释、功能基因分类和代谢途径的构建 | 第65-68页 |
| 3.3.3 不同类型的EST-SSR位点的识别、频率和分布 | 第68-71页 |
| 3.3.4 EST-SSR标记的开发、验证及其转移率 | 第71-75页 |
| 3.3.5 芋的遗传多样性分析 | 第75-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-81页 |
| 第四章 慈姑的转录组学研究和EST-SSR的开发 | 第81-100页 |
| 4.1 前言 | 第81-82页 |
| 4.2 材料与方法 | 第82-86页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第82-85页 |
| 4.2.2 试剂及仪器 | 第85页 |
| 4.2.3 慈姑cDNA文库的构建和测序 | 第85页 |
| 4.2.4 基因预测及注释、功能基因分类和代谢途径的构建 | 第85页 |
| 4.2.5 EST-SSR标记开发 | 第85页 |
| 4.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第85页 |
| 4.2.7 数据分析 | 第85-86页 |
| 4.3 结果与分析 | 第86-97页 |
| 4.3.1 慈姑转录组通过Illumina测序的原始数据的组装 | 第86-87页 |
| 4.3.2 基因预测及注释、功能基因分类和代谢途径的构建 | 第87-91页 |
| 4.3.3 不同类型的EST-SSR位点的识别、频率和分布 | 第91-94页 |
| 4.3.4 EST-SSR标记的开发、验证及其转移率 | 第94-96页 |
| 4.3.5 慈姑的遗传多样性分析 | 第96-97页 |
| 4.4 讨论 | 第97-100页 |
| 第五章 荸荠的转录组学研究和EST-SSR的开发 | 第100-111页 |
| 5.1 前言 | 第100页 |
| 5.2 材料和方法 | 第100-102页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第100-101页 |
| 5.2.2 试剂及仪器 | 第101页 |
| 5.2.3 荸荠cDNA文库的构建和测序 | 第101页 |
| 5.2.4 基因预测及注释、功能基因分类和代谢途径的构建 | 第101页 |
| 5.2.5 EST-SSR标记开发 | 第101页 |
| 5.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第101页 |
| 5.2.7 数据分析 | 第101-102页 |
| 5.3 结果与分析 | 第102-109页 |
| 5.3.1 荸荠转录组通过Illumina测序的原始数据的组装 | 第102-103页 |
| 5.3.2 基因预测及注释、功能基因分类和代谢途径的构建 | 第103-106页 |
| 5.3.3 不同类型的EST-SSR位点的识别、频率和分布 | 第106-109页 |
| 5.3.4 EST-SSR标记的开发和验证 | 第109页 |
| 5.4 讨论 | 第109-111页 |
| 第六章 三种水生蔬菜的SSR指纹图谱的构建及品种纯度鉴定 | 第111-127页 |
| 6.1 前言 | 第111-112页 |
| 6.2 材料和方法 | 第112-117页 |
| 6.2.1 实验材料 | 第112-116页 |
| 6.2.2 试剂及仪器 | 第116页 |
| 6.2.3 PCR扩增 | 第116页 |
| 6.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第116页 |
| 6.2.5 数据分析 | 第116-117页 |
| 6.3 结果与分析 | 第117-125页 |
| 6.3.1 三种水生蔬菜的SSR核心及候选引物 | 第117-119页 |
| 6.3.2 三种水生蔬菜的二进制分子身份证 | 第119-124页 |
| 6.3.3 三种水生蔬菜的品种纯度鉴定 | 第124-125页 |
| 6.4 讨论 | 第125-127页 |
| 结束语 | 第127-128页 |
| 参考文献 | 第128-143页 |
| 攻博期间发表的科研成果目录 | 第143-145页 |
| 致谢 | 第145-146页 |
