| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第13-32页 |
| 1.1 小麦穗发芽的研究进展 | 第13-20页 |
| 1.1.1 穗发芽及其危害 | 第13-14页 |
| 1.1.2 穗发芽的抗性机制 | 第14-15页 |
| 1.1.3 小麦抗穗发芽的遗传基础及基因克隆 | 第15-19页 |
| 1.1.4 小麦抗穗发芽的抗性鉴定 | 第19-20页 |
| 1.2 α淀粉酶 | 第20-21页 |
| 1.2.1 α淀粉酶的定位 | 第20页 |
| 1.2.2 α淀粉酶的表达 | 第20-21页 |
| 1.3 SNP芯片技术 | 第21-22页 |
| 1.3.1 SNP芯片技术基本原理 | 第21页 |
| 1.3.2 小麦中已开发的SNP芯片 | 第21-22页 |
| 1.4 表达QTL(Expression Quantity Trait Locus) | 第22-24页 |
| 1.4.1 表达QTL的基本原理 | 第22-23页 |
| 1.4.2 表达QTL的发展及应用 | 第23-24页 |
| 1.6 实时定量PCR技术 | 第24-27页 |
| 1.6.1 概述 | 第24-25页 |
| 1.6.2 实时定量PCR的基本原理 | 第25-26页 |
| 1.6.3 实时定量PCR的数据分析 | 第26-27页 |
| 1.6.4 实时荧光定量PCR的应用 | 第27页 |
| 1.7 转录组测序 | 第27-30页 |
| 1.7.1 传统的转录组测序技术及局限 | 第27-28页 |
| 1.7.2 基于二代测序的转录组测序技术 | 第28页 |
| 1.7.3 RNA-seq的分析步骤及工具 | 第28-29页 |
| 1.7.4 RNA-seq的应用 | 第29-30页 |
| 1.8 研究意义 | 第30-31页 |
| 1.9 技术路线 | 第31-32页 |
| 第二章 高密度遗传图谱构建、抗穗发芽QTL定位及育种利用 | 第32-54页 |
| 2.1 材料与方法 | 第32-35页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第32页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第32-35页 |
| 2.2 遗传图谱的构建 | 第35-39页 |
| 2.2.1 SNP基因型鉴定数据分析及筛选 | 第35-36页 |
| 2.2.2 遗传图谱的构成及基因内标记 | 第36页 |
| 2.2.3 与中国春物理图谱的比较 | 第36-37页 |
| 2.2.4 基因标记的挖掘及与水稻编码序列的比对 | 第37-39页 |
| 2.3 抗穗发芽QTL定位及分析 | 第39-49页 |
| 2.3.1 穗发芽表型鉴定及QTL定位 | 第39-45页 |
| 2.3.2 籽粒颜色的表型鉴定及QTL定位 | 第45页 |
| 2.3.3 籽粒颜色QTL定位 | 第45页 |
| 2.3.4 抗穗发芽QTL与籽粒颜色的关系及候选基因挖掘 | 第45-48页 |
| 2.3.5 qPHS.sicau-1B与穗发芽、种皮颜色的关系 | 第48页 |
| 2.3.6 Tamyb10基因表达模式 | 第48-49页 |
| 2.4 SHW-L1抗穗发芽QTL的育种利用 | 第49-52页 |
| 2.5 讨论 | 第52-54页 |
| 2.5.1 小麦660KSNP标记、DArT、SSR的整合图谱 | 第52页 |
| 2.5.2 SHW-L1抗穗发芽QTL的挖掘与抗性资源利用 | 第52-54页 |
| 第三章 籽粒萌发相关基因TaAmy1、TaVp1、TaSdr4、TaAIP2和TaSnrk2.6的分子鉴定 | 第54-81页 |
| 3.1 材料与方法 | 第54-61页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第54页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第54-61页 |
| 3.2 TaAmy1基因的分子鉴定 | 第61-67页 |
| 3.2.1 TaAmy1的扩增及进化分析 | 第61-63页 |
| 3.2.2 TaAmy1在籽粒发育过程中表达模式及eQTL分析 | 第63-67页 |
| 3.3 4 个ABA信号途径相关基因的分子鉴定 | 第67-76页 |
| 3.3.1 Vp1B3功能标记在亲本中的检测 | 第67页 |
| 3.3.2 ABA信号途径相关基因在籽粒发育过程中表达模式及遗传调控 | 第67-70页 |
| 3.3.3 eQTL区间的基因组学分析 | 第70-75页 |
| 3.3.4 eqABA.sicau-1D区间的候选基因挖掘 | 第75-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-81页 |
| 3.4.1 TaAmy1基因的分子鉴定 | 第76页 |
| 3.4.2 TaAmy1基因表达变异与1RS/1BL、穗发芽的关系 | 第76-78页 |
| 3.4.3 TaVp1基因eQTL定位及其与穗发芽抗性的关系 | 第78页 |
| 3.4.4 ABA信号途径基因eQTL定位及候选基因预测 | 第78-79页 |
| 3.4.5 TaRav1基因作为eQTLeqABA.sicau-1D区间的候选基因 | 第79-81页 |
| 第四章 TaRav1基因的分子鉴定 | 第81-93页 |
| 4.1 材料与方法 | 第81-83页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第81页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第81-83页 |
| 4.2 TaRav1基因的表达分析 | 第83-88页 |
| 4.2.1 三个亚基因组中TaRav1同源基因的表达分析 | 第83-86页 |
| 4.2.2 TaRav1基因eQTL定位 | 第86-88页 |
| 4.3 TaRav1基因序列分析 | 第88-91页 |
| 4.3.1 TaRav1-D的在双亲中的扩增及分子鉴定 | 第88-89页 |
| 4.3.2 TaRav1-D基因在六倍体小麦中的扩增及SNP位点的分布 | 第89页 |
| 4.3.3 AetRav1基因在节节麦中的扩增及SNP位点分布 | 第89-91页 |
| 4.4 讨论 | 第91-93页 |
| 4.4.1 源自节节麦AS60的TaRav1-D基因变异可能影响下游基因的表达 | 第91-92页 |
| 4.4.2 AetRav1基因变异与节节麦的亚群分化相关 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-110页 |
| 附表 | 第110-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 在读期间发表的论文 | 第118页 |
