| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第1章 文献综述 | 第15-29页 |
| 1.1 被子植物胚珠形成过程及胚珠孢子体与胚囊的相互关系 | 第15-16页 |
| 1.2 被子植物胚囊分化过程及影响其分化发育的相关基因的表达 | 第16-18页 |
| 1.2.1 大孢子母细胞相关基因的表达 | 第16页 |
| 1.2.2 大孢子母细胞减数分裂相关基因 | 第16-17页 |
| 1.2.3 功能大孢子细胞有丝分裂相关基因 | 第17-18页 |
| 1.2.4 成熟胚囊相关基因的表达 | 第18页 |
| 1.3 水稻生殖及育性发育分子机理 | 第18-22页 |
| 1.3.1 水稻雄配子体育性分子机理 | 第19-20页 |
| 1.3.2 水稻雌配子体育性相关基因 | 第20-22页 |
| 1.4 植物miRNA研究 | 第22-27页 |
| 1.4.1 植物中miRNA的合成及调控作用机制 | 第22-23页 |
| 1.4.2 miRNA表达检测的方法 | 第23-25页 |
| 1.4.3 植物中miRNA靶基因的寻找方法 | 第25-26页 |
| 1.4.4 miRNA在植物营养生长及生殖过程中发挥的作用 | 第26-27页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第27-29页 |
| 第2章 桂99与fsv1品系花器官与胚囊发育过程观察 | 第29-36页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-31页 |
| 2.1.1 桂99与fsv1品系花器官形态的观察 | 第29页 |
| 2.1.2 石蜡切片法观察水稻胚囊发育过程 | 第29-30页 |
| 2.1.3 子房整体透明法观察水稻胚囊发育过程 | 第30-31页 |
| 2.2 实验结果 | 第31-34页 |
| 2.2.1 桂99与fsv1品系花器官形态的观察 | 第31-32页 |
| 2.2.2 石蜡切片法观察桂99与fsv1品系胚囊发育过程观察 | 第32-33页 |
| 2.2.3 子房整体透明法观察桂99与fsv1品系胚囊发育过程 | 第33-34页 |
| 2.3 讨论 | 第34-36页 |
| 第3章 桂99与fsv1品系胚珠发育过程中基因表达分析 | 第36-84页 |
| 3.1 材料与方法 | 第36-43页 |
| 3.1.1 水稻材料 | 第36-37页 |
| 3.1.2 总RNA的提取 | 第37-38页 |
| 3.1.3 高通量测序技术流程 | 第38页 |
| 3.1.4 测序数据与参考基因组比对 | 第38-39页 |
| 3.1.5 基因在不同染色体上的表达情况 | 第39页 |
| 3.1.6 显著性差异基因分析 | 第39页 |
| 3.1.7 Gene Ontology(GO)功能分析 | 第39-40页 |
| 3.1.8 KEGG与MapMan通路分析 | 第40页 |
| 3.1.9 转录因子基因分析 | 第40-41页 |
| 3.1.10 实时荧光定量RT-PCR分析 | 第41-43页 |
| 3.2 结果与分析 | 第43-79页 |
| 3.2.1 水稻胚珠总RNA提取及质量检测 | 第43页 |
| 3.2.2 测序质量评估结果 | 第43-44页 |
| 3.2.3 与参考基因组比对结果 | 第44-45页 |
| 3.2.4 基因在不同样本中的表达情况 | 第45-46页 |
| 3.2.5 基因在染色体上的表达分布情况 | 第46-47页 |
| 3.2.6 显著性差异基因的分析 | 第47-48页 |
| 3.2.7 Gene Ontology(GO)功能分类及显著性富集分析 | 第48-54页 |
| 3.2.8 Pathway显著性富集结果 | 第54-64页 |
| 3.2.9 转录因子基因分析 | 第64-75页 |
| 3.2.10 表观遗传相关基因分析 | 第75-76页 |
| 3.2.11 与其它关于水稻雌配子体转录组工作的比较分析 | 第76-77页 |
| 3.2.12 部分差异表达基因的实时荧光定量RT-PCR分析 | 第77-79页 |
| 3.3 讨论 | 第79-84页 |
| 第4章 桂99与fsv1品系胚珠发育过程中miRNA的表达研究 | 第84-116页 |
| 4.1 材料与方法 | 第84-90页 |
| 4.1.1 水稻材料 | 第84页 |
| 4.1.2 总RNA的提取及检测 | 第84-85页 |
| 4.1.3 小RNA文库构建及测序 | 第85页 |
| 4.1.4 测序原始数据预处理 | 第85页 |
| 4.1.5 已知miRNA的鉴定 | 第85-86页 |
| 4.1.6 新预测的miRNA的鉴定 | 第86页 |
| 4.1.7 靶基因的预测 | 第86页 |
| 4.1.8 差异表达的miRNA的分析 | 第86-87页 |
| 4.1.9 测序数据验证 | 第87-90页 |
| 4.2 结果与分析 | 第90-112页 |
| 4.2.1 测序数据总体分析 | 第90-95页 |
| 4.2.2 胚珠中miRNA的表达分析 | 第95-97页 |
| 4.2.3 胚珠中差异表达的已知miRNA | 第97-99页 |
| 4.2.4 胚珠中差异表达的已知miRNA的分类 | 第99-100页 |
| 4.2.5 胚珠不同发育时期差异表达的已知miRNA的靶基因 | 第100-101页 |
| 4.2.6 胚珠不同发育时期差异表达的已知miRNA的靶基因的GO功能分析 | 第101-105页 |
| 4.2.7 胚珠不同发育时期差异表达的已知miRNA的转录因子靶基因的分析 | 第105-110页 |
| 4.2.8 胚珠中新miRNA的预测及分析 | 第110页 |
| 4.2.9 已知miRNA的实时荧光定量RT-PCR分析和预测的新miRNA的琼脂糖凝胶电泳检测 | 第110-111页 |
| 4.2.10 与水稻其它组织miRNA之间的比较 | 第111-112页 |
| 4.3 讨论 | 第112-116页 |
| 第5章 结论与展望 | 第116-118页 |
| 5.1 本文的主要结论 | 第116-117页 |
| 5.2 展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-129页 |
| 攻读博士学位期间发表及投稿论文 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
