| 目录 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| ·研究背景 | 第9-11页 |
| ·研究现状 | 第11-12页 |
| ·研究内容 | 第12-13页 |
| ·本文创新点 | 第13页 |
| ·全文组织与安排 | 第13-14页 |
| 第二章 GPGPU平台 | 第14-24页 |
| ·发展历程 | 第14-17页 |
| ·CPU与GPU的区别 | 第17-18页 |
| ·编程方式 | 第18-20页 |
| ·图形编程语言 | 第18页 |
| ·Brook/Accelerator/RapidMind | 第18-19页 |
| ·CUDA和CTM | 第19-20页 |
| ·OpenCL编程模型 | 第20-24页 |
| ·平台模型 | 第20-21页 |
| ·内存模型 | 第21-22页 |
| ·执行模型 | 第22-23页 |
| ·编程模型 | 第23-24页 |
| 第三章 问题模型研究 | 第24-40页 |
| ·Smith-Waterman算法分析 | 第24-27页 |
| ·序列比对 | 第24-25页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第25-26页 |
| ·并行化分析 | 第26-27页 |
| ·排序算法分析 | 第27-30页 |
| ·排序问题 | 第27-28页 |
| ·排序算法 | 第28页 |
| ·并行排序算法 | 第28-30页 |
| ·解三对角线性方程组分析 | 第30-33页 |
| ·追赶法 | 第30-31页 |
| ·并行方法 | 第31-33页 |
| ·上下文无关算法分析 | 第33-36页 |
| ·乔姆斯基范式 | 第33-34页 |
| ·动态规划算法 | 第34-35页 |
| ·并行化研究 | 第35-36页 |
| ·问题模型 | 第36-40页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第37-38页 |
| ·排序算法 | 第38页 |
| ·解三对角线性方程组算法 | 第38-39页 |
| ·上下文无关文法算法 | 第39-40页 |
| 第四章 解决方案 | 第40-56页 |
| ·平台和模型特点分析 | 第40-43页 |
| ·GPGPU平台特点 | 第40-41页 |
| ·问题模型特点 | 第41-42页 |
| ·问题模型在GPGPU平台上产生的挑战 | 第42-43页 |
| ·解决方案模型 | 第43-46页 |
| ·映射方法 | 第43-46页 |
| ·具体映射方式 | 第46-52页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第46-48页 |
| ·排序算法 | 第48-50页 |
| ·解三对角线性方程组算法 | 第50-51页 |
| ·上下文无关文法算法 | 第51-52页 |
| ·优化方式及技巧 | 第52-56页 |
| ·内存访问优化 | 第53-54页 |
| ·数据传输优化 | 第54-55页 |
| ·计算及控制流优化 | 第55-56页 |
| 第五章 案例性能分析 | 第56-65页 |
| ·实验平台 | 第56页 |
| ·性能分析 | 第56-65页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第56-59页 |
| ·并行排序算法 | 第59-61页 |
| ·解三对角线性方程组算法 | 第61-63页 |
| ·上下文无关算法 | 第63-65页 |
| 第六章 总结与展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-68页 |
| 读硕士期间公开发表的论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |