| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第14-29页 |
| 1.1 海洋生态学 | 第14-19页 |
| 1.1.1 海洋生态系统 | 第14-15页 |
| 1.1.2 生物多样性 | 第15-16页 |
| 1.1.3 物质循环 | 第16-19页 |
| 1.2 海洋细菌研究进展 | 第19-25页 |
| 1.2.1 海洋细菌研究的发展过程 | 第19-21页 |
| 1.2.2 国内外海洋细菌研究现状 | 第21-24页 |
| 1.2.3 海洋细菌分类 | 第24-25页 |
| 1.3 测序方法的比较 | 第25-27页 |
| 1.3.1 宏基因组测序与16S rRNA测序 | 第25-27页 |
| 1.3.2 测序存在的问题 | 第27页 |
| 1.4 扩增子测序后的功能预测 | 第27-28页 |
| 1.5 本论文设计及研究意义 | 第28-29页 |
| 第二章 厦门近岸细菌群落的物种多样性研究 | 第29-50页 |
| 2.1 研究背景 | 第29页 |
| 2.2 实验设计 | 第29-31页 |
| 2.3 材料与方法 | 第31-34页 |
| 2.3.1 样品的采集与保存 | 第31页 |
| 2.3.2 DNA样品提取 | 第31-32页 |
| 2.3.3 DNA的琼脂糖凝胶电泳检测 | 第32-33页 |
| 2.3.4 细菌16S rRNA扩增与Illumina测序 | 第33-34页 |
| 2.4 细菌16S rRNA序列数据处理与分析结果 | 第34-46页 |
| 2.4.1 原始下机数据的处理 | 第34-35页 |
| 2.4.2 细菌群落分类学组成 | 第35-38页 |
| 2.4.3 分类等级树的构建 | 第38-40页 |
| 2.4.4 α多样性分析 | 第40-42页 |
| 2.4.5 β多样性分析 | 第42-46页 |
| 2.5 讨论 | 第46-49页 |
| 2.5.1 同一站位表层海水和沉积物的物种组成差异性 | 第46-47页 |
| 2.5.2 厦门近岸与其他海洋水体的细菌群落比较 | 第47-48页 |
| 2.5.3 厦门近岸细菌群落多样性讨论 | 第48-49页 |
| 2.6 本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 厦门近岸细菌群落的功能预测 | 第50-72页 |
| 3.1 研究背景 | 第50-52页 |
| 3.2 PICRUSt方法 | 第52-61页 |
| 3.2.1 方法运用 | 第53页 |
| 3.2.2 预测结果 | 第53-61页 |
| 3.3 Tax4Fun方法 | 第61-66页 |
| 3.3.1 方法运用 | 第62页 |
| 3.3.2 预测结果 | 第62-66页 |
| 3.4 FAPROTAX方法 | 第66-69页 |
| 3.4.1 方法运用 | 第66-67页 |
| 3.4.2 预测结果 | 第67-69页 |
| 3.5 讨论 | 第69-71页 |
| 3.5.1 预测结果的评估 | 第69-70页 |
| 3.5.2 预测结果的比较 | 第70-71页 |
| 3.6 本章小结 | 第71-72页 |
| 第四章 总结、创新点、不足与展望 | 第72-74页 |
| 4.1 总结 | 第72-73页 |
| 4.2 创新点 | 第73页 |
| 4.3 不足与展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
