| 摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 人体微生物组与肠道微生物 | 第13-18页 |
| 1.1.1 人体微生物组 | 第13页 |
| 1.1.2 肠道微生物 | 第13-14页 |
| 1.1.3 肠道微生物与人类共演化 | 第14-16页 |
| 1.1.4 肠型 | 第16-17页 |
| 1.1.5 Prevotella属以及Prevotella copri | 第17-18页 |
| 1.2 肠道微生物研究方法 | 第18-26页 |
| 1.2.1 基于纯培养 | 第18-19页 |
| 1.2.2 基于标记基因 | 第19-21页 |
| 1.2.3 基于宏基因组学 | 第21-24页 |
| 1.2.4 宏基因组关联分析 | 第24页 |
| 1.2.5 流程标准化及多方法组合应用 | 第24-26页 |
| 1.3 研究内容和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-40页 |
| 2.1 样品采集与处理 | 第27页 |
| 2.1.1 粪便样品 | 第27页 |
| 2.1.2 污水厂进水样品 | 第27页 |
| 2.2 实验材料 | 第27-30页 |
| 2.2.1 主要药品和试剂 | 第27-28页 |
| 2.2.2 仪器设备 | 第28-29页 |
| 2.2.3 本研究使用的公共数据 | 第29-30页 |
| 2.3 实验方法 | 第30-40页 |
| 2.3.1 P.copri物种和其近缘种菌株的分离培养 | 第30-31页 |
| 2.3.2 P.copri菌株基因组DNA提取及基因组测序 | 第31页 |
| 2.3.3 粪便DNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.3.4 进水样品DNA的提取 | 第32页 |
| 2.3.5 16S rRNA基因V4区高通量测序 | 第32页 |
| 2.3.6 扩增子数据分析 | 第32-33页 |
| 2.3.7 进水样品P.copri物种特异性基因克隆测序 | 第33页 |
| 2.3.8 基于标记基因的Prevotellaceae科分析 | 第33-34页 |
| 2.3.9 从宏基因组数据中获得P.copri基因组 | 第34-36页 |
| 2.3.10 P.copri基因组注释 | 第36页 |
| 2.3.11 定义直系同源簇与核心基因组 | 第36-37页 |
| 2.3.12 P.P.copri系统发生分析 | 第37-38页 |
| 2.3.13 聚类分析 | 第38页 |
| 2.3.14 基因组重复基因分析 | 第38-39页 |
| 2.3.15 引物设计 | 第39-40页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第40-79页 |
| 3.1 P.copri相关菌株的分离获得与16S rRNA基因分析 | 第40-43页 |
| 3.2 基于16S rRNA基因的Prevotella属分析 | 第43-48页 |
| 3.2.1 基于16S rRNA基因V4区分析Prevotella属在厦门与福州人群的分布 | 第43-46页 |
| 3.2.2 基于全长16S rRNA基因分析表明P.copri系统群的存在 | 第46-48页 |
| 3.3 基于gyrB基因的Prevotellaceae科系统发生与人群分布分析 | 第48-53页 |
| 3.3.1 基于gyrB基因的系统发生分析 | 第48-50页 |
| 3.3.2 基于gyrB基因的Prevotella属人群分布特征分析 | 第50-53页 |
| 3.4 P.copri比较基因组学分析 | 第53-73页 |
| 3.4.1 P.copri菌株基因组特征 | 第53页 |
| 3.4.2 P.copri菌株基因组数字虚拟杂交 | 第53-55页 |
| 3.4.3 P.copri物种系统发生分析 | 第55-60页 |
| 3.4.4 P.copri基因组及直系同源基因簇COG功能分布特征 | 第60-63页 |
| 3.4.5 P.copri直系同源基因簇聚类对系统发生类群具有重现性 | 第63-65页 |
| 3.4.6 P.copri核心基因与泛基因组数量变化 | 第65-66页 |
| 3.4.7 P.copri碳水化合物代谢特征 | 第66-69页 |
| 3.4.8 P.copri基因组冗余度 | 第69-73页 |
| 3.5 对Prevotella进行不同分类学精度区分的引物设计 | 第73-79页 |
| 3.5.1 Prevotella属内特异引物设计 | 第73页 |
| 3.5.2 P.copri系统群及物种特异引物设计 | 第73-77页 |
| 3.5.3 P.copri物种在厦门地区是高多样性的存在 | 第77-79页 |
| 第四章 结论 | 第79-80页 |
| 第五章 创新点、不足与展望 | 第80-81页 |
| 5.1 创新点 | 第80页 |
| 5.2 不足之处 | 第80页 |
| 5.3 展望 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-94页 |
| 附录 | 第94-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
