| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第1章 绪论 | 第7-19页 |
| 1.1 叶绿体系统发育基因组学研究概述 | 第7-8页 |
| 1.1.1 叶绿体的结构及其特征 | 第7页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组在植物系统发育研究中的应用及优势 | 第7-8页 |
| 1.2 绿藻门的系统发育关系 | 第8-16页 |
| 1.2.1 葱绿藻的系统发育关系 | 第9-10页 |
| 1.2.2 核心绿藻门的系统发育关系 | 第10-11页 |
| 1.2.3 绿藻纲内部系统发育关系 | 第11-13页 |
| 1.2.4 石莼纲主要分支的系统发育关系 | 第13-14页 |
| 1.2.5 共球藻纲主要分支的系统发育关系 | 第14-16页 |
| 1.3 解决古老类群系统关系存在的问题 | 第16-17页 |
| 1.3.1 序列进化的快速替换 | 第16页 |
| 1.3.2 密码子使用的偏倚性 | 第16-17页 |
| 1.3.3 碱基组成的异质性 | 第17页 |
| 1.4 本研究目的、意义、内容和技术路线 | 第17-19页 |
| 1.4.1 目的和意义 | 第17页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第17-18页 |
| 1.4.3 技术路线 | 第18-19页 |
| 第2章 绿藻叶绿体基因组测序、拼接和注释 | 第19-26页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 材料和方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1 六株绿藻的培养方法 | 第19-20页 |
| 2.2.2 绿藻总DNA的提取 | 第20-21页 |
| 2.2.3 绿藻叶绿体基因组测序、拼接和注释 | 第21-22页 |
| 2.3 结果 | 第22-24页 |
| 2.3.1 绿藻测序结果分析 | 第22-24页 |
| 2.3.2 绿藻叶绿体基因组的组装和注释结果 | 第24页 |
| 2.4 讨论 | 第24-26页 |
| 第3章 绿藻叶绿体基因组数据集的处理 | 第26-31页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 材料和方法 | 第26-27页 |
| 3.2.1 原始数据集的构建 | 第26-27页 |
| 3.2.2 数据集位点的GC异质性计算 | 第27页 |
| 3.2.3 数据集位点的重排和去除 | 第27页 |
| 3.3 结果 | 第27-29页 |
| 3.3.1 数据集位点GC异质性分布 | 第27-28页 |
| 3.3.2 11个数据集的构建 | 第28-29页 |
| 3.4 讨论 | 第29-31页 |
| 第4章 绿藻叶绿体基因组系统发育分析 | 第31-53页 |
| 4.1 引言 | 第31页 |
| 4.2 材料和方法 | 第31-33页 |
| 4.2.1 基于同质性模型的系统发育分析 | 第31-32页 |
| 4.2.2 数据集碱基异质性的检测 | 第32页 |
| 4.2.4 基于异质模型的系统发育分析 | 第32-33页 |
| 4.3 结果 | 第33-50页 |
| 4.3.1 基于同质性模型的绿藻门系统发育关系 | 第33-40页 |
| 4.3.2 基于两种异质性模型绿藻门系统发育结果 | 第40-50页 |
| 4.4 讨论 | 第50-53页 |
| 第5章 结论与展望 | 第53-56页 |
| 附录1 | 第56-59页 |
| 附录2 | 第59-63页 |
| 参考文献 | 第63-76页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |