| 中文摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-37页 |
| 1 草鱼呼肠孤病毒 | 第16-19页 |
| 1.1 GCRV概述 | 第16-17页 |
| 1.2 GCRV检测 | 第17页 |
| 1.3 GCRV的防治措施 | 第17-19页 |
| 2 全转录组测序 | 第19-21页 |
| 2.1 全转录组测序技术简介 | 第19-20页 |
| 2.2 转录组测序技术在水产动物免疫学中的应用 | 第20-21页 |
| 3 MicroRNA | 第21-24页 |
| 3.1 miRNA的产生 | 第21-22页 |
| 3.2 宿主miRNAs | 第22-23页 |
| 3.3 病毒miRNAs | 第23-24页 |
| 4 环状RNA | 第24-29页 |
| 4.1 circRNAs的形成 | 第25-26页 |
| 4.2 circRNAs的特性 | 第26页 |
| 4.3 环状RNA的功能研究 | 第26-29页 |
| 参考文献 | 第29-37页 |
| 第二章 研究目的和内容 | 第37-39页 |
| 1 研究目的和意义 | 第37页 |
| 2 研究内容 | 第37-38页 |
| 3 方案流程 | 第38-39页 |
| 第三章 GCRV感染对CIK细胞mRNA表达水平的影响 | 第39-56页 |
| 1 材料与方法 | 第40-43页 |
| 1.1 细胞及病毒 | 第40页 |
| 1.2 测序样品 | 第40页 |
| 1.3 总RNA提取 | 第40页 |
| 1.4 全转录组测序 | 第40页 |
| 1.5 测序数据的评估 | 第40页 |
| 1.6 Cleanreads基因组比对分析 | 第40-41页 |
| 1.7 mRNA表达水平分析 | 第41页 |
| 1.8 差异表达mRNA的筛选 | 第41页 |
| 1.9 差异表达mRNA的GO和KEGG富集分析 | 第41-42页 |
| 1.10 mRNA表达水平的q-PCR验证 | 第42-43页 |
| 2 结果 | 第43-52页 |
| 2.1 高通量测序数据的概况 | 第43-44页 |
| 2.2 Cleanreads基因组比对分析 | 第44-45页 |
| 2.3 mRNA表达水平分析 | 第45页 |
| 2.4 可变剪切类型分析 | 第45-46页 |
| 2.5 差异表达mRNA的筛选 | 第46-47页 |
| 2.6 差异表达mRNA功能分析 | 第47-51页 |
| 2.7 mRNA表达水平的q-PCR验证 | 第51-52页 |
| 3 讨论 | 第52-55页 |
| 参考文献 | 第55-56页 |
| 第四章 GCRV感染对CIK细胞miRNAs表达水平的影响 | 第56-78页 |
| 1 材料与方法 | 第57-59页 |
| 1.1 Cleanreads | 第57页 |
| 1.2 测序数据的处理 | 第57页 |
| 1.3 序列比对注释 | 第57-58页 |
| 1.4 新的miRNAs预测 | 第58页 |
| 1.5 miRNAs表达水平分析 | 第58页 |
| 1.6 miRNAsq-PCR验证 | 第58-59页 |
| 1.7 差异miRNAs的靶基因预测 | 第59页 |
| 1.8 靶基因GO和KEGG富集分析 | 第59页 |
| 2 结果 | 第59-74页 |
| 2.1 sRNAs测序数据概述 | 第59-60页 |
| 2.2 Reads片段长度分布统计及拷贝数统计分析 | 第60-61页 |
| 2.3 序列比对注释 | 第61-63页 |
| 2.4 新的miRNAs预测 | 第63-64页 |
| 2.5 miRNAs表达水平分析 | 第64页 |
| 2.6 差异表达miRNAs的筛选 | 第64-65页 |
| 2.7 差异表达miRNAs的q-PCR验证 | 第65-66页 |
| 2.8 差异表达miRNAs靶基因预测 | 第66页 |
| 2.9 差异表达miRNAs靶基因的GO和KEGG分析 | 第66-70页 |
| 2.10 差异表达miRNAs与差异表达mRNA整合分析 | 第70-74页 |
| 3 讨论 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-78页 |
| 第五章 GCRV编码的sRNAs分析 | 第78-94页 |
| 1 材料与方法 | 第79-81页 |
| 1.1 Cleanreads | 第79页 |
| 1.2 GCRV参考基因组 | 第79页 |
| 1.3 GCRV的sRNAs筛选 | 第79页 |
| 1.4 GCRV编码的miRNAs预测 | 第79-80页 |
| 1.5 GCRV编码的pre-miRNA二级结构预测 | 第80页 |
| 1.6 V-miRNA表达水平检测 | 第80页 |
| 1.7 V-miRNAs宿主靶基因GO和KEGG富集分析 | 第80-81页 |
| 2 结果 | 第81-89页 |
| 2.1 RNA提取及测序数据概述 | 第81页 |
| 2.2 序列比对注释 | 第81-83页 |
| 2.3 病毒miRNAs(V-miRNAs)的预测 | 第83页 |
| 2.4 GCRV编码的pre-miRNA二级结构预测 | 第83-85页 |
| 2.5 V-miRNAs表达水平分析 | 第85页 |
| 2.6 V-miRNAs的宿主靶基因预测 | 第85页 |
| 2.7 V-miRNAs宿主靶基因GO和KEGG分析 | 第85-89页 |
| 2.8 V-miRNAs与差异表达mRNA互作分析 | 第89页 |
| 3 讨论 | 第89-92页 |
| 参考文献 | 第92-94页 |
| 第六章 GCRV感染对CIK细胞circRNAs表达水平的影响 | 第94-115页 |
| 1 材料和方法 | 第95-98页 |
| 1.1 Cleanreads | 第95页 |
| 1.2 circRNAs序列预测 | 第95页 |
| 1.3 差异表达circRNAs分析 | 第95-96页 |
| 1.4 亲本基因的GO和KEGG富集分析 | 第96页 |
| 1.5 circRNAs的实验验证 | 第96-97页 |
| 1.6 宿主差异表达circRNAs的q-PCR | 第97页 |
| 1.7 circRNA-miRNA靶标关系预测 | 第97页 |
| 1.8 circRNA-miRNA(V-miRNA)-mRNA网络构建 | 第97-98页 |
| 2 结果 | 第98-110页 |
| 2.1 CIK细胞中circRNAs数目统计 | 第98页 |
| 2.2 CIK细胞中circRNAs序列基本数据统计 | 第98-100页 |
| 2.3 circRNAs差异表达分析 | 第100-101页 |
| 2.4 circRNAs的实验验证 | 第101-104页 |
| 2.5 宿主差异表达circRNA的q-PCR验证 | 第104-105页 |
| 2.6 GCRV感染时相与circRNAs的表达水平 | 第105页 |
| 2.7 差异表达circRNAs亲本基因的GO和KEGG富集分析 | 第105-106页 |
| 2.8 circRNA-miRNA-mRNA互作分析 | 第106-110页 |
| 3 讨论 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-115页 |
| 第七章 GCRV编码的circRNAs研究 | 第115-134页 |
| 1 材料和方法 | 第116-119页 |
| 1.1 Cleanreads | 第116页 |
| 1.2 V-circRNAs序列预测 | 第116页 |
| 1.3 V-circRNAs实验验证 | 第116-117页 |
| 1.4 q-PCR检测V-circRNAs表达水平 | 第117页 |
| 1.5 V-circRNA-miRNA互作关系预测 | 第117页 |
| 1.6 V-circRNA-miRNA(V-miRNA)-mRNA网络构建 | 第117页 |
| 1.7 体外制备V-circRNAs | 第117-119页 |
| 1.8 V-circRNAs转染CIK细胞 | 第119页 |
| 1.9 细胞凋亡检测 | 第119页 |
| 2 结果 | 第119-129页 |
| 2.1 V-circRNAs数目统计 | 第119页 |
| 2.2 V-circRNAs亲本序列在GCRV基因组上的位置 | 第119-120页 |
| 2.3 V-circRNAs的实验验证 | 第120-124页 |
| 2.4 V-circRNAs表达水平 | 第124页 |
| 2.5 V-circRNA-miRNA(V-miRNA)-mRNA互作分析 | 第124-128页 |
| 2.6 V-circRNAs体外制备及PCR检测 | 第128页 |
| 2.7 V-circRNAs对CIK细胞的影响 | 第128-129页 |
| 3 讨论 | 第129-132页 |
| 参考文献 | 第132-134页 |
| 第八章 结论与创新点 | 第134-135页 |
| 附录1 缩略词表 | 第135-136页 |
| 附录2 实验材料、仪器及常用实验方法 | 第136-141页 |
| 读博期间发表的论文 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
