| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 生物信息学 | 第10页 |
| 1.2 基因的表达 | 第10-14页 |
| 1.2.1 基因的转录过程 | 第12页 |
| 1.2.2 基因的翻译过程 | 第12-14页 |
| 1.3 基因的调控 | 第14-15页 |
| 1.4 果蝇生物简述 | 第15-18页 |
| 1.4.1 模式生物简介 | 第15-16页 |
| 1.4.2 果蝇简介 | 第16-17页 |
| 1.4.3 果蝇基本研究 | 第17-18页 |
| 第二章 相关概念及原理 | 第18-26页 |
| 2.1 转录因子 | 第18页 |
| 2.2 转录因子结合位点 | 第18页 |
| 2.3 模体 | 第18-19页 |
| 2.4 顺式调控模块 | 第19-20页 |
| 2.5 基因测序技术 | 第20-23页 |
| 2.5.1 测序技术的发展 | 第20-21页 |
| 2.5.2 新一代测序技术 | 第21页 |
| 2.5.3 ChIP-chip技术 | 第21-22页 |
| 2.5.4 ChIP-Seq技术 | 第22-23页 |
| 2.6 研究现状与研究目的 | 第23-26页 |
| 第三章 工具软件介绍 | 第26-31页 |
| 3.1 peak-calling工具 | 第26页 |
| 3.2 FisherMP工具 | 第26-27页 |
| 3.3 信息含量相似度量法(SPIC) | 第27-28页 |
| 3.4 CLIMP聚类算法 | 第28-31页 |
| 第四章 数据来源与预处理 | 第31-38页 |
| 4.1 相关数据库介绍 | 第31-35页 |
| 4.1.1 modENCODE数据库 | 第32-33页 |
| 4.1.2 modmine数据库 | 第33-34页 |
| 4.1.3 伯克利果蝇转录网络数据库 | 第34-35页 |
| 4.2 数据下载与预处理 | 第35-38页 |
| 4.2.1 数据下载 | 第35-36页 |
| 4.2.2 数据的预处理 | 第36-38页 |
| 第五章 整合ChIP数据集对果蝇顺式调控模块的从头预测研究 | 第38-44页 |
| 5.1 算法思想 | 第38-40页 |
| 5.2 模体发现 | 第40页 |
| 5.3 构建模体相似多部图 | 第40-42页 |
| 5.4 不同数据集模体CLIMP聚类 | 第42页 |
| 5.5 构建模体共现多部图 | 第42-43页 |
| 5.6 模体共现多部图CLIMP聚类与排序 | 第43-44页 |
| 第六章 整合ChIP数据的果蝇顺式调控模块从头预测研究的应用 | 第44-51页 |
| 6.1 预处理数据分析结果 | 第44-45页 |
| 6.2 模体识别的结果分析 | 第45-46页 |
| 6.3 构建模体相似图分析结果 | 第46-47页 |
| 6.4 实验结果分析 | 第47-51页 |
| 6.4.1 实验结果 | 第47-48页 |
| 6.4.2 与DePCRM算法比较 | 第48-51页 |
| 第七章 总结与展望 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-57页 |
| 攻读硕士学位期间论文发表及参与项目情况 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |