| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-21页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第10-13页 |
| 1.1.1 基因表达 | 第10-11页 |
| 1.1.2 基因转录 | 第11-12页 |
| 1.1.3 真核生物的转录调控 | 第12-13页 |
| 1.2 研究现状 | 第13-19页 |
| 1.2.1 启动子概述 | 第13-14页 |
| 1.2.2 模体发现问题概述 | 第14页 |
| 1.2.3 模体的表示模型 | 第14-18页 |
| 1.2.4 直系同源关系与系统进化足迹技术 | 第18-19页 |
| 1.3 本文主要工作内容 | 第19-21页 |
| 第二章 数据与算法工具 | 第21-33页 |
| 2.1 数据处理 | 第21-24页 |
| 2.1.1 Phytozome数据库 | 第21-22页 |
| 2.1.2 数据选择 | 第22-23页 |
| 2.1.3 数据下载与整理 | 第23-24页 |
| 2.2 常用的模体发现算法 | 第24-28页 |
| 2.2.1 吉布斯采样算法 | 第24-25页 |
| 2.2.2 EM算法 | 第25-26页 |
| 2.2.3 MEME算法 | 第26页 |
| 2.2.4 Weeder算法 | 第26-27页 |
| 2.2.5 MotifCut算法 | 第27页 |
| 2.2.6 MotifClick算法 | 第27-28页 |
| 2.3 开发工具 | 第28-29页 |
| 2.4 并行计算 | 第29-33页 |
| 2.4.1 MPI介绍 | 第30页 |
| 2.4.2 OpenMP介绍 | 第30-31页 |
| 2.4.3 资源管理系统PBS | 第31页 |
| 2.4.4 并行计算硬件平台——集群 | 第31-33页 |
| 第三章 单子叶植物启动子模体预测研究方法 | 第33-41页 |
| 3.1 研究思路 | 第33页 |
| 3.2 获取直系同源基因 | 第33-35页 |
| 3.3 获取启动子序列 | 第35页 |
| 3.4 多种算法集成寻找模体 | 第35-37页 |
| 3.5 构建模体相似度图 | 第37-39页 |
| 3.6 模体聚类 | 第39-41页 |
| 第四章 单子叶植物启动子模体发现研究实现过程及其并行化 | 第41-48页 |
| 4.1 直系同源基因计算 | 第41-42页 |
| 4.2 获取启动子序列 | 第42-43页 |
| 4.3 模体发现计算 | 第43-45页 |
| 4.4 建立模体相似度图 | 第45-46页 |
| 4.5 模体聚类 | 第46-48页 |
| 第五章 数据结果分析 | 第48-52页 |
| 5.1 模体相似性分布分析 | 第48-49页 |
| 5.2 数据结果比对 | 第49-52页 |
| 第六章 总结与展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 攻读硕士学位期间论文发表及参与项目情况 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57页 |