| 符号说明 | 第4-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第13-25页 |
| 1.1 植物花青素生物合成途径及其分子调控机制研究进展 | 第13-21页 |
| 1.1.1 植物花青素合成代谢途径 | 第14-15页 |
| 1.1.2 花青素合成代谢相关结构基因 | 第15-18页 |
| 1.1.3 参与花青素合成代谢的转录因子 | 第18-20页 |
| 1.1.4 参与花青素调控的非编码RNA | 第20-21页 |
| 1.2 桑椹花青素生物合成分子机制研究进展 | 第21-24页 |
| 1.2.1 桑椹花青素生物合成途径 | 第21-22页 |
| 1.2.2 参与桑椹花青素生物合成的结构基因 | 第22-23页 |
| 1.2.3 参与桑椹花青素生物合成的调控基因 | 第23-24页 |
| 1.3 本研究的目的意义 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-39页 |
| 2.1 材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第25页 |
| 2.1.2 菌株与质粒 | 第25页 |
| 2.1.3 生化试剂 | 第25页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.5 引物 | 第26-27页 |
| 2.2 方法 | 第27-39页 |
| 2.2.1 桑椹总RNA的提取 | 第27-28页 |
| 2.2.2 RNA文库的构建与测序分析 | 第28-30页 |
| 2.2.2.1 总RNA样品检测 | 第28页 |
| 2.2.2.2 测序文库构建 | 第28-29页 |
| 2.2.2.3 测序文库质检与测序 | 第29页 |
| 2.2.2.4 测序数据处理过滤 | 第29页 |
| 2.2.2.5 基因水平差异表达分析及功能分析 | 第29页 |
| 2.2.2.6 lncRNA基因的鉴定与筛选 | 第29页 |
| 2.2.2.7 lncRNA的靶基因预测 | 第29-30页 |
| 2.2.3 基因表达差异性验证 | 第30-31页 |
| 2.2.3.1 桑椹RNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.3.2 mRNA和lncRNA的荧光定量PCR | 第30-31页 |
| 2.2.3.3 miRNA的荧光定量PCR | 第31页 |
| 2.2.4 基因的克隆 | 第31-34页 |
| 2.2.4.1 编码基因和lncRNA的PCR扩增 | 第31-32页 |
| 2.2.4.2 DNA的提取 | 第32页 |
| 2.2.4.3 Overlap PCR构建Mul-aMIR472 | 第32-33页 |
| 2.2.4.4 目的片段的回收 | 第33页 |
| 2.2.4.5 目的片段与克隆载体的连接和转化 | 第33-34页 |
| 2.2.4.6 序列测定及分析 | 第34页 |
| 2.2.5 植物表达载体的构建 | 第34-36页 |
| 2.2.5.1 质粒的提取 | 第34-35页 |
| 2.2.5.2 质粒的酶切和目的片段回收 | 第35页 |
| 2.2.5.3 表达载体的构建 | 第35-36页 |
| 2.2.6 转基因拟南芥的获得 | 第36-38页 |
| 2.2.6.1 农杆菌GV3101的转化 | 第36-37页 |
| 2.2.6.2 拟南芥的培养 | 第37页 |
| 2.2.6.3 拟南芥的侵染与筛选鉴定 | 第37-38页 |
| 2.2.7 拟南芥的有性杂交 | 第38页 |
| 2.2.8 拟南芥花青素含量的测定 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-78页 |
| 3.1 不同发育时期桑椹的转录组分析 | 第39-46页 |
| 3.1.1 转录组测序的质量评估 | 第39页 |
| 3.1.2 转录本的拼接组装 | 第39-40页 |
| 3.1.3 转录本的功能注释 | 第40页 |
| 3.1.4 转录本的GO功能分析 | 第40-41页 |
| 3.1.5 转录本的CDS预测 | 第41页 |
| 3.1.6 不同发育时期桑椹差异表达mRNAs的分析 | 第41-42页 |
| 3.1.7 参与花青素合成的mRNAs的差异表达分析 | 第42-46页 |
| 3.2 不同发育时期桑椹中lncRNA表达谱分析 | 第46-56页 |
| 3.2.1 lncRNA的预测 | 第46-47页 |
| 3.2.2 预测的lncRNA的分类统计 | 第47页 |
| 3.2.3 lncRNA和mRNA结构特征比较 | 第47-48页 |
| 3.2.4 不同发育时期桑椹lncRNA的表达差异分析 | 第48-49页 |
| 3.2.5 lncRNA和mRNA表达水平统计 | 第49-50页 |
| 3.2.6 参与花青素合成相关的差异表达lncRNAs及其靶基因分析 | 第50-56页 |
| 3.2.7 不同发育时期桑椹中基因的表达差异显著性验证 | 第56页 |
| 3.3 Mul-UC3GT基因对花青素合成的调控作用分析 | 第56-68页 |
| 3.3.1 Mul-UC3GT基因的克隆 | 第57-58页 |
| 3.3.2 Mul-UC3GT的同源比较及其进化分析 | 第58-60页 |
| 3.3.3 Mul-UC3GT基因植物表达载体的构建 | 第60页 |
| 3.3.4 转Mul-UC3GT基因拟南芥的获得 | 第60-61页 |
| 3.3.5 Mul-UC3GT基因对花青素合成的调控作用 | 第61-63页 |
| 3.3.6 mul-miR472对Mul-UC3GT的靶向调控作用分析 | 第63-66页 |
| 3.3.6.1 人工Mul-aMIR472基因的构建 | 第63-64页 |
| 3.3.6.2 Mul-aMIR472植物表达载体的构建 | 第64-65页 |
| 3.3.6.3 转Mul-aMIR472基因拟南芥的获得 | 第65-66页 |
| 3.3.7 mul-miR472对Mul-UC3GT基因的靶向作用分析 | 第66-68页 |
| 3.4 Mul-CHS基因对花青素合成的调控作用分析 | 第68-78页 |
| 3.4.1 Mul-CHS基因的克隆 | 第68-69页 |
| 3.4.2 Mul-CHS基因的同源进化分析 | 第69-70页 |
| 3.4.3 Mul-CHS基因植物表达载体的构建 | 第70页 |
| 3.4.4 转Mul-CHS基因拟南芥的获得 | 第70-71页 |
| 3.4.5 Mul-CHS基因在花青素合成过程中的作用分析 | 第71-73页 |
| 3.4.6 Mul-CHS-AS对Mul-CHS的调控作用分析 | 第73-75页 |
| 3.4.6.1 Mul-CHS-AS基因的克隆 | 第73-74页 |
| 3.4.6.2 Mul-CHS-AS基因植物表达载体的构建 | 第74页 |
| 3.4.6.3 转Mul-CHS-AS基因拟南芥的获得 | 第74-75页 |
| 3.4.7 Mul-CHS-AS对Mul-CHS基因的表达调控作用分析 | 第75-78页 |
| 4 讨论 | 第78-82页 |
| 4.1 Mul-UC3GT对桑椹花青素合成的调控作用 | 第78-79页 |
| 4.2 mul-miR472可以靶向Mul-UC3GT,对花青素的合成具有负调控作用 | 第79页 |
| 4.3 Mul-CHS对桑椹花青素合成的调控作用 | 第79-80页 |
| 4.4 Mul-CHS-AS可以抑制Mul-CHS基因的表达,对花青素的合成具有负调控作用 | 第80-82页 |
| 5 结论 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第90页 |
