| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| 1.1 自然界中的锰氧化物 | 第11页 |
| 1.2 锰氧化物的生物成因 | 第11-16页 |
| 1.2.1 锰氧化细菌 | 第12-14页 |
| 1.2.2 锰氧化物的生物成因机制 | 第14-16页 |
| 1.3 土壤微生物群落结构和多样性研究方法 | 第16-20页 |
| 1.3.1 研究方法概述 | 第16-17页 |
| 1.3.2 荧光原位杂交(FISH) | 第17页 |
| 1.3.3 核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA) | 第17-18页 |
| 1.3.4 末端限制性片段长度多态性(T-RFLP) | 第18页 |
| 1.3.5 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第18-19页 |
| 1.3.6 16S rDNA克隆文库 | 第19-20页 |
| 1.3.7 单链构象多态性(SSCP) | 第20页 |
| 1.4 土壤环境的锰氧化细菌研究进展 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 2. 材料与方法 | 第22-36页 |
| 2.1 材料 | 第22-24页 |
| 2.1.1 样品 | 第22页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第22页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第22-23页 |
| 2.1.4 PCR引物 | 第23页 |
| 2.1.5 分析软件 | 第23-24页 |
| 2.1.6 培养基 | 第24页 |
| 2.1.7 菌株和载体 | 第24页 |
| 2.2 方法 | 第24-36页 |
| 2.2.1 样品的采集和保存 | 第24-25页 |
| 2.2.2 土壤化学性质的测定 | 第25页 |
| 2.2.3 土壤可培养好氧细菌的计数和分离 | 第25页 |
| 2.2.4 分离细菌的锰氧化活性测定及鉴定 | 第25-28页 |
| 2.2.5 各层土壤的富集培养及取样 | 第28-29页 |
| 2.2.6 各层原始土壤及土壤富集液总DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.7 总DNA的PCR反应及产物纯化 | 第30-31页 |
| 2.2.8 变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析 | 第31-33页 |
| 2.2.9 用"压碎与浸泡法"回收DGGE的优势条带 | 第33页 |
| 2.2.10 扩增回收的DGGE条带 | 第33页 |
| 2.2.11 PCR产物的克隆 | 第33-36页 |
| 3. 结果与分析 | 第36-57页 |
| 3.1 不同土层的理化性质 | 第36页 |
| 3.2 各土层可培养好氧细菌种群总数测定及分离纯化 | 第36-37页 |
| 3.3 各土层分离细菌的锰氧化活性测定结果 | 第37-40页 |
| 3.4 高锰氧化活性菌株的鉴定 | 第40-45页 |
| 3.4.1 高锰氧化活性菌株16S rRNA基因的扩增 | 第40-41页 |
| 3.4.2 高锰氧化活性菌株的ARDRA分析 | 第41-42页 |
| 3.4.3 高锰氧化活性菌株系统进化树的建立 | 第42-45页 |
| 3.5 各土层的富集培养液的pH值测定 | 第45-46页 |
| 3.6 土壤及土壤富集液的总DNA抽提结果 | 第46-47页 |
| 3.7 土壤及土壤富集液的总DNA的PCR扩增结果 | 第47-48页 |
| 3.8 变性梯度凝胶电泳及图谱分析 | 第48-56页 |
| 3.8.1 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第48-53页 |
| 3.8.2 仙农指数(The Shannon index of bacterial diversity,H)分析 | 第53-54页 |
| 3.8.3 多维尺度(multidimensional scaling,MDS)分析 | 第54-56页 |
| 3.9 DNA片段的回收、克隆、测序 | 第56-57页 |
| 4. 讨论 | 第57-63页 |
| 4.1 锰氧化细菌的多样性 | 第58-59页 |
| 4.2 锰氧化细菌的组成 | 第59-61页 |
| 4.3 不同浓度的锰对土壤细菌群落多样性的影响 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-73页 |
| 附录 | 第73-86页 |
| 攻读硕士学位期间的论文情况 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
