多实验平台下基因表达数据分析研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第13-18页 |
| 1.1 生物信息学简介 | 第13页 |
| 1.2 转录组学研究概述 | 第13-14页 |
| 1.3 基因和异构体表达分析 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的主要研究工作 | 第15-16页 |
| 1.5 本文的内容安排 | 第16-18页 |
| 第二章 背景知识 | 第18-25页 |
| 2.1 生物背景知识 | 第18-19页 |
| 2.1.1 遗传信息传递过程 | 第18-19页 |
| 2.1.2 选择性剪切现象 | 第19页 |
| 2.2 基因芯片 | 第19-22页 |
| 2.2.1 传统 3’基因芯片 | 第20页 |
| 2.2.2 外显子芯片 | 第20页 |
| 2.2.3 全转录组芯片 | 第20-21页 |
| 2.2.4 基因芯片数据处理与分析 | 第21-22页 |
| 2.3 RNA-Seq技术 | 第22-24页 |
| 2.3.1 RNA-Seq技术发展与实验流程 | 第22-23页 |
| 2.3.2 RNA-Seq数据处理与分析 | 第23-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-25页 |
| 第三章 多平台下基因和异构体表达分析对比研究 | 第25-43页 |
| 3.1 基因芯片数据分析相关工作 | 第25-29页 |
| 3.1.1 表达水平计算方法 | 第25-27页 |
| 3.1.1.1 RMA | 第25页 |
| 3.1.1.2 mmgMOS | 第25-26页 |
| 3.1.1.3 GME | 第26-27页 |
| 3.1.2 差异表达分析方法 | 第27-29页 |
| 3.1.2.1 Limma | 第27-28页 |
| 3.1.2.2 PBR | 第28页 |
| 3.1.2.3 PPLR | 第28-29页 |
| 3.2 RNA-Seq数据分析相关工作 | 第29-35页 |
| 3.2.1 表达水平计算方法 | 第29-32页 |
| 3.2.1.1 Cufflinks | 第29页 |
| 3.2.1.2 MMSEQ | 第29-30页 |
| 3.2.1.3 Kallisto | 第30-31页 |
| 3.2.1.4 StringTie | 第31页 |
| 3.2.1.5 PGSeq | 第31-32页 |
| 3.2.2 差异表达分析方法 | 第32-35页 |
| 3.2.2.1 DESeq | 第32页 |
| 3.2.2.2 Cuffdiff | 第32-33页 |
| 3.2.2.3 MMDiff | 第33页 |
| 3.2.2.4 Ballgown | 第33-34页 |
| 3.2.2.5 PG_bayes | 第34-35页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第35-42页 |
| 3.3.1 MAQC数据集 | 第35页 |
| 3.3.2 SEQC数据集 | 第35-36页 |
| 3.3.3 基因表达水平计算对比 | 第36-37页 |
| 3.3.4 基因差异表达分析对比 | 第37-40页 |
| 3.3.5 异构体差异表达分析对比 | 第40-42页 |
| 3.4 本章小结 | 第42-43页 |
| 第四章 融合多平台表达数据的转录组差异表达分析 | 第43-64页 |
| 4.1 研究动机 | 第43-44页 |
| 4.2 相关工作 | 第44-47页 |
| 4.2.1 RankProd | 第45页 |
| 4.2.2 RSP | 第45-46页 |
| 4.2.3 MRS | 第46页 |
| 4.2.4 RB | 第46-47页 |
| 4.2.5 vitrualArray | 第47页 |
| 4.3 mpDE模型 | 第47-52页 |
| 4.3.1 模型设计 | 第48-50页 |
| 4.3.2 参数估计 | 第50-51页 |
| 4.3.3 差异评估 | 第51-52页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第52-62页 |
| 4.4.1 数据集描述 | 第52页 |
| 4.4.2 mpDE模型计算合理性验证 | 第52-53页 |
| 4.4.3 表达水平计算准确性验证 | 第53页 |
| 4.4.4 基因差异表达分析 | 第53-59页 |
| 4.4.5 异构体差异表达分析 | 第59页 |
| 4.4.6 低表达异构体差异表达分析 | 第59-62页 |
| 4.4.7 mpDE模型时空间复杂度分析 | 第62页 |
| 4.5 本章小结 | 第62-64页 |
| 第五章 总结与展望 | 第64-67页 |
| 5.1 工作总结 | 第64-65页 |
| 5.2 研究展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第74页 |
