| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第17-55页 |
| 1.1 海绵及其共生微生物 | 第17-33页 |
| 1.1.1 海绵 | 第17-19页 |
| 1.1.2 海绵共生微生物的研究进展 | 第19-23页 |
| 1.1.3 海绵共生微生物的研究技术 | 第23-33页 |
| 1.2 海洋中的氮循环及功能基因研究 | 第33-43页 |
| 1.2.1 海洋中的氮循环 | 第33-38页 |
| 1.2.2 海绵氮循环功能基因的研究进展 | 第38-43页 |
| 1.3 海洋中的硫循环及功能基因研究 | 第43-53页 |
| 1.3.1 海洋中的硫循环 | 第43-46页 |
| 1.3.2 海绵硫循环基因的研究进展 | 第46-53页 |
| 1.4 研究目的、内容、意义 | 第53-55页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第53页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第53-54页 |
| 1.4.3 研究意义 | 第54页 |
| 1.4.4 创新点 | 第54-55页 |
| 第二章 海绵共生微生物反硝化作用中 nirK 和 nosZ 功能基因的多样性研究 | 第55-66页 |
| 2.1 实验材料 | 第55-56页 |
| 2.2 实验方法 | 第56-59页 |
| 2.2.1 海绵总 DNA 的提取 | 第56-57页 |
| 2.2.2 对海绵总 DNA 的 nirK 和 nosZ 功能基因的扩增 | 第57-58页 |
| 2.2.3 克隆文库构建及测序 | 第58-59页 |
| 2.2.4 两种功能基因的系统发育分析 | 第59页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第59-65页 |
| 2.3.1 目标基因的 PCR 扩增结果 | 第59页 |
| 2.3.2 两种功能基因的克隆文库及多样性分析 | 第59-62页 |
| 2.3.3 两种功能基因的系统发育分析 | 第62-65页 |
| 2.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 第三章 海绵共生微生物反硝化作用中 nirK 和 nosZ 功能基因的荧光定量分析 | 第66-82页 |
| 3.1 实验材料 | 第66页 |
| 3.2 实验方法 | 第66-68页 |
| 3.2.1 实时荧光定量 PCR（ RT-qPCR）引物的设计 | 第66页 |
| 3.2.2 实时荧光定量 PCR 标准品的制备 | 第66-67页 |
| 3.2.3 标准曲线制作和融变曲线分析 | 第67页 |
| 3.2.4 实时荧光定量 PCR 对各种海绵样品 nirK 和 nosZ 基因的定量分析 | 第67-68页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第68-81页 |
| 3.3.1 实时荧光定量 PC（R RT-qPCR）的引物 | 第68-69页 |
| 3.3.2 RT-qPCR 标准品的制备 | 第69-70页 |
| 3.3.3 RT-qPCR 对各种海绵样品不同 OTU 的测定曲线 | 第70-73页 |
| 3.3.4 RT-qPCR 数据处理及融变曲线分析 | 第73-79页 |
| 3.3.5 RT-qPCR 对 nirK 和 nosZ 基因不同 OTU 的定量 | 第79-81页 |
| 3.4 本章小结 | 第81-82页 |
| 第四章 海绵共生微生物腺苷酰硫酸还原酶 aprA 的系统发育多样性分析 | 第82-96页 |
| 4.1 实验材料 | 第82页 |
| 4.2 实验方法 | 第82-83页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第83-95页 |
| 4.3.1 目标基因的 PCR 扩增结果 | 第83页 |
| 4.3.2 克隆文库的构建及多样性分析 | 第83-89页 |
| 4.3.3 aprA 基因的系统发育分析 | 第89-95页 |
| 4.4 本章小结 | 第95-96页 |
| 第五章 海绵共生微生物 aprA 功能基因的荧光定量分析 | 第96-108页 |
| 5.1 实验材料 | 第96页 |
| 5.2 实验方法 | 第96-97页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第97-107页 |
| 5.3.1 RT-qPCR 标准品的制备 | 第97页 |
| 5.3.2 RT-qPCR 对各种海绵样品的测定曲线 | 第97-99页 |
| 5.3.3 RT-qPCR 数据处理及融变曲线分析 | 第99-104页 |
| 5.3.4 RT-qPCR 对 aprA 基因的定量 | 第104-107页 |
| 5.4 本章小结 | 第107-108页 |
| 第六章 结束语 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-128页 |
| 附录 | 第128-146页 |
| 附录 1. 培养基及试剂配方 | 第128-130页 |
| 附录 2.实验所用仪器设备 | 第130-132页 |
| 附录 3.nirK 基因序列 | 第132页 |
| 附录 4.nosZ 基因序列 | 第132-133页 |
| 附录 5.aprA 基因序列 | 第133-146页 |
| 攻读博士期间论文发表 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
